第一篇:優(yōu)化小結(jié)
優(yōu)化第一步:
確定分子構(gòu)型,可以根據(jù)對(duì)分子的了解通過(guò)GVIEW和CHEM3D等軟件來(lái)構(gòu)建,但更多是通過(guò)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)來(lái)構(gòu)建(如根據(jù)晶體軟件獲得高斯直角坐標(biāo)輸入文件,軟件可在大話西游上下載,用GVIEW可生成Z-矩陣高斯輸入文件),需要注意的是分子的原子的序號(hào)是由輸入原子的順序或構(gòu)建原子的順序決定來(lái)實(shí)現(xiàn)的,所以為實(shí)現(xiàn)對(duì)稱性輸入,一定要保證第一個(gè)輸入的原子是對(duì)稱中心,這樣可以提高運(yùn)算速度。我算的分子比較大,一直未曾嘗試過(guò),希望作過(guò)這方面工作的朋友能補(bǔ)全它。以下是從本論壇,大話西游及宏劍公司上下載的帖子。將鍵長(zhǎng)相近的,如
B12 1.08589 B13 1.08581 B14 1.08544 鍵角相近的,如
A6 119.66589 A7 120.46585 A8 119.36016 二面角相近的 如
D10-179.82816 D11-179.71092 都改為一致,聽(tīng)說(shuō)這樣可以減少變量,提高計(jì)算效率,是嗎? 在第一步和在以后取某些鍵長(zhǎng)鍵角相等,感覺(jué)是一樣的。
只是在第一步就設(shè)為相等,除非有實(shí)驗(yàn)上的證據(jù),不然就是純粹的憑經(jīng)驗(yàn)了。在前面計(jì)算的基礎(chǔ)上,如果你比較信賴前面的計(jì)算,那么設(shè)為相等,倒還有些依據(jù)。但是,設(shè)為相等,總是冒些風(fēng)險(xiǎn)的。對(duì)于沒(méi)有對(duì)稱性的體系,應(yīng)該是沒(méi)有絕對(duì)的相等的。
或許可以這么試試: 先PM3,再B3LYP/6-31G.(其中的某些鍵長(zhǎng)鍵角設(shè)為相等),再B3LYP/6-31G(放開(kāi)人為設(shè)定的那些鍵長(zhǎng)鍵角相等的約束)。
比如鍵長(zhǎng),鍵角,還有是否成鍵的問(wèn)題,Gview看起來(lái)就是不精確,不過(guò)基本上沒(méi)問(wèn)題,要是限制它們也許就有很大的問(wèn)題,能量上一般會(huì)有差異,有時(shí)還比較大
如果要減少優(yōu)化參數(shù),不是僅僅將相似的參數(shù)改為一致,而是要根據(jù)對(duì)稱性,采用相同 的參數(shù)。例如對(duì)苯分子分子指定部分如下:
C
C 1 B1
C 2 B2 1 A1
C 3 B3 2 A2 1 D1
C 4 B4 3 A3 2 D2
C 1 B5 2 A4 3 D3
H 1 B6 2 A5 3 D4
H 2 B7 1 A6 6 D5
H 3 B8 2 A7 1 D6
H 4 B9 3 A8 2 D7
H 5 B10 4 A9 3 D8
H 6 B11 1 A10 2 D9
B1 1.395160
B2 1.394712
B3 1.395427
B4 1.394825
B5 1.394829
B6 1.099610
B7 1.099655
B8 1.099680
B9 1.099680
B10 1.099761
B11 1.099604
A1 120.008632
A2 119.994165
A3 119.993992
A4 119.998457
A5 119.997223
A6 119.980770
A7 120.012795
A8 119.981142
A9 120.011343
A10 120.007997
D1-0.056843
D2 0.034114
D3 0.032348
D4-179.972926
D5 179.953248
D6 179.961852
D7-179.996436
D8-179.999514
D9 179.989175
參數(shù)很多,但是通過(guò)對(duì)稱性原則,并且采用亞原子可以將參數(shù)減少為:
X
X 1 B0
C 1 B1 2 A1
C 1 B1 2 A1 3 D1
C 1 B1 2 A1 4 D1
C 1 B1 2 A1 5 D1
C 1 B1 2 A1 6 D1
C 1 B1 2 A1 7 D1
H 1 B2 2 A1 8 D1
H 1 B2 2 A1 3 D1
H 1 B2 2 A1 4 D1
H 1 B2 2 A1 5 D1
H 1 B2 2 A1 6 D1
H 1 B2 2 A1 7 D1
B0 1.0
B1 1.2
B2 2.2
A1 90.0
D1 60.0
對(duì)于這兩個(gè)工作,所用的時(shí)間為57s和36s,對(duì)稱性為C01和D6H,明顯后者要遠(yuǎn)遠(yuǎn)優(yōu)于前者。
好,我真的很想知道這句話“你手工把坐標(biāo)寫好輸入,輸入為C2對(duì)稱性”是什么意思?老是見(jiàn)到版面上有人說(shuō)對(duì)輸入施加對(duì)稱性限制,就是不明白是怎么回事。您能詳細(xì)解釋一下嗎?有例子就更好了。麻煩了謝謝!
比如,你要輸入CO2,那么你這么輸入 C 0.0 0.0 0.0 O 0.0 0.0 1.203212313123 O 0.0 0.0 1.203212313123 寫得很精確,那就是對(duì)稱性輸入了。這樣g98可自動(dòng)判定為D∞h 如果你輸入的差不多,比如: C 0.0 0.0 0.0 O 0.0 0.0 1.203212313123 O 0.0 0.0 1.204212313123 精度不夠,那么g98就只能判定為 C∞h了。
再給你舉個(gè)例子,比如甲烷的Td點(diǎn)群的輸入坐標(biāo),考慮對(duì)稱性,把C放在直角坐標(biāo)的原點(diǎn),四個(gè)氫放在四個(gè)角的頂點(diǎn)。C 0.0.0.H 1.1.1.H-1.-1.1.H 1.-1.-1.H-1.-1 1.這樣出來(lái)的結(jié)果點(diǎn)群判斷就會(huì)是正確的,當(dāng)然這里的1我是隨便取的一個(gè)值,只是來(lái)說(shuō)明這個(gè)問(wèn)題而矣。
謝謝二位指教,也就是說(shuō)第一個(gè)輸入的原子應(yīng)該是對(duì)稱中心,其它輸入的原子應(yīng)保持?jǐn)?shù)值上的對(duì)應(yīng)性。那對(duì)于用Gview或3D生成的分子構(gòu)型,也可以根據(jù)這個(gè)原則將處于對(duì)稱位置的原子的坐標(biāo)改為一致了?如果分子很大(如我這次算的C14H14N4S20)有三個(gè)環(huán),整體性的對(duì)稱輸入就有些麻煩,是不是可以先生成分子構(gòu)型,然后利用對(duì)稱性對(duì)它的笛卡兒坐標(biāo)或矩陣坐標(biāo)進(jìn)行修改,將相近的坐標(biāo)的數(shù)據(jù)改為一致?
“第一個(gè)輸入的原子應(yīng)該是對(duì)稱中心,其它輸入的原子應(yīng)保持?jǐn)?shù)值上的對(duì)應(yīng)性”沒(méi)錯(cuò),做到這點(diǎn)就很方便了,“對(duì)于用Gview或3D生成的分子構(gòu)型,也可以根據(jù)這個(gè)原則將處于對(duì)稱位置的原子的坐標(biāo)改為一致”那還不如用手動(dòng)輸入,大體系很難辦了,如果體系太大,不用保持嚴(yán)格的對(duì)稱性吧.有機(jī)分子,原子多了以后構(gòu)型就沒(méi)有什么對(duì)稱性了。
但對(duì)于有些系統(tǒng),比如 C60, 你當(dāng)然得按照它的實(shí)際的對(duì)稱性來(lái)輸入。如果你希望你的計(jì)算按照某種對(duì)稱性來(lái)做,那就一定要手工輸入嚴(yán)格的 滿足對(duì)稱性的坐標(biāo).用軟件生成的坐標(biāo),不是嚴(yán)格滿足對(duì)稱性,即使 用symm=loose,有時(shí)也不一定能判斷出來(lái)。
各位大蝦是用什么軟件建模的呀,我是用SGI里sybyl軟件進(jìn)行構(gòu)像搜索后取最低能量構(gòu)像導(dǎo)入高斯程序的;有的是用chem3D直接建模,這樣子有沒(méi)有什么問(wèn)題啊,應(yīng)該怎么做,謝謝
通常也就是這些方法,建議還是認(rèn)真的核實(shí)分子結(jié)構(gòu)的是否合理,然后再試著增大迭代圈數(shù),降低收斂判據(jù).用什么軟件建模并不是問(wèn)題,對(duì)于我們量化計(jì)算,如vliant所說(shuō),核實(shí)分子的合理構(gòu)型才是最重要的,包 括對(duì)個(gè)原子間的成鍵分析。就算不同的軟件,也不可能保證給出的構(gòu)型合理,因此我們一般都提倡手動(dòng)輸入坐標(biāo),就是為了加強(qiáng)對(duì)構(gòu)型的理解,只有在這個(gè)基礎(chǔ)上使用軟件建模才能盡可能保證不出錯(cuò)。一個(gè)合理的計(jì)算結(jié)果不能寄希望于軟件。
我們都知道常用的分子坐標(biāo)輸入有: 內(nèi)坐標(biāo) 直角坐標(biāo) 混合坐標(biāo)
分子構(gòu)型輸入方法的不同會(huì)對(duì)計(jì)算過(guò)程產(chǎn)生影響么?或者說(shuō),對(duì)于哪些體系,用哪種方法更好優(yōu)化? “混合坐標(biāo)”怎么講?
我通常用內(nèi)坐標(biāo),它能很好的控制對(duì)稱性,且時(shí)間要短。
“混合坐標(biāo)”是直角坐標(biāo)和內(nèi)坐標(biāo)的混合使用,高斯手冊(cè)上有講這部分內(nèi)容。有看過(guò)講哪種體系使用哪種方法更好優(yōu)化,好像這都是憑經(jīng)驗(yàn)的結(jié)果。
在“免費(fèi)資源”論壇中有本《計(jì)算化學(xué)》,其中第八章(67-72頁(yè))好像提到你所關(guān)心的問(wèn)題,你可以下來(lái)看一下,或許有所幫助。
如果你使用缺省的優(yōu)化方案且初始幾何構(gòu)型完全相同,那么,不論你使用何種坐標(biāo)輸入方式,優(yōu)化結(jié)果應(yīng)該是一樣的。簡(jiǎn)言之,優(yōu)化結(jié)果只取決于優(yōu)化方案和初始幾何構(gòu)型,與坐標(biāo)錄入方式無(wú)甚關(guān)聯(lián)。
于對(duì)稱性限制的優(yōu)化來(lái)說(shuō),顯然以內(nèi)坐標(biāo)輸入,且選用opt=z-matrix可以減少變量,使得優(yōu)化效率提高。免費(fèi)資源中《gauss入門》有介紹。
您冗余坐標(biāo)是指有過(guò)剩的內(nèi)坐標(biāo)。冗余內(nèi)坐標(biāo)算法可以用于結(jié)構(gòu)優(yōu)化。
優(yōu)化第二步:
對(duì)于大分子,一般要先預(yù)優(yōu)化(如用PM3或AM1),有時(shí)是用部分優(yōu)化,然后才用能達(dá)到實(shí)驗(yàn)精度方法和基組進(jìn)行優(yōu)化,就我所了解大多數(shù)情況下,6-31G(D)基組就差不多。
不好意思,我是新手,剛剛接觸guassian,最近要算兩個(gè)較大有機(jī)分子中原子的靜電荷急相關(guān)能量和幾何性質(zhì),分子中已經(jīng)超過(guò)了80個(gè)原子(包括氫),用chemdraw畫出圖形,在chem3d中生成的input文件,可是,軟件報(bào)錯(cuò)——2070~~ 好象說(shuō)是連接(last link)錯(cuò)誤,怎么回事,哪里出錯(cuò)了,各位指點(diǎn)一下~ 怎么,先用pm3預(yù)優(yōu)化就可以了?? 我的意思是,初試構(gòu)象對(duì)計(jì)算量有這么大的影響么??
我以前也遇到過(guò)相似情況,同一個(gè)分子,相同的計(jì)算條件,用gview畫出的模型進(jìn)行計(jì)算報(bào)2070的錯(cuò),用chemdraw畫的模型,chem3d生成的input文件進(jìn)行計(jì)算就OK,完成可以計(jì)算完成。我還以為你畫分子式的時(shí)候出什么問(wèn)題了呢~~
只想優(yōu)化H原子,其他重原子不做優(yōu)化。怎樣進(jìn)行分子坐標(biāo)輸入,下面的坐標(biāo)輸入方法對(duì)嗎?就是僅H原子的參數(shù)設(shè)置成Vairable.%chk=sample #p HF/6-31G* opt
Title line 0 1 cu 7.577854 5.926989 4.935050 cu 9.091644 8.489386 4.644861 cu 10.605857 5.766733 4.988313 p 10.432217 3.600341 5.598077 p 12.551342 6.888289 4.775263 p 7.164457 9.584280 4.209578 p 11.125158 9.457819 4.661391 p 7.503791 3.715690 5.278502 p 5.670551 7.057133 4.652208 s 9.100712 6.979012 6.564150 s 9.088921 6.492596 3.113104 n 8.884097 3.048614 5.950712 n 5.827205 8.602518 4.003874 n 12.406788 8.511755 5.225239 H 1 B14 2 A13 7 D12 H 1 B15 2 A14 7 D13 H 1 B16 2 A15 7 D14 H 1 B17 2 A16 7 D15 H 2 B18 1 A17 3 D16 H 2 B19 1 A18 3 D17 H 2 B20 1 A19 3 D18 H 2 B21 1 A20 3 D19 H 3 B22 1 A21 2 D20 H 3 B23 1 A22 2 D21 H 3 B24 1 A23 2 D22 H 3 B25 1 A24 2 D23 H 1 B26 2 A25 7 D24 H 2 B27 1 A26 9 D25 B14 2.990841 B15 2.990841 B16 2.985833 B17 2.985833 B18 3.009872 B19 3.009872 B20 2.998051 B21 2.998051 B22 3.015712 B23 3.015712 B24 3.002042 B25 3.002042 B26 3.489189 B27 3.477113 A13 161.290094 A14 146.871331 A15 108.517371 A16 96.114237 A17 106.549047 A18 100.057030 A19 155.415250 A20 145.871488 A21 163.425916 A22 138.991013 A23 105.076579 A24 99.387878 A25 66.120736 A26 65.475681 D12 64.540783 D13-53.098055 D14-163.347541 D15 152.573174 D16 152.164746 D17-162.671553 D18-56.766147 D19 42.781046 D20 46.122424 D21-46.534404 D22 150.210575 D23-164.670929 D24-78.866142 D25 109.837455 你如果要這么做的話,必須加opt=Z-matrix,這樣的話它就只優(yōu)化后面的H,前面的直角坐標(biāo)就不會(huì)優(yōu)化了。你只用了opt的話,那就是全優(yōu)化了 你也可以通過(guò)molredunt來(lái)實(shí)現(xiàn)部分優(yōu)化 固定原子的方法有許多,最簡(jiǎn)單的是這樣的: #rhf/sto-3g opt nosymm test the two C atoms are frozen 0,1 8 0-1.000000 0.000000 0.000000 6-1 0.000000 1.000000 0.000000 6-1 0.000000-1.000000 0.000000 8 0 1.000000 0.000000 0.000000 我不知道你的那種方法行不行,但我這個(gè)肯定可以。前面我都貼出來(lái)了:)這可是我的心血噢。========= opt=z-matrix的部分優(yōu)化。%Chk=reac-hf3 #p RHF/STO-3G opt(z-matrix,maxcyc=500)freq=noraman scf(maxcyc=200)reactant fopt 1 1 N-1-1.75389-0.48105 0.31424 H 0 x2 y2 z2 H 0 x3 y3 z3 H 0 x4 y4 z4 O-1 2.16296 0.18089-0.15503 H 0 x6 y6 z6 H 0 x7 y7 z7 H 0 x8 y8 z8 x2=-2.2088 y2=0.39705 z2=0.46255 x3=-2.14589 y3=-0.9279 z3=-0.4899 x4=-1.88451 y4=-1.06386 z4=1.11629 x6=1.36256 y6=0.28882 z6=-0.67401 x7=2.32973 y7=0.98241 z7=0.34634 x8=2.90378 y8=0.01009 z8=-0.74115 *********************************************** opt=modredundant的部分優(yōu)化。
分子坐標(biāo)部分可以為具體的數(shù)值,而不用為參數(shù)形式。%Chk=reac-hf3 #p RHF/STO-3G opt(modredundant,maxcyc=500)freq=noraman scf(maxcyc=200)reactant fopt 1 1 N-1-1.75389-0.48105 0.31424 H 0 H 0 H 0 O-1 2.16296 0.18089-0.15503 H 0 H 0 H 0 1 5 F
感謝各位大俠的幫助!
看了之后有個(gè)不明白的地方,還請(qǐng)大俠不吝賜教!在opt=modredundant的部分優(yōu)化時(shí)最后一行的 1 5 F 是什么意思?
就是將第一和第五號(hào)原子的距離固定
問(wèn)一個(gè)菜鳥的問(wèn)題:N 后面的-1和H后面的0是什么意思?是像手冊(cè)上所說(shuō)的把坐標(biāo)增加所需要的值嗎? 見(jiàn)笑了!
-1指的是固定,0指的是優(yōu)化,前面helpme貼的輸入方法也是這樣的
部分優(yōu)化輸入格式之二
opt=z-matrix的部分優(yōu)化。%Chk=reac-hf3 #p RHF/STO-3G opt(z-matrix,maxcyc=500)freq=noraman scf(maxcyc=200)reactant fopt 1 1 N-1-1.75389-0.48105 0.31424 H 0 x2 y2 z2 H 0 x3 y3 z3 H 0 x4 y4 z4 O-1 2.16296 0.18089-0.15503 H 0 x6 y6 z6 H 0 x7 y7 z7 H 0 x8 y8 z8 x2=-2.2088 y2=0.39705 z2=0.46255 x3=-2.14589 y3=-0.9279 z3=-0.4899 x4=-1.88451 y4=-1.06386 z4=1.11629 x6=1.36256 y6=0.28882 z6=-0.67401 x7=2.32973 y7=0.98241 z7=0.34634 x8=2.90378 y8=0.01009 z8=-0.74115 *********************************************** opt=modredundant的部分優(yōu)化。
分子坐標(biāo)部分可以為具體的數(shù)值,而不用為參數(shù)形式。%Chk=reac-hf3 #p RHF/STO-3G opt(modredundant,maxcyc=500)freq=noraman scf(maxcyc=200)reactant fopt 1 1 N-1-1.75389-0.48105 0.31424 H 0 H 0 H 0 O-1 2.16296 0.18089-0.15503 H 0 H 0 H 0 1 5 F
凍結(jié)坐標(biāo)的目的是什么了?我雖然會(huì)做但不太清楚Gaussian為什么會(huì)有這個(gè)功能.還有最近做了一個(gè)體系.有一個(gè)鍵如果不凍結(jié)的話.就優(yōu)化不出那個(gè)反應(yīng)中間體.那個(gè)鍵會(huì)斷.我這樣凍結(jié)鍵優(yōu)化出來(lái)的結(jié)構(gòu)計(jì)算頻率也無(wú)虛頻.它能看作為一個(gè)minima嗎?這個(gè)結(jié)構(gòu)可以作為我反應(yīng)機(jī)理的中間體嗎?我用溶劑化優(yōu)化結(jié)構(gòu)可以在不凍結(jié)坐標(biāo)的情況得到一個(gè)和這個(gè)結(jié)構(gòu)很接近的結(jié)構(gòu).凍結(jié)坐標(biāo)有時(shí)是有用的,舉幾個(gè)例子:
1,如優(yōu)化溶質(zhì)分子和nH2O的supermolecule,周圍的水分子,可能結(jié)構(gòu)變化不大,這時(shí)就可以固定水的鍵長(zhǎng)或鍵角,減少工作量。
2,如用cluster模擬大塊固體,這時(shí)也許就要按照晶格參數(shù)固定原子鍵長(zhǎng)和鍵角。3,又如不固定NH3-H-H2O中N-O鍵長(zhǎng)是得不到質(zhì)子傳遞勢(shì)壘。
4,還有在優(yōu)化穩(wěn)定構(gòu)型或過(guò)渡態(tài)得時(shí)候也有時(shí)用到部分優(yōu)化得到接近得結(jié)果,再放開(kāi)優(yōu)化,這樣逐步得到你想要得結(jié)果。
凍結(jié)坐標(biāo)對(duì)一些大的體系,超分子體系好象是很有用的.好象做生物分子的反應(yīng)時(shí)氨基酸殘基必須先固定.但我這個(gè)體系如果不固定,只要一放開(kāi),結(jié)構(gòu)就跑了會(huì)優(yōu)化到其它構(gòu)型上去.就算stepsize設(shè)得很小也沒(méi)有用.優(yōu)化第三步:
優(yōu)化結(jié)果分析,一般要進(jìn)行頻率計(jì)算,無(wú)虛頻,表示是極小值;有虛頻,表示是過(guò)渡態(tài)。如果出現(xiàn)虛頻,可根據(jù)虛頻的簡(jiǎn)正模式進(jìn)行調(diào)整以獲得極小值,我還沒(méi)有碰到這種情況,希望各位朋友能給些詳細(xì)的資料。
如前信所說(shuō),鍵長(zhǎng)鍵角有差別是很正常的,因?yàn)闅庀喾肿雍途w內(nèi)分子的結(jié)構(gòu)不可能完 全吻合,只可能近似相同。
另外,對(duì)不同元素的限制主要看基組是否能計(jì)算該類元素,例如你所采用的方法中用了
6-31G(D)基組,該基組支持H-Kr的元素,即可以計(jì)算Br原子但是不能夠計(jì)算I原子。如果你所
用的基組不支持你所計(jì)算的某個(gè)原子可以采用擴(kuò)展基組來(lái)進(jìn)行計(jì)算,或者降低基組的精度。
我用Gaussian優(yōu)化一個(gè)分子結(jié)構(gòu),由于目前實(shí)驗(yàn)上沒(méi)有辦法得到純凈的樣品來(lái)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,那么我怎么判斷優(yōu)化得到的結(jié)構(gòu)是正確的?
一些主要的鍵長(zhǎng)和鍵角的實(shí)驗(yàn)值或者別人計(jì)算的值是否和與你計(jì)算的分子類似? 這個(gè)判斷不好做。
所謂正確不正確,如果計(jì)算出來(lái)的頻率沒(méi)有虛頻,就表示你找到了一個(gè)局域穩(wěn)定點(diǎn)。要確定是不是全局穩(wěn)定點(diǎn)很難,只有通過(guò)別的方式比如HOMO-LUMO能級(jí)差等信息看你算出來(lái)態(tài)是不是穩(wěn)定。
也覺(jué)得高級(jí)的方法和大基組的結(jié)果更可信,謝謝各位高手的指點(diǎn)!再問(wèn)一個(gè)問(wèn)題,如果出現(xiàn)虛頻如何修改得到分子穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)
用GV看一下,根椐產(chǎn)生虛頻的振動(dòng)模式調(diào)整結(jié)構(gòu)
消去虛頻有什么技巧?我有一個(gè)計(jì)算結(jié)果,虛頻有三個(gè),都只有-30~-20左右,如果結(jié)構(gòu)改動(dòng)過(guò)大,一不小心,虛頻就會(huì)更大。頭痛ing~~~
那你就把結(jié)構(gòu)朝振動(dòng)的方向改小一點(diǎn)試一下 你
確實(shí)據(jù)我了解,消除虛頻的主要方法是改變構(gòu)型。
其次在計(jì)算上還可以嘗試:nosymm;加大循環(huán)次數(shù);提高收斂度;iop(1/8=1)等。其實(shí)我自己也是有這個(gè)問(wèn)題,對(duì)于勢(shì)能面很平,較小的虛頻很難消除。首先,1在優(yōu)化時(shí)采用Scf(tight)的選項(xiàng),增加收斂的標(biāo)準(zhǔn)。再去計(jì)算頻率。如果 還有虛頻,參見(jiàn)下一步。
2.對(duì)稱性的影響,很多情況下的虛頻是由于分子本身的對(duì)稱性造成的。這樣,在優(yōu)化時(shí),如果必要,要將對(duì)稱性降低,還有,輸入文件有時(shí)是用內(nèi)坐標(biāo)。建議如果有虛頻的話,將內(nèi)坐標(biāo)改成直角坐標(biāo)優(yōu)化。
3.如果上述方法還有虛頻,看一下虛頻,找到強(qiáng)度較大的,將在頻率中 產(chǎn)生的原子的振動(dòng)坐標(biāo)加到相應(yīng)的輸入文件中。這樣,重新計(jì)算。直到 虛頻沒(méi)有。實(shí)際上,如果分子柔性較大,很難找到最低點(diǎn),這是電子結(jié)構(gòu)計(jì)算的問(wèn)題,這種情況下,需要?jiǎng)恿W(xué)的 東西,用構(gòu)象搜尋的辦法解決。如:模擬退火,最陡下降法,淬火法等。將得到的能量最低的構(gòu)象做 一般的電子結(jié)構(gòu)計(jì)算,這樣,應(yīng)當(dāng)沒(méi)有問(wèn)題。
不要講你還沒(méi)有得到最穩(wěn)定的結(jié)構(gòu),那么,是你的分子有問(wèn)題,要么計(jì)算錯(cuò)了,要么就是游離出現(xiàn)代計(jì)算的范疇 zixia上大蝦的回復(fù): 將內(nèi)坐標(biāo)改成直角坐標(biāo)優(yōu)化”這一方法沒(méi)有多大作用,我試過(guò),還是一樣的結(jié)果 另外如果是根據(jù)振動(dòng)頻率的模式來(lái)調(diào)整分子結(jié)構(gòu)的話,還要注意調(diào)整完后的分子結(jié)構(gòu) 對(duì)應(yīng)的能量是不是比未調(diào)整之前有所降低,如果沒(méi)有,說(shuō)明還是不行。
alwens兄所講的第三點(diǎn),經(jīng)過(guò)我的猜測(cè)和與alwens的探討,終于知道應(yīng)該怎么做: 分子結(jié)構(gòu)輸入用直角坐標(biāo),將這些產(chǎn)生虛頻的振動(dòng)坐標(biāo)直接與原始坐標(biāo)相加。alwens兄進(jìn)一步提到: 這個(gè)方法有時(shí)候不太好。
不一定將坐標(biāo)全部加上。有時(shí)候可以選擇加1/2等。主要的目的是去掉由分子對(duì)稱所形成的虛頻。
象上面的那個(gè)計(jì)算,完全可以再利用scf(tight)的選項(xiàng)消掉1-2個(gè)虛頻。強(qiáng)度很小。
又多學(xué)了一招,自我感覺(jué)很幸福中??^_^ 怎么把內(nèi)坐標(biāo)改成直角坐標(biāo)啊 看你的輸出文件
Full point group CS NOp 2 Largest Abelian subgroup CS NOp 2 Largest concise Abelian subgroup CS NOp 2 Standard orientation:-------Center Atomic Atomic Coordinates(Angstroms)Number Number Type X Y Z-------1 46 0-0.242506 1.028743 2.204311 2 46 0-0.476137 2.619863 0.000000 3 46 0-0.242506 1.028743-2.204311 4 46 0-0.242506-1.618028-1.382208 5 46 0-0.242506-1.618028 1.382208 6 46 0-1.725240 0.349678 0.000000
這一部分就是,如果沒(méi)有,看 Input orientation:也行。
在opt的選項(xiàng)中加入“tight”或“saddle=0”,若是計(jì)算過(guò)度態(tài),應(yīng)是“saddle=1”。但是,也不一定能消除虛頻!最好,將結(jié)構(gòu)重新做一下,注意分子的構(gòu)型,如CH3的三個(gè)H與相鄰基團(tuán)是交叉,還是重疊!請(qǐng)教虛頻
請(qǐng)問(wèn)如何知道虛頻的結(jié)構(gòu)是什么,是不是頻率計(jì)算負(fù)值都可以認(rèn)為是虛頻,那我用gaussianview 看有三個(gè)負(fù)值,接下來(lái)我想做過(guò)渡態(tài),用IRC,那我應(yīng)該怎么弄呢?謝謝指導(dǎo) 你的輸出文件中這部分就是看是否有虛頻的
A“ A' A” Frequencies---65.9781 56.7053 59.7893 Red.masses--105.9032 105.9032 105.9032 Frc consts--0.2716 0.2006 0.2231 IR Inten--4.2436 0.0151 1.4107 Raman Activ--0.0000 0.0000 0.0000 Depolar--0.0000 0.0000 0.0000 Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z 1 46-0.49 0.13-0.15-0.41-0.16 0.08-0.10 0.15 0.22 2 46 0.00 0.00 0.16 0.64-0.01 0.00 0.00 0.00-0.18 3 46 0.49-0.13-0.15-0.41-0.16-0.08 0.10-0.15 0.22 4 46-0.22 0.05 0.08 0.05-0.06 0.09-0.26-0.19 0.00 5 46 0.22-0.05 0.08 0.05-0.06-0.09 0.26 0.19 0.00 6 46 0.00 0.00 0.44-0.06 0.23 0.00 0.00 0.00-0.31 7 46 0.00 0.00-0.23-0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.52 8 46 0.00 0.00-0.24 0.23 0.20 0.00 0.00 0.00-0.48 Frequencies 那一行數(shù)值為負(fù),即有虛頻。有三個(gè)負(fù)值,說(shuō)明找的不是過(guò)渡態(tài)。但是如果另外兩個(gè)虛頻很小,而另外一個(gè)虛頻很大,而且它的振動(dòng)模式對(duì)應(yīng)于你所計(jì)算的反應(yīng)模式(比如反就前后某一鍵的拉長(zhǎng),縮短等),在計(jì)算所用的方法充許校正范圍內(nèi),也還可以認(rèn)為是找到過(guò)渡態(tài)。但是一般要求能夠把另外兩個(gè)虛頻去掉。方法是要據(jù)振動(dòng)模式,調(diào)整結(jié)構(gòu),再優(yōu)化。
般認(rèn)為,過(guò)渡態(tài)僅有一個(gè)虛頻,中間體沒(méi)有虛頻!建議仔細(xì)閱讀《Exploring Chemistry with Electronic Structure Methos》和《G98W程序使用入門》,后者稍微簡(jiǎn)單一點(diǎn),廈大的免費(fèi)資源里有!
有一個(gè)虛頻是過(guò)渡態(tài)的必要條件;有幾個(gè)虛頻肯定不行了,有時(shí)候有一個(gè)虛頻也不一定就找準(zhǔn)了,做IRC成功就可靠了。另:復(fù)合物也會(huì)有小的虛頻,只要不大于100,也可認(rèn)為是一極小值。
沒(méi)錯(cuò),有些體系可能存在several or many local minima,那么找到的具有一個(gè)虛頻的過(guò)渡態(tài)可能連接兩個(gè)loccal minima,而非連接反應(yīng)物和產(chǎn)物,因此必須做IRC來(lái)判斷.關(guān)于虛頻的物理意義
自恨理論功底淺薄,所以特地在此向諸位高手求教:
在尋找過(guò)渡態(tài)計(jì)算中opt=ts, 需要計(jì)算頻率,如果有一個(gè)虛頻就說(shuō)明優(yōu)化所得的構(gòu)型是個(gè) 過(guò)渡態(tài)。有時(shí)在做部分限制優(yōu)化opt=minimal時(shí),也能得到一個(gè)虛頻(一般發(fā)生在frozen 部分的化學(xué)鍵上)。我想問(wèn)一下,虛頻的數(shù)值大小本身具有什么物理意義。后一種情況是否也可以認(rèn)定為過(guò)渡態(tài)。
我的理解:
虛頻就是在這個(gè)振動(dòng)方向上力常數(shù)是負(fù)的
過(guò)渡態(tài)之所以有一個(gè)虛頻,是因?yàn)樗且粋€(gè)鞍點(diǎn),鞍點(diǎn)上有一個(gè)負(fù)的梯度的方向 分子沿這個(gè)方向振動(dòng)時(shí)將轉(zhuǎn)化為反應(yīng)物或產(chǎn)物。就象從山上掉下來(lái),受到的力可以 認(rèn)為是負(fù)的。
但并不是有一個(gè)虛頻就是過(guò)渡態(tài),還要在這個(gè)虛頻的振動(dòng)方向上分別指向反應(yīng)物和 產(chǎn)物
有一個(gè)虛頻并不一定是你想要的過(guò)渡態(tài),你要看虛頻的振動(dòng)方向是不是對(duì)應(yīng)著反應(yīng)的方向。從概念上說(shuō),虛頻就是化學(xué)反應(yīng)方向上的簡(jiǎn)正坐標(biāo)的二次偏導(dǎo)小于零。
另外,根據(jù)我的經(jīng)驗(yàn),這個(gè)虛頻的負(fù)值應(yīng)該大一些,如果這個(gè)值太小,那也不足信。不知對(duì)不對(duì),呵呵!
優(yōu)化輸出信息:
這說(shuō)明優(yōu)化失敗了,沒(méi)有收斂,你可以嘗試:
1。降低收斂標(biāo)準(zhǔn)(算一般的有機(jī)分子不要緊,如果是過(guò)渡金屬,那就不要了)2。增大循環(huán)次數(shù) 3。換基組和算法 4。改變初始猜測(cè)
是有機(jī)分子阿,呵呵,用的是AM1,還是太大嗎hsi
這種不收斂的情況可能是你最初用軟件建模的時(shí)候構(gòu)型不合理,仔細(xì)考慮一下你的分子的構(gòu)型是否合理,是否還存在其它的構(gòu)型,單純地降低收斂標(biāo)準(zhǔn)意義不大,不過(guò)你可以先嘗試一下增大循環(huán)次數(shù),最多scf(maxcyc=300),再不收斂的話就不是循環(huán)的問(wèn)題,是構(gòu)型不對(duì)。
S能不能說(shuō)說(shuō),π軌道和σ軌道的組成上有什么差別?這方面我比較欠缺。ure.You can directly analyze the components of the molecule orbitals from the population in the *.log file.我在版面上說(shuō)過(guò)了,當(dāng)初的討論還真是熱烈:)你可以翻看一下
我這里簡(jiǎn)述幾句:
π軌道主要是由npx,npy,nd-1,nd+1組成σ軌道主要是由ns,npz(鍵軸方向),nd0
還有,nd+2,nd-2主要是組成δ軌道。
opt 是可以restart,前面的中間文件是少不了的。1, %chk=...#..opt Stopped 2, %chk=...#..opt(restart)guess=read geom=allcheck-----------------對(duì)弈freq的restart,是要采用數(shù)值計(jì)算方法才可以restart。(以下我省略chk和方法的輸入,自己加上)1, freq(numerical)2, freq(restart,numerical)guess=read
OPT=restart不能進(jìn)行,why 因?yàn)樗罊C(jī)OPT被中斷,我采用OPT=restart繼續(xù)進(jìn)行,但是出現(xiàn)以下情況:
Restoring state from the checkpoint file “Mn7O14V11O2-PCOPT1-2.chk”.FileIO operation on non-existent file.FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-997 Len= 120004 IPos= 0 Q= 8710320
dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles = 16 SizExt = 524288 WInBlk = 512 defal = T LstWrd = 667136 FType=2 FMxFil=10000 Number 0 0 0 0 0 508 522 598 Base 144896 149504 142848 22016 444416 143360 143872 172032 End 146944 172032 143360 142336 667136 143375 144572 172034 End1 146944 172032 143360 142336 667136 143872 144896 172544 Wr Pntr 143360 149504 142848 22016 199168 143360 143872 172032 Rd Pntr 143360 149504 142948 142020 199168 143360 143872 172032 Number 634 991 992 994 995 996 998 999 Base 199168 147456 146944 20480 142336 21504 20992 172544 End 444168 149097 146949 20510 142346 21554 21042 198796 End1 444416 149504 147456 20992 142848 22016 21504 199168 Wr Pntr 199168 147456 146944 20480 142336 21504 20992 172544 Rd Pntr 199168 149097 146949 20510 142346 21554 21042 172545
dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles = 5 SizExt = 0 WInBlk = 512 defal = F LstWrd = 267264 FType=2 FMxFil=10000 Number 0 508 522 634 998 Base 266245 20480 20545 21245 20495 End 267264 20495 21245 266245 20545 End1 267264 20495 21245 266245 20545 Wr Pntr 266245 20480 20545 21245 20495 Rd Pntr 266245 20480 20545 21245 20495
dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles = 1 SizExt = 524288 WInBlk = 512 defal = T LstWrd = 66048 FType=2 FMxFil=10000 Number 0 Base 20480 End 66048 End1 66048 Wr Pntr 20480 Rd Pntr 20480 Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.為什么我的file IO會(huì)不存在?是什么參數(shù)設(shè)漏了嗎?請(qǐng)各位大蝦支持,謝謝!
在你前一次的計(jì)算中,第一單點(diǎn)的計(jì)算未完成,所以,checkpoint文檔中尚無(wú)優(yōu)化過(guò)程的信息,無(wú)法restart.過(guò)渡態(tài)優(yōu)化過(guò)程中遇到一個(gè)這樣的問(wèn)題
我在過(guò)渡態(tài)優(yōu)化過(guò)程中用這樣的方法 # hf/6-31g(d)opt=(ts,calcfc)freq當(dāng)運(yùn)行到L999時(shí)Link died請(qǐng)問(wèn)可能是什么原因?是不是我的過(guò)渡態(tài)輸入有問(wèn)題?另外,尋找過(guò)渡態(tài)有哪些技巧,請(qǐng)指教!
你的計(jì)算在設(shè)定的步數(shù)里面沒(méi)有找到過(guò)渡態(tài)。這有兩個(gè)可能:一是初始輸入的構(gòu)型不好。二是循環(huán)次數(shù)不夠(可以maxcycle=大一點(diǎn)的數(shù))。具體還是等高手來(lái)指點(diǎn)吧。
對(duì)于決定收斂結(jié)構(gòu)的標(biāo)準(zhǔn),做了一些很小但很重要的變動(dòng)。當(dāng)力比截?cái)嘀敌蓚€(gè)數(shù)量級(jí)時(shí)(即,極限值的1/100),結(jié)構(gòu)即被認(rèn)為是收斂的,即便是位移比截?cái)嘀颠€大。這個(gè)變動(dòng)有利于大分子的優(yōu)化,因?yàn)樗鼈兊淖钚≈抵車赡苡蟹浅F骄彽膭?shì)能曲面。(G98manual p106)所以你的opt有2個(gè)yes 頻率計(jì)算完成后還有一次優(yōu)化,可能這次就優(yōu)化到3個(gè)了
!做頻率分析的時(shí)候只需要用Freq就可以,不需要加Raman選項(xiàng),對(duì)嗎? freq=noraman不作拉曼強(qiáng)度計(jì)算,可以提高10%-20%的計(jì)算速度.算一個(gè)分子的電離能,里面有I,CL 在優(yōu)化起正離子的時(shí)候老是沒(méi)有沒(méi)有結(jié)果 體系的能量趨勢(shì)不固定,有時(shí)大有時(shí)小,MAXCYCLE=80后出現(xiàn)2個(gè)YES,然后DIE LINK 999 但是COPY。OUT最后的構(gòu)型再去優(yōu)化后 結(jié)構(gòu)4個(gè)全是NO 現(xiàn)在還在算,但是還是NO 怎么辦? 要OPT=CALCALL嗎?有什么用? 另外,還有一個(gè)題外的問(wèn)題 這樣寫對(duì)嗎?
OPT(MAXCYCLE=80,STEPSIZE=10)可以嗎?
增大優(yōu)化次數(shù),optcyc=N;N給大一些。opt=(maxcycle=N)也一樣
前面的老帖子已經(jīng)講到這些,好象在免費(fèi)資源里的Gaussian98 tips.一部分引用如下:
First, whenever you encounter SCF convergence failures you need to look at the progress of the SCF by using #P in place of # which will print out the status at each iteration.It is useful to know if the SCF is converging slowly, oscillating, taking large jumps etc.Slow convergence can be a sign that a higher order converger like SCF=QC would be helpful.Oscillations can be a sign that a small HOMO/LUMO gap is causing a flip in the occupied orbitals and SCF=VShift=n is useful.Large jumps can indicate that a poor initial guess or a change in the electronic state from the initial guess has occured and normal convergence will eventually achieved but after a larger number of cycles and a better initial guess would help.Second, whenever possible it is helpful to start with a smaller basis set, i.e.STO-3G, LANL1MB, etc for single points.This is cheaper and so you can often generate a better initial guess which can be used with GUESS=READ and the larger basis set and without the more expensive options.In your case the SCF converges initially quite smoothly and then bounces around without making progress.This makes SCF=QC a likely approach to clean up this problem, at least at the initial point.You might want to look at adding IOP(5/13=1)which allows the SCF to print out the MO's even in the event that convergence was not reached.This should only be used with single points, i.e.remove OPT.As to optimization constraints.To freeze atomic coordinates you should turn on NoSymm.This method of freezing structures causes problems for redundant internals which are being looked into but NoSymm fixes the most serious ones.下面是血紅素的化學(xué)合成的模型,由于分子有點(diǎn)大,又加上有個(gè)Fe,所以優(yōu)化非常困難,請(qǐng)求斑竹支 高招:
(1)這是一個(gè)高度對(duì)稱的分子,如何利用加虛原子,提高計(jì)算速度?
(2)優(yōu)化Fe,我采用了LANL2DZ,請(qǐng)問(wèn)有沒(méi)有更好的基組?怎么手工加基組?(3)由于變量太多,您認(rèn)為我通過(guò)怎樣的辦法,減少變量來(lái)提高計(jì)算速度? 非常感謝!!做出文章了,我一定掛你的大名,呵呵。
S O 1 B1 Fe 2 B2 1 A1 N 3 B3 2 A2 1 D1 N 3 B4 2 A3 1 D2 N 3 B5 2 A4 1 D3 N 3 B6 2 A5 1 D4 C 4 B7 3 A6 2 D5 C 8 B8 4 A7 3 D6 C 9 B9 8 A8 4 D7 C 4 B10 3 A9 2 D8 C 5 B11 3 A10 2 D9 C 12 B12 5 A11 3 D10 C 13 B13 12 A12 5 D11 C 5 B14 3 A13 2 D12 C 6 B15 3 A14 2 D13 C 16 B16 6 A15 3 D14 C 17 B17 16 A16 6 D15 C 6 B18 3 A17 2 D16 C 7 B19 3 A18 2 D17 C 20 B20 7 A19 3 D18 C 21 B21 20 A20 7 D19 C 7 B22 3 A21 2 D20 C 23 B23 7 A22 3 D21 H 24 B24 23 A23 7 D22 C 11 B25 4 A24 3 D23 H 26 B26 11 A25 4 D24 C 16 B27 6 A26 3 D25 H 28 B28 16 A27 6 D26 C 20 B29 7 A28 3 D27 H 30 B30 20 A29 7 D28 H 1 B31 3 A30 2 D29 H 9 B32 8 A31 4 D30 H 10 B33 9 A32 8 D31 H 13 B34 12 A33 5 D32 H 14 B35 13 A34 12 D33 H 17 B36 16 A35 6 D34 H 18 B37 17 A36 16 D35 H 21 B38 20 A37 7 D36 H 22 B39 21 A38 20 D37 B1 4.21561119 B2 1.64053835 B3 2.01170682 B4 2.00223534 B5 2.01140630 B6 2.01948030 B7 1.38502525 B8 1.45027869 B9 1.36206816 B10 1.38792662 B11 1.38546948 B12 1.45027336 B13 1.36191526 B14 1.38377173 B15 1.38899517 B16 1.45046091 B17 1.36116892 B18 1.38527197 B19 1.39574494 B20 1.44813170 B21 1.36193008 B22 1.39696571 B23 1.37779525 B24 1.08374598 B25 1.38063627 B26 1.08377153 B27 1.37911143 B28 1.08372124 B29 1.37753366 B30 1.08361344 B31 1.37864549 B32 1.07802759 B33 1.07801256 B34 1.07797961 B35 1.07795952 B36 1.07798544 B37 1.07794319 B38 1.07803016 B39 1.07806743 A1 6.31961440 A2 94.07195309 A3 95.30512753 A4 94.38669042 A5 94.58713162 A6 127.10303272 A7 109.89556522 A8 107.10994453 A9 126.54307980 A10 126.81263629 A11 109.85724161 A12 107.06302128 A13 126.91593763 A14 126.68048694 A15 109.77898998 A16 107.13028054 A17 126.98352930 A18 126.67933314 A19 109.65642922 A20 107.43086078 A21 126.85650291 A22 125.36309437 A23 117.60829677 A24 125.56378588 A25 117.60334742 A26 125.52442366 A27 117.63863540 A28 125.46104554 A29 117.64536447 A30 98.48331793 A31 124.49018481 A32 128.37464062 A33 124.51087771 A34 128.41640662 A35 124.47708155 A36 128.39197501 A37 124.32863598 A38 128.24305473 D1-108.51711460 D2 161.17665430 D3 70.83221148 D4-18.82295908 D5 85.79136868 D6-174.21655652 D7 0.09638172 D8-87.07481057 D9 86.40576040 D10-175.60372334 D11-0.05103700 D12-88.28171080 D13 88.94769251 D14-174.64817315 D15 0.35121394 D16-84.34232126 D17 84.15970765 D18-172.91552513 D19 0.72935930 D20-85.63442533 D21-5.66240036 D22 179.49688145 D23-6.19734957 D24-179.54995066 D25 4.93855843 D26 179.77279426 D27 6.47288831 D28-179.56429342 D29-89.13791474 D30-179.79660459 D31-179.88612542 D32-179.83142492 D33-179.77466949 D34-179.60732447 D35-179.84766166 D36-179.39904616 D37 179.72163849
我也在做大分子的計(jì)算,希望能交流交流。我的電子郵件:chsun@imr.ac.cn 我的經(jīng)驗(yàn)是先做PM3優(yōu)化,然后再用精度高的方法和基組。
你的前三個(gè)原子,不是一條直線嗎?如果是直線,那對(duì)稱性就可以是C4v了。如果不是直線,那至少要做成cs對(duì)稱性吧?把前三個(gè)分子所在的平面作為對(duì)稱面。你現(xiàn)在的對(duì)稱性是沒(méi)有——雖然看上去很對(duì)稱。Fe用贗勢(shì)基組不知道會(huì)怎么樣,你可以看看別人的文章。
做優(yōu)化的時(shí)候,可以固定一些外層的原子,只讓和中間的原子相連的動(dòng)。
大約有3M 另外,F(xiàn)e、O、S分子是在一條直線上么?如果不是,你可以將吡啶環(huán)上的參數(shù)先減少了,然后再加Fe、O、S,肯定能夠減少不少參數(shù),但是不知道由沒(méi)有實(shí)際意義了
1)我談一下我做過(guò)的體系加虛原子的經(jīng)驗(yàn),希望對(duì)你有幫助:一般情況下,虛原子加在分子的對(duì)稱中心,或鍵軸Cn軸上,如要加第二個(gè),可放在垂直于Cn軸的方面上。(2)你可以到基組庫(kù)去尋找基組,可能要比單單的Lanl2Dz效果好
(3)你的體系高度對(duì)稱,肯定有不少的CH鍵長(zhǎng)鍵角是一樣的(或者差別很小),一律設(shè)為一個(gè)參數(shù),讓它同步優(yōu)化。
PS:你的輸入文件的參數(shù)也太多了點(diǎn)
我看了一下你的結(jié)構(gòu),你說(shuō)是高度對(duì)稱?我想問(wèn)你一下這是你手建的嗎?從你的坐標(biāo)看好象沒(méi)有對(duì)稱性。32號(hào)H怎么位置這么怪!我認(rèn)為你的結(jié)果最高對(duì)稱性是 C(4V),最好手建一下為好(如不考慮外場(chǎng)作用)。
這種體系的計(jì)算現(xiàn)在非常熱門也非常有難度,上次我們聽(tīng)的以色列教授介紹的也是這方面的內(nèi)容,這種體系以我們的水平可能很難處理好。你可能要找到做這方面的專家指導(dǎo)才會(huì)有很好的效果,否則很難分析清楚計(jì)算出的結(jié)果。
上次以色列教授沙松過(guò)來(lái)我們這邊就是介紹的有關(guān)P450的計(jì)算,雖然我沒(méi)有聽(tīng)懂什么,不過(guò)以我自己計(jì)算含金屬的小分子經(jīng)驗(yàn)來(lái)看,關(guān)于這種體系很難處理的部分就在于如果控制中心金屬原子鐵和周圍配體的配位情況,以及了解中心金屬原子的電子占據(jù),如果你僅是靠軟件產(chǎn)生體系的輸入坐標(biāo),可能計(jì)算很難達(dá)到你想要的結(jié)果。這些坐標(biāo)的產(chǎn)生可以要靠自己的經(jīng)驗(yàn)來(lái)步步設(shè)置,所以就像你所說(shuō)的太細(xì)節(jié)的東西是很難說(shuō)清楚的,因?yàn)樗麄冊(cè)谟?jì)算過(guò)程中擁有比你更多的經(jīng)驗(yàn)。只能給你這些參考性建議了,沒(méi)有什么實(shí)質(zhì)性的幫助。
我的輸入文件是:
%chk=zux3
#p hf/lanl2dz opt symm=loose scf=(maxcycle=200)test
zux3
0 1
0.000000 0.000000 1.463625 6-2.059783 0.151849 1.234523 8-3.189332 0.235187 0.995024 6 0.153438 2.073727 1.558845 8 0.238770 3.225066 1.644723 6 0.000000 0.000000 3.544137 8 0.000000 0.000000 4.703699 6 0.000000 0.000000-0.664692 6 0.000000 0.000000-1.891052 6 0.000000 0.000000-3.251669 7-1.186271-0.125670-3.989741 6-2.427060-0.359632-3.218024 6-1.381218 0.710276-5.201852 1-2.263789-1.158724-2.497766 1-2.749787 0.537294-2.683916 1-3.209142-0.660105-3.913517 1-0.432645 1.124763-5.529600 1-1.810550 0.110340-6.005013 1-2.062473 1.534158-4.980011 6 2.059783-0.151849 1.234523 8 3.189332-0.235187 0.995024 6-0.153438-2.073727 1.558845 8-0.238770-3.225066 1.644723 7 1.186271 0.125670-3.989741 6 2.427060 0.359632-3.218024 1 2.263789 1.158724-2.497766 1 2.749787-0.537294-2.683916 1 3.209142 0.660105-3.913517 6 1.381218-0.710276-5.201852 1 0.432645-1.124763-5.529600 1 1.810550-0.110340-6.005013 1 2.062473-1.534158-4.980011
分子的點(diǎn)群是c2,但是優(yōu)化第二輪是就出錯(cuò)了,Omega: Change in point group or standard orientation.Error termination via Lnk1e in d:g98wl202.exe.如果我不用關(guān)鍵詞symm=loose,優(yōu)化時(shí)分子點(diǎn)群就變成了c1。
請(qǐng)高手指教,這是何原因呢?若我想保持分子仍是c2,改如何處理?
3x!換內(nèi)坐標(biāo)吧
opt=Z-matrix 你用內(nèi)坐標(biāo)可能會(huì)好一點(diǎn)吧?而且也能保證你的對(duì)稱性的。[em12][em12] Angle between quadratic step and forces= 29.72 degrees.Linear search not attempted--first point.Iteration 1 RMS(Cart)= 0.00036483 RMS(Int)= 0.00000015 Iteration 2 RMS(Cart)= 0.00000015 RMS(Int)= 0.00000006 Variable Old X-DE/DX Delta X Delta X Delta X New X(Linear)(Quad)(Total)R1 2.05001-0.00006 0.00000-0.00017-0.00017 2.04984 R2 2.83834 0.00000 0.00000 0.00009 0.00009 2.83844 R3 2.05240-0.00007 0.00000-0.00023-0.00023 2.05218 R4 2.05240-0.00007 0.00000-0.00023-0.00023 2.05218 R5 2.03466-0.00003 0.00000-0.00007-0.00007 2.03459 R6 2.47511 0.00010 0.00000 0.00015 0.00015 2.47526 R7 2.02743-0.00009 0.00000-0.00024-0.00024 2.02719 R8 2.51854 0.00015 0.00000 0.00038 0.00038 2.51892 A1 1.94852-0.00009 0.00000-0.00069-0.00069 1.94783 A2 1.88382 0.00007 0.00000 0.00042 0.00042 1.88424 A3 1.88382 0.00007 0.00000 0.00042 0.00042 1.88424 A4 1.93636-0.00006 0.00000-0.00034-0.00034 1.93602 A5 1.93636-0.00006 0.00000-0.00034-0.00034 1.93602 A6 1.87204 0.00008 0.00000 0.00063 0.00063 1.87267 A7 2.06277 0.00007 0.00000 0.00058 0.00058 2.06335 A8 2.15661 0.00001 0.00000 0.00012 0.00012 2.15674 A9 2.06380-0.00008 0.00000-0.00071-0.00071 2.06310 A10 2.19767 0.00004 0.00000 0.00041 0.00041 2.19808 A11 2.13077-0.00008 0.00000-0.00050-0.00050 2.13027 A12 1.95474 0.00004 0.00000 0.00009 0.00009 1.95483 D1 3.14159 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 3.14159 D2 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 D3 1.03955 0.00001 0.00000 0.00017 0.00017 1.03972 D4-2.10204 0.00001 0.00000 0.00017 0.00017-2.10187 D5-1.03955-0.00001 0.00000-0.00017-0.00017-1.03972 D6 2.10204-0.00001 0.00000-0.00017-0.00017 2.10187 D7 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 D8 3.14159 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 3.14159 D9 3.14159 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 3.14159 D10 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 Item value Threshold Converged? Maximum Force 0.000148 0.000450 YES RMS Force 0.000059 0.000300 YES Maximum Displacement 0.000912 0.001800 YES RMS Displacement 0.000365 0.001200 YES Optimization completed.--Stationary point found.詳細(xì)解釋一下好嗎,這一段幾乎全看不懂
Iteration 1 RMS(Cart)= 0.00036483 RMS(Int)= 0.00000015 Iteration 2 RMS(Cart)= 0.00000015 RMS(Int)= 0.00000006 這應(yīng)該是按笛卡爾坐標(biāo)和內(nèi)坐標(biāo)計(jì)算的均方誤差,比較的標(biāo)準(zhǔn)不清楚!
Variable列是輸入的變量;Old X列是上一次的變量值;-DE/DX是能量對(duì)坐標(biāo)的一階導(dǎo)數(shù),是判斷駐點(diǎn)的依據(jù);Delta X是與上次相比變量的變化;New X是新的變量數(shù)值!
SCF Done: E(RHF)=-113.866331170 A.U.after 12 cycles Convg = 0.1529D-08-V/T = 2.0020 S**2 = 0.0000 NROrb= 34 NOA= 8 NOB= 8 NVA= 26 NVB= 26 最后一行是什么東東?
總軌道數(shù)34,Alpha占居軌道8個(gè),Beta占居軌道8個(gè),Alpha虛軌道26個(gè),Beta虛軌道26個(gè)!NROrb=number of orb NOA= numberof alpha occupied orb NVA=number of virtual alpha orb
結(jié)構(gòu)優(yōu)化的時(shí)候有沒(méi)有可能出現(xiàn)這種情況:
即構(gòu)型在兩個(gè)或幾個(gè)結(jié)構(gòu)循環(huán)變化,總也不能達(dá)到終點(diǎn) 可能出現(xiàn)么?如果這樣的話該如何處理?非線形搜索? 多謝!
“構(gòu)型在兩個(gè)或幾個(gè)結(jié)構(gòu)循環(huán)變化,總也不能達(dá)到終點(diǎn),可能出現(xiàn)么?”這個(gè)問(wèn)題是你實(shí)際遇到的,還是憑空想出來(lái)的?幾個(gè)結(jié)構(gòu)在勢(shì)能面上對(duì)應(yīng)著局部最小,自洽場(chǎng)的結(jié)果是會(huì)到達(dá)一個(gè)局部最小值,而不會(huì)出現(xiàn)在幾個(gè)個(gè)結(jié)構(gòu)循環(huán)變化。我覺(jué)得你想說(shuō)的是收斂振蕩的問(wèn)題吧?
他指的可能是結(jié)構(gòu)優(yōu)化振蕩,我曾經(jīng)用過(guò)iop(1/8)里的一些選項(xiàng),對(duì)控制結(jié)構(gòu)優(yōu)化有一定幫助
我現(xiàn)在遇到的問(wèn)題是這樣的,優(yōu)化了很多圈,但每次的能量總是在很小的范圍內(nèi)起伏
只能在Force上達(dá)到兩個(gè)YES,而Displacement上總是NO,我覺(jué)得就象是在幾個(gè)結(jié)構(gòu)中振蕩一樣,這是所謂的優(yōu)化振蕩么?
iop(1/8)里有設(shè)定優(yōu)化步長(zhǎng)的功能:
0 DXMAXT = 0.1 BOHR OR RADIAN(L103, Estm or UnitFC).= 0.3 Bohr or Radian(L103, Read or CalcFC).= 0.2 Bohr or Radian(L105).= 0.3 Bohr or Radian(L113, L114).N DXMAXT = 0.01 * N 哪里有關(guān)于iop(1/8)的詳細(xì)內(nèi)容呢??
在免費(fèi)資源版有IOP的pdf文件
謝supi!使用了iop(1/8=1)結(jié)構(gòu)終于優(yōu)化完了,但這說(shuō)明什么呢?體系的能量對(duì)于結(jié)構(gòu)的微小變化很敏感?還是說(shuō)勢(shì)能面比較平坦?
版上的今天剛貼的Guassian tips這篇貼子中最后有提到收斂遇到的一種情況就是“taking large jumps”.對(duì)于優(yōu)化默認(rèn)采用的步長(zhǎng)為0.3Bohr對(duì)你優(yōu)化的結(jié)構(gòu)來(lái)說(shuō)太大,所以你看到結(jié)果能量總是在很小的范圍內(nèi)起伏.因此你使用IOP(1/8=1)設(shè)置步長(zhǎng)為0.01Bohr,而達(dá)到收斂的最終結(jié)果,說(shuō)明這個(gè)結(jié)構(gòu)的勢(shì)能面是起伏不平的,對(duì)結(jié)構(gòu)的變化非常敏感.不過(guò),這種情況也像是oscillating,建議用SCF(Vshift=300)試一下,看能不能收斂到同一結(jié)果?
試了好幾次,總覺(jué)得使用二次收斂方法scf=qc,對(duì)收斂沒(méi)有什么太大的效果,反而不如以前.而且對(duì)于oscillating采用SCF(Vshift=N)來(lái)說(shuō),由于DFT已經(jīng)使用N=200,即使增大N的值對(duì)收斂的結(jié)果也無(wú)明顯效果,比不上減小優(yōu)化步長(zhǎng).但是對(duì)于減少步長(zhǎng)來(lái)說(shuō),機(jī)時(shí)消耗太大,雖然在能量上比前者來(lái)得低,但是仍可能達(dá)不到收斂的預(yù)期效果,因此這些都說(shuō)明了一個(gè)問(wèn)題:The initial guess isn't very good.關(guān)于如果處理這些問(wèn)題,《計(jì)算化學(xué)》上給出了一些更好的建議。
看了關(guān)于學(xué)術(shù)腐敗的討論,很慚愧,學(xué)習(xí)高斯已經(jīng)有好幾個(gè)月,還停留在Opt階段,而且還有不少問(wèn)題,先問(wèn)兩個(gè)吧,請(qǐng)莫見(jiàn)笑。
1.我發(fā)現(xiàn)構(gòu)型優(yōu)化時(shí),Opt(tight)和只有Opt時(shí),機(jī)時(shí)差別若干倍,但結(jié)果好像差的不是很多,為什么? 2.對(duì)于大分子,可以先用小基組優(yōu)化,而后再用更高級(jí)基組優(yōu)化,具體寫輸入文件時(shí),小基組時(shí)的分子說(shuō)明部分用初始分子構(gòu)型的數(shù)據(jù),而更高基組優(yōu)化時(shí)的分子說(shuō)明部分應(yīng)該用小基組的計(jì)算結(jié)果,怎么寫呢?
。opt=tight采用了更為嚴(yán)格的收斂標(biāo)準(zhǔn),使用選項(xiàng)Opt=Tight的優(yōu)化計(jì)算比使用默認(rèn)截止點(diǎn)的優(yōu)化計(jì)算要多算幾步。所用的時(shí)間當(dāng)然也大得多了。要注意我們使用的能量的原子單位是個(gè)很大的數(shù)值1au=627.51kcal/mol,也許用兩種方法算出來(lái)的能量只差了0。05個(gè)單位,可換算一下就有30多的kcal/mol!2。你可以先用小基組算,然后用前面的chk文件來(lái)作大基組的計(jì)算。在控制行加入geom=check,guess=read,就不用分子構(gòu)型輸入了
結(jié)構(gòu)優(yōu)化不收斂,一般有什么OPT=ReadFc, opt=CalcFc, opt=calcAll,或者設(shè)置maxcycle,opt=restart等等,但有沒(méi)有人知道那種最為有效?具體方法怎樣?當(dāng)然有示例是最好的了!呵呵:)談?wù)勎业南敕? 我感覺(jué)結(jié)構(gòu)不收斂可能與你的初始猜測(cè)有關(guān),也許先固定某些鍵長(zhǎng)鍵角再優(yōu)化,事后再放開(kāi)優(yōu)化會(huì)比較容易收斂.采用低級(jí)算法先計(jì)算只是其中的方法之一,你為何一直要用這種方法?有什么依據(jù)? 如果你順利解決了你的計(jì)算,那就談?wù)勀愕慕?jīng)驗(yàn)如何?
我覺(jué)得采用OPT=CALCFC并不一定得到好的結(jié)果,有時(shí)候收不收斂實(shí)際和我們處理的化學(xué)問(wèn)題相關(guān),而不僅僅是用計(jì)算上的技巧進(jìn)行解決.比如兩個(gè)原子間電子占據(jù)沒(méi)有sigma成鍵,但是存在強(qiáng)的sigma非鍵作用,那么它們之間的斥力很強(qiáng),計(jì)算就很難收斂形成穩(wěn)定的體系.因此在處理收斂的問(wèn)題時(shí),我們應(yīng)該多分析不收斂的問(wèn)題實(shí)質(zhì),是電子的什么運(yùn)動(dòng)狀態(tài)引起的,而非看到不收斂就想利用一些key來(lái)解決,我自己也試過(guò)一些key,包括opt=calcfc,allcfc,NoDIIS,QC等等(包括一些強(qiáng)制性的手段),并不是很有效,因?yàn)樗鼈兌际菑募夹g(shù)的角度來(lái)解決問(wèn)題.如果一個(gè)體系能形成穩(wěn)定的體系,那么它不依靠這些key也是能解決的.反而如果一體系不收斂只是利用了這些技術(shù)就收斂了,那么這種結(jié)果如何可信?前面的貼子中,有些技巧諸如調(diào)整原子間的距離和鍵角,這些手段才是比較有效的,因?yàn)樗苯佑绊懥嗽娱g的電子運(yùn)動(dòng)狀態(tài),即波函數(shù),我們有時(shí)候初始猜測(cè)不正確就是因?yàn)槌绦蚪o出的電子的占據(jù)狀態(tài)錯(cuò)誤而直接影響了原子間的成鍵,這時(shí)就需要對(duì)電子占據(jù)的軌道進(jìn)行調(diào)整,Guess=alter,這對(duì)于過(guò)渡金屬的計(jì)算來(lái)說(shuō)特別要注意,因?yàn)镚98總不能給出正確的初始猜測(cè).謝謝諸位意見(jiàn),收益非淺。我起初一直認(rèn)為我的初始模型是正確的,但后來(lái)我試過(guò)4個(gè)模型,才發(fā)現(xiàn)初始結(jié)構(gòu)非常重要。開(kāi)始三個(gè)是MnO2理想的晶體結(jié)構(gòu),通過(guò)改變鍵長(zhǎng)希望結(jié)構(gòu)優(yōu)化收斂,但是失敗。我又重新定義采用MnO2的真實(shí)晶胞參數(shù),現(xiàn)在結(jié)果有些眉目,能收斂只是沒(méi)有正常結(jié)束,可能是我吸附分子的坐標(biāo)出了點(diǎn)問(wèn)題,出現(xiàn)
Error on Z-matrix card number 23 angle Alpha is outside the valid range of 0 to 180.所以我深切體會(huì)到樓上師兄的話:調(diào)整原子間的距離和鍵角,這些手段才是比較有效的。我現(xiàn)在才發(fā)覺(jué),G98真是一個(gè)費(fèi)內(nèi)存,費(fèi)時(shí)間的東西,很多計(jì)算要的是經(jīng)驗(yàn),你計(jì)算的垃圾多了,你才知道你需要什么!這個(gè)過(guò)程真夠悲慘。
第二篇:IT職業(yè)行為優(yōu)化小結(jié)
《IT職業(yè)行為優(yōu)化》課程學(xué)習(xí)總結(jié)
大一開(kāi)始學(xué)習(xí)IT職業(yè)行為優(yōu)化,在剛開(kāi)始的學(xué)習(xí)中我就對(duì)這門課程的學(xué)習(xí)方式很感興趣。以小組為學(xué)習(xí)單位,靠小組內(nèi)的同學(xué)互相協(xié)作來(lái)完成學(xué)習(xí)。在學(xué)習(xí)中多的不是作業(yè),多的而是小組成員間的討論以及對(duì)各項(xiàng)有用資料的收集。為的是完美的完成小組的任務(wù)。對(duì)此我的收獲頗豐,這不但鍛煉了我的團(tuán)隊(duì)意識(shí)同時(shí)也讓我明白了一種好的職業(yè)行為可以決定你在那條職業(yè)道路上能走多遠(yuǎn)。
在第一堂課的學(xué)習(xí)中我便感受到了這門課程的重要性,對(duì)于IT職業(yè)道德的理解以及職業(yè)行為的優(yōu)化有著很現(xiàn)實(shí)的看法。在大一機(jī)房維護(hù)組的招新中我有幸的進(jìn)入機(jī)房工作,但是在機(jī)房的衛(wèi)生維護(hù)中感到很是頭疼。每天到機(jī)房要面對(duì)的就是同學(xué)們留下的零食垃圾和早飯,餐巾紙也是隨處可見(jiàn),這無(wú)疑是加重了我們機(jī)房維護(hù)人員的工作量。在機(jī)房門口都有垃圾桶,可每次看見(jiàn)滿桌的雜務(wù)和空蕩蕩的垃圾桶,這種悲劇性對(duì)比讓我心里很不是滋味。這種行為特別需要優(yōu)化。因?yàn)槿藗兩钤诼殬I(yè)活動(dòng)之中,不斷受到職業(yè)活動(dòng)和職業(yè)道德的影響,又通過(guò)自己把它傳遞到另一個(gè)職業(yè)或者許許多多職業(yè)中去,從而引起多種多樣的連鎖反應(yīng)。所以一種良好的職業(yè)道德是多么的重要。
從學(xué)習(xí)中我明白了如何養(yǎng)成良好的職業(yè)道德行為。第一要在日常生活中培養(yǎng),第二要在專業(yè)學(xué)習(xí)中訓(xùn)練,第三在社會(huì)實(shí)踐中體驗(yàn),第四在自我修養(yǎng)中提高,第五在職業(yè)活動(dòng)中強(qiáng)化。這五步是我在學(xué)習(xí)后要去經(jīng)歷的。
IT行業(yè)是一個(gè)日新月異的行業(yè),每時(shí)每刻到在產(chǎn)生新的元素.我們將來(lái)做這個(gè)行業(yè)就要有IT人員的基本素養(yǎng),要有規(guī)范化,標(biāo)準(zhǔn)化的代碼編寫習(xí)慣;需求理解能力;要具備復(fù)用性,模塊化的思維能力;要有經(jīng)常測(cè)試的習(xí)慣;要具備學(xué)習(xí)和總結(jié)的能力;同樣,高水平的交流能力也非常重要;最后最終要的是做一件事必須要有耐心,有毅力.當(dāng)一個(gè)熱病能夠意識(shí)到自己的責(zé)任時(shí),他又在完善自己的道路上邁進(jìn)了一大步
即將步入社會(huì),我們需要順應(yīng)時(shí)代要求,把握歷史機(jī)遇,全面了解行業(yè)、了解企業(yè),主動(dòng)去感受企業(yè)文化、適應(yīng)社會(huì)規(guī)范,為將來(lái)成功就業(yè)鋪好路基。為此,我們需要加強(qiáng)職業(yè)素質(zhì)培養(yǎng)與訓(xùn)練,用自己的聰明才智和良好的職業(yè)素養(yǎng),去把握職業(yè)發(fā)展的機(jī)遇,為自己今后的職業(yè)生涯開(kāi)拓寬廣而通暢的道路。
在學(xué)習(xí)這門課時(shí),老師讓我們做了幾個(gè)實(shí)驗(yàn)來(lái)讓我們體會(huì)將來(lái)的路.同時(shí)我們將實(shí)驗(yàn)寫成報(bào)告來(lái)總結(jié)經(jīng)驗(yàn),讓我學(xué)習(xí)到了很多.通過(guò)“插手實(shí)驗(yàn)”,讓我懂得了手與腦的分工合作,這樣不僅能提高工作效率還能加強(qiáng)工作質(zhì)量,手與腦分工的明確,會(huì)讓自己更加的聰穎.通過(guò)實(shí)驗(yàn)“感受榮譽(yù)”,讓我了解到的榮譽(yù)給予人的一種無(wú)與倫比的激勵(lì),一個(gè)人獲得容易能激勵(lì)一個(gè)人的發(fā)展,然而,利弊應(yīng)相當(dāng),同樣也會(huì)使人驕傲,所以有一個(gè)正確的榮譽(yù)觀對(duì)于我們的職業(yè)生涯非常重要.我們要正確的對(duì)待榮譽(yù).注重道德社會(huì)價(jià)值的整合,創(chuàng)造形成大學(xué)生正確榮譽(yù)觀的社會(huì)氛圍。亞里士多德說(shuō)過(guò):“德性是一種習(xí)慣”,而習(xí)慣的養(yǎng)成是環(huán)境熏陶的結(jié)果。當(dāng)前,社會(huì)價(jià)值取向的多元化和彼
此間的沖突是造成大學(xué)生榮譽(yù)感淡化的一個(gè)重要原因。無(wú)視甚至是抹殺這種多元性顯然是不現(xiàn)實(shí)的,這就要求我們必須積極營(yíng)造有利于形成大學(xué)生正確榮譽(yù)觀的社會(huì)氛圍。即堅(jiān)持一定的道德導(dǎo)向,通過(guò)法律和教育等手段使人們知道“應(yīng)該”做什么,“不應(yīng)該”做什么;怎樣做是“善”的,怎樣做是“惡”的,形成一個(gè)正確的善惡、榮辱觀。
這門課程讓我知道了什么叫做職業(yè)化,所謂職業(yè)化就是一種工作狀態(tài)的標(biāo)準(zhǔn)化、規(guī)范化、制度化,即在合適的時(shí)間、合適的地點(diǎn),用合適的方式,說(shuō)合適的話,做合適的事。
它讓我知道了從事一種職業(yè)就要有一個(gè)好的職業(yè)心理素質(zhì),職業(yè)心理素質(zhì)是職業(yè)素質(zhì)的一種,職業(yè)素質(zhì)是指勞動(dòng)者對(duì)社會(huì)職業(yè)了解與適應(yīng)能力的一種綜合體現(xiàn),其主要表現(xiàn)在職業(yè)興趣、職業(yè)能力及職業(yè)情況等方面。
第三篇:DP優(yōu)化 學(xué)習(xí)小結(jié)
DP優(yōu)化 學(xué)習(xí)小結(jié)
2010-08-27 15:55
這兩天簡(jiǎn)單學(xué)習(xí)了一些動(dòng)態(tài)規(guī)劃的優(yōu)化技巧,感覺(jué)自己的數(shù)學(xué)實(shí)在太弱了,雖然大概知道怎么用,但很多證明自己理解的還不是很透。
關(guān)于用單調(diào)隊(duì)列優(yōu)化的動(dòng)態(tài)規(guī)劃以前整理過(guò)一些,可以看這里:【單調(diào)隊(duì)列 學(xué)習(xí)小結(jié)】
四邊形不等式優(yōu)化
主要是對(duì)于dp(i,j)的決策點(diǎn) s(i,j),通過(guò)單調(diào)性證明 s(i,jpo[p2].y)/(po[p1].xsum[arr[head]]);po[i].x = a * sum[i];
po[i].y = dp[i] + a * sum[i] * sum[i]po[p2].y)/(po[p1].xf[p2]f[p2]f[arr[head]]f[arr[head]]sum[p2]p2);
}
inlinelonglong SS(int p1, int p2){
return num[p1 +1]sum[p1] + p1 * num[p1 +1]sum[p2] + p2 * num[p2 +1]);
}
inlinebool rate(int p1, int p2, int p3){
if(GG(p1, p2)* SS(p2, p3)>= GG(p2, p3)* SS(p1, p2))returnfalse;elsereturntrue;
}
int main(int argc, char** argv){
while(scanf(“%d%d”, &n, &m)!= EOF){
for(int i =1;i <= n;i++)num[i] = next_int();
sort(num +1, num + n +1);
sum[0] =0;
for(int i =1;i <= n;i++)sum[i] = sum[i-1] + num[i];dp[0] =0;
int head =0, rear =0;
arr[++rear] =0;
for(int i = m;i <= n;i++){
for(int k = head +1;k <= rear;k++){
if(cal(i, arr[k])<= cal(i, arr[head]))head +=1;elsebreak;
}
dp[i] = cal(i, arr[head]);
if(im +1;
while(head +2<= rear){
if(rate(arr[rear-2], arr[rear-1], arr[rear])==false){arr[rear-1] = arr[rear];
rear-=1;
} elsebreak;
}
}
cout << dp[n] << endl;
}
return(EXIT_SUCCESS);
}
第四篇:《IT職業(yè)行為優(yōu)化》學(xué)習(xí)小結(jié)
《IT職業(yè)行為優(yōu)化》學(xué)習(xí)小結(jié)
世界在不斷地向前發(fā)展,日積月累,一直到現(xiàn)在,在這日新月異的社會(huì)里,IT行業(yè)也在以驚人的速度在發(fā)展,并引領(lǐng)著時(shí)代的潮流。
這學(xué)期的IT課程的時(shí)間雖然不長(zhǎng),但是老師又給我們輸入了許多新的元素,我們的思想意識(shí)也慢慢的成熟了許多,老師的講解讓我們懂得如何才能才能成為一名合格的IT人員。《IT職業(yè)行為優(yōu)化》這門 課它讓我學(xué)到了很多以前沒(méi)學(xué)過(guò)的東西,讓我了解到很多前人在職業(yè)生涯的親身經(jīng)歷,覺(jué)得受益匪淺。它讓我在以后的職業(yè)生涯中增加了自信的籌碼,在以后的職業(yè)中多了一份職業(yè)技巧。下面是我通過(guò)學(xué)習(xí)體會(huì)出的感想:
一、我們應(yīng)該有團(tuán)結(jié)合作的精神
通過(guò)實(shí)驗(yàn)“同舟共濟(jì)”,讓我明白了團(tuán)結(jié)是職場(chǎng)必不可少的職業(yè)素養(yǎng)。為了培養(yǎng)團(tuán)隊(duì)精神,我們應(yīng)該在課后積極的參加各種社會(huì)團(tuán)體的工作。與他人分工合作、分享成果、互助互惠的過(guò)程中,我們可以體會(huì)團(tuán)隊(duì)精神的重要性。
有首歌唱的好“團(tuán)結(jié)就是力量”。團(tuán)隊(duì)合作往往能激發(fā)出團(tuán)體不可思議的潛力,集體協(xié)作干出的成果往往能超過(guò)成員個(gè)人業(yè)績(jī)的總和。正所謂“同心山成玉,協(xié)力土變金。”一個(gè)團(tuán)體,如果組織渙散,人心浮動(dòng),人人自行其是,甚至搞“窩里斗”,何來(lái)生機(jī)與活力?又何談干事創(chuàng)業(yè)?在一個(gè)缺乏凝聚力的環(huán)境里,個(gè)人再有雄心壯志,再有聰明才智,也不可能得到充分發(fā)揮!只有嚴(yán)密有序的集體組織和高效的團(tuán)隊(duì)協(xié)作,懂得團(tuán)結(jié)協(xié)作克服重重困難,甚至創(chuàng)造奇跡。當(dāng)今社會(huì),隨著知識(shí)經(jīng)濟(jì)時(shí)代的到來(lái),各種知識(shí)、技術(shù)不斷推陳出新,競(jìng)爭(zhēng)日趨緊張激烈,社會(huì)需求越來(lái)越多樣 化,使人們?cè)诠ぷ鲗W(xué)習(xí)中所面臨的情況和環(huán)境極其復(fù)雜。在很多情況下,單靠個(gè)人能力已很難完全處理各種錯(cuò)綜復(fù)雜的問(wèn)題并采取切實(shí)高效的行動(dòng)。所有這些都需要 人們組成團(tuán)體,并要求組織成員之間進(jìn)一步相互依賴、相互關(guān)聯(lián)、共同合作,建立合作團(tuán)隊(duì)來(lái)解決錯(cuò)綜復(fù)雜的問(wèn)題,并進(jìn)行必要的行動(dòng)協(xié)調(diào),開(kāi)發(fā)團(tuán)隊(duì)?wèi)?yīng)變能力和持 續(xù)的創(chuàng)新能力,依靠團(tuán)隊(duì)合作的力量創(chuàng)造奇跡。
二、要懂得表達(dá)技巧和理解含義
通過(guò)撕紙實(shí)驗(yàn),我了解了表達(dá)與理解的重要性。一句話可以產(chǎn)生很多種不同的效果,只有把話表達(dá)清楚,才能夠讓別人理解。
語(yǔ)言表達(dá)能力是現(xiàn)代大學(xué)生必備的基本素質(zhì)之一。在和別人說(shuō)話的過(guò)程中用詞必須準(zhǔn)確,不能產(chǎn)生歧義。我們可以多聽(tīng)、多讀、多說(shuō)、多寫的方法逐漸的糾正我們的錯(cuò)誤。
由于經(jīng)濟(jì)的迅速發(fā)展,人們之間的交往密切,語(yǔ)言表達(dá)能力必須加強(qiáng),這是作為現(xiàn)代大學(xué)生的必備之物。我們不僅要有新的思想和見(jiàn)解,還要在別人面前充分的表達(dá)出來(lái)。
三、要敢于面對(duì)挫折
任何一個(gè)活著的人,都會(huì)有或大或小的困難,但不同的人對(duì)困難的理解程度不同,有人認(rèn)為遇到困難,解決困難才有進(jìn)步。社會(huì)也才能得到發(fā)展,而一些消極悲觀的人把困難當(dāng)成挫折,遇到挫折采取逃避、放棄。我們想成功的人,應(yīng)該正確對(duì)待挫折。人生沒(méi)有坦途,必須經(jīng)歷風(fēng)浪,才能駛向成功的彼岸。失敗是成功之母,沒(méi)有搏斗,那便沒(méi)有成功。挫折,它不是絆腳石,它卻是成功的助跑器,所以用一顆平常的心去對(duì)待挫折,只要對(duì)自己有信心,那么自己就肯定充滿力量。不要過(guò)分的顧及別人,過(guò)分的去注意別人對(duì)自己的看法。要以無(wú)所謂、平常的心態(tài)去對(duì)待任何挫折。
四、要注意語(yǔ)言的優(yōu)化
言談舉止是一個(gè)人精神面貌的 體現(xiàn),要開(kāi)朗、熱情,讓人感覺(jué)隨和親切,平易近人,容易接觸。
在語(yǔ)言方面,交談總的要求是:文明、禮貌、準(zhǔn)確。語(yǔ)言是交談的載體,交談?wù)邔?duì)它應(yīng)當(dāng)高度重視,精心斟酌,這是不言而喻的。在語(yǔ)言文明方面,我們要做到:不講粗話、臟話、黑話、葷話、怪話和氣話。在語(yǔ)言禮貌方面,我們應(yīng)該使用一些禮貌用語(yǔ),比如說(shuō):您好、請(qǐng)、謝謝、對(duì)不起、再見(jiàn)等等,這些詞的使用時(shí)博得他人好感與體諒的最為簡(jiǎn)單易行的做法。在語(yǔ)言準(zhǔn)確方面,要注意以下的問(wèn)題:
1、發(fā)音要準(zhǔn)確;
2、語(yǔ)速要適度;
3、口氣要謙和;
4、內(nèi)容要簡(jiǎn)明;
5、土話要少用;
6、外話要慎用。
只有使用文明、禮貌、準(zhǔn)確的語(yǔ)言和他人交談,才能促進(jìn)彼此的溝通。
五、要有清晰的責(zé)任感
在我們的生活中,有些事情我們可以不去做,但責(zé)任要求我們?nèi)プ觯踔霖?zé)任要求我們完成一些以我們的能力很難完成的事情。如果你做到了,得到的不僅僅是心理上的坦蕩和安然,你的精神和責(zé)任意識(shí)會(huì)感染別人,然后別人會(huì)因?yàn)槟愕挠绊懚胸?zé)任感。
在一個(gè)企業(yè)中,并不是所有的員工都能對(duì)自己的工作有強(qiáng)烈的責(zé)任感,但是如果他周圍的同事、整個(gè)企業(yè)環(huán)境都充滿一種責(zé)任的氛圍,那么他也會(huì)深受感染,進(jìn)而能夠承擔(dān)起自己的責(zé)任。因?yàn)椋l(fā)現(xiàn),承擔(dān)責(zé)任并不是件很困難和痛苦的事情;相反,擔(dān)當(dāng)起責(zé)任會(huì)給他一種驕傲的感覺(jué),因?yàn)樗谶@個(gè)企業(yè)中同樣是重要的、不可或缺的。與其逃避責(zé)任,不如勇敢地承擔(dān)起來(lái),說(shuō)不定你的勇敢會(huì)成為你成功的契機(jī)。
雖然多數(shù)人是能夠明白自己的責(zé)任的,但是堅(jiān)持不懈地承擔(dān)下去卻不是很多人能夠做到的。有些時(shí)候,堅(jiān)持就是一種責(zé)任,尤其是在最困難的時(shí)候。
具有清晰的責(zé)任感是現(xiàn)代大學(xué)生的必備行為,是成為IT職業(yè)人員必備要素。沒(méi)有清晰的責(zé)任感的人不能算完人,他將不能在社會(huì)上好好的生存,也不可能被人錄用。所以我們應(yīng)從此刻做起,好好的培養(yǎng)自己的責(zé)任心。
IT職業(yè)行為優(yōu)化課對(duì)我來(lái)說(shuō),對(duì)我的影響極深,除了以上以上五點(diǎn)以外,還有很多,我就不一一說(shuō)明了。只要我們記住要想成為一個(gè)合格的復(fù)合型的IT人才,不僅要把書本學(xué)的知識(shí)連在一起使用,還要不斷的從生活汲取經(jīng)驗(yàn)就行了。
第五篇:研修小結(jié)之二立體優(yōu)化課堂練習(xí)
研修小結(jié)二:立體優(yōu)化課堂練習(xí)
卓旭皓
上一階段,我們努力挖掘文本自身的語(yǔ)文資源,設(shè)計(jì)課內(nèi)動(dòng)筆,讓學(xué)生不斷實(shí)踐提高語(yǔ)文能力。葉圣陶先生說(shuō),語(yǔ)文方面許多項(xiàng)目都要經(jīng)過(guò)不斷練習(xí),鍥而不舍,養(yǎng)成習(xí)慣,才能變成他們自己的東西。這一階段我們繼續(xù)挖掘課本資源,尤其是關(guān)注文后編寫者提供的練習(xí)題進(jìn)行課堂練習(xí)設(shè)計(jì),如果遇到獨(dú)立閱讀課文或者課后習(xí)題信息較少的課文,我們則根據(jù)文本核心價(jià)值進(jìn)行相關(guān)堂內(nèi)練習(xí)設(shè)計(jì)。課堂練習(xí)是課堂教學(xué)的重點(diǎn),而練習(xí)題的不斷優(yōu)化則是提高課堂效率和提高學(xué)生語(yǔ)文能力的關(guān)鍵。于是,我們從教師、學(xué)生和教材三要素出發(fā),立體優(yōu)化課堂練習(xí)。
一、堂內(nèi)設(shè)計(jì)為教材整體優(yōu)化服務(wù)。
教材是一個(gè)整體系統(tǒng),單冊(cè)教材又是一個(gè)整體,體現(xiàn)階段目標(biāo);單元教材也是一個(gè)整體,體現(xiàn)單元目標(biāo);而課整體,避免隨意性。如在研討《魚游到了紙上》這篇課文時(shí),我們關(guān)注單元目標(biāo),重點(diǎn)引導(dǎo)學(xué)文又作為一個(gè)整體,體現(xiàn)達(dá)成能力目標(biāo)。因此,設(shè)計(jì)課堂練習(xí)就要考慮到這個(gè),引導(dǎo)學(xué)生關(guān)注人物的語(yǔ)言、神態(tài)、動(dòng)作等描寫,能體會(huì)人物的品質(zhì)。由能夠識(shí)別各種人物描寫,到模糊地模仿進(jìn)行人物描寫,其中安排小練筆,這些設(shè)計(jì)都是為提高學(xué)生閱讀能力,以及過(guò)渡到高年級(jí)人物描寫方法的學(xué)習(xí)和掌握而安排。又如,在研討《自己的花是給別人看的》一文時(shí),我們考慮到教材的整體優(yōu)化,課前查閱了很多相關(guān)資料,將這篇寫在特定年代的文章的價(jià)值導(dǎo)向確定為:體會(huì)德國(guó)人“人人為我,我為人人”的境界,能反思自己的行為,從內(nèi)心上產(chǎn)生對(duì)這種品質(zhì)的向往,而不再做過(guò)泛的生發(fā)。這是因?yàn)檫@一單元重在體會(huì)各國(guó)的風(fēng)俗人情,在此基礎(chǔ)上進(jìn)行語(yǔ)言訓(xùn)練。
二、堂內(nèi)設(shè)計(jì)服從于學(xué)生整體優(yōu)化的需要。
學(xué)生是學(xué)習(xí)的主體,應(yīng)以 “樂(lè)學(xué)”為最優(yōu)化境界。要“樂(lè)學(xué)”,首先就要設(shè)計(jì)多種形式的練習(xí)來(lái)激發(fā)各層面學(xué)生的學(xué)習(xí)興趣,達(dá)到整體優(yōu)化的效果。這一階段我們繼續(xù)在教學(xué)中根據(jù)學(xué)生的需求,和教學(xué)目標(biāo)的設(shè)定,采用過(guò)多種練習(xí)形式,獲得效果較好。
(1)口頭練習(xí),加深體驗(yàn)。在執(zhí)教《自己的花是給別人看的》一文時(shí),根據(jù)課后題我們除了安排動(dòng)筆練習(xí)之外,還輔助設(shè)計(jì)了口頭練習(xí)。在學(xué)習(xí)德國(guó)美麗的街景段落,為了加深學(xué)生的體驗(yàn),我們提供了多個(gè)情境讓學(xué)生談?wù)勆碓谏疥幍腊愕慕诸^不同身份的人有著不同的精神享受。這樣的口頭練習(xí),不僅訓(xùn)練了學(xué)生的口頭表達(dá)能力,更重要的是將有形的花理解成無(wú)形的精神,以此進(jìn)一步體會(huì)德國(guó)的風(fēng)情和人文。
(2)筆頭練習(xí),提高素養(yǎng)。在教學(xué)《魚游到了紙上》一文時(shí),傅穎老師在教學(xué)中注重學(xué)生對(duì)人物語(yǔ)言、動(dòng)作、神態(tài)的品悟,直至文末安排學(xué)生進(jìn)行動(dòng)筆練習(xí),讓學(xué)生選擇一個(gè)人物抓住語(yǔ)言、動(dòng)作或者神態(tài)等等來(lái)寫寫周圍的人如何夸這位聾啞青年的。
三、堂內(nèi)練習(xí)服務(wù)于教師控制系統(tǒng)優(yōu)化的需要。
任何系統(tǒng)只有通過(guò)反饋信息方可實(shí)現(xiàn)有效的控制。而學(xué)生間的多向交流則是為反饋信息提供最優(yōu)“信道”。因此,在這一階段的研修中,我們比以往更注重練習(xí)的設(shè)計(jì)的效果。
(1)設(shè)置自主式練習(xí),讓學(xué)生多向交流,自能解決淺顯問(wèn)題,留下深難問(wèn)題,便于教師調(diào)控。面對(duì)閱讀課堂,在提高學(xué)生閱讀效能時(shí),我們經(jīng)常采用動(dòng)筆閱讀的手段。用自由批注或者定向批注的方式,讓學(xué)生做到“不動(dòng)筆墨不讀書”。這樣的做法可以說(shuō)是無(wú)為而治。其起到的效果是明顯的。各層面的學(xué)生都參與訓(xùn)練,而且“聽(tīng)、說(shuō)、讀、寫”能力都訓(xùn)練到,體現(xiàn)主體作用;其中討論出來(lái)的疑難集中,便于教師點(diǎn)撥關(guān)鍵,達(dá)到整體優(yōu)化效果。
(2)設(shè)置分層式練習(xí),以滿足各層面學(xué)生的求知欲望,達(dá)到整體優(yōu)化,而且問(wèn)題由淺入深,便于教師施控。在練習(xí)設(shè)計(jì)時(shí),我們注意語(yǔ)言的表述,讓習(xí)題適合不同程度的學(xué)生有相應(yīng)的可達(dá)成目標(biāo)。比如在寫一寫周圍的人如何夸這個(gè)聾啞青年的練筆設(shè)計(jì)時(shí),問(wèn)題可以設(shè)計(jì)成:可以用上一兩處動(dòng)作或者語(yǔ)言描寫,如果用上神態(tài)描寫就更好了,試一試吧。也可以設(shè)計(jì)成:周圍的人會(huì)怎樣夸這位青年呢?看你能寫出幾種人,幾種夸法。比一比吧。這樣的語(yǔ)言能夠鼓勵(lì)學(xué)生,繼發(fā)學(xué)生的習(xí)作欲望,引導(dǎo)學(xué)生思維步步發(fā)展,使教學(xué)目標(biāo)能夠預(yù)期實(shí)現(xiàn),達(dá)到課堂整體優(yōu)化。
運(yùn)用現(xiàn)代科學(xué)系統(tǒng)論整體、有序和反饋等原理,從教師、學(xué)生和教材三要素的整體優(yōu)化原則出發(fā),恰當(dāng)?shù)亍⒍鄻踊卦O(shè)計(jì)出最優(yōu)化的課堂練習(xí)題,使之成為教師利導(dǎo)、學(xué)生樂(lè)學(xué)、教材優(yōu)用、教學(xué)省時(shí)高效的最佳手段,這樣的課堂一定能帶給學(xué)生更多的收獲,我們將繼續(xù)前行,循著學(xué)生的學(xué)習(xí)規(guī)律,尋找更高效的課堂。