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現(xiàn)代分子生物學(xué)常用實(shí)驗(yàn)儀器

時(shí)間:2019-05-12 15:56:45下載本文作者:會(huì)員上傳
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第一篇:現(xiàn)代分子生物學(xué)常用實(shí)驗(yàn)儀器

實(shí)驗(yàn)一

分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室常用儀器及使用

事實(shí)證明,在科學(xué)飛速發(fā)展的今天,無論從事哪個(gè)領(lǐng)域的研究,要想突破,除了有良好的理論基礎(chǔ)外,更重要的是依賴于先進(jìn)的技術(shù)和優(yōu)良的儀器設(shè)備以及良好的研究環(huán)境。一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)的分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室除了具有一般生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的常規(guī)儀器設(shè)備外,還具有一些特殊用途的儀器,這些儀器一般較精密,價(jià)格昂貴。下面介紹這些儀器的使用方法和注意事項(xiàng)。

一、冷凍離心機(jī)

低溫分離技術(shù)是分子生物學(xué)研究中必不可少的手段。基因片段的分離、酶蛋白的沉淀和回收以及其它生物樣品的分離制備實(shí)驗(yàn)中都離不開低溫離心技術(shù),因此低溫冷凍離心機(jī)成為分子生物學(xué)研究中必備的重要儀器。在國內(nèi),有多個(gè)廠家生產(chǎn)冷凍離心機(jī),本實(shí)驗(yàn)室的高速冷凍離心機(jī)為GL-20G-Ⅱ型(上海安亭),落地式。配有角式轉(zhuǎn)頭:6×50ml、12×10ml和12×1.5ml。極限轉(zhuǎn)速20000rpm。

1.安裝與調(diào)試

離心機(jī)應(yīng)放置在水平堅(jiān)固的地面上,應(yīng)至少距離10cm以上且具有良好的通風(fēng)環(huán)境中,周圍空氣應(yīng)呈中性,且無導(dǎo)電性灰塵、易燃?xì)怏w和腐蝕性氣體,環(huán)境溫度應(yīng)在0~30℃之間,相對(duì)濕度小于80%。試轉(zhuǎn)前應(yīng)先打開蓋門,用手盤動(dòng)轉(zhuǎn)軸,輕巧靈活,無異常現(xiàn)象方可上所用的轉(zhuǎn)頭。轉(zhuǎn)子準(zhǔn)確到位后打開電源開關(guān),然后用手按住門開關(guān),再按運(yùn)轉(zhuǎn)鍵,轉(zhuǎn)動(dòng)后立即停止,并觀察轉(zhuǎn)軸的轉(zhuǎn)向,若逆時(shí)針旋轉(zhuǎn)即為正確,機(jī)器可投入使用。

2.操作程序

(1)插上電源,待機(jī)指示燈亮;打開電源開關(guān),調(diào)速與定時(shí)系統(tǒng)的數(shù)碼管顯示的閃爍數(shù)字為機(jī)器工作轉(zhuǎn)速的出廠設(shè)定,溫控系統(tǒng)的數(shù)碼管顯示此時(shí)離心腔的溫度。(2)設(shè)定機(jī)器的工作參數(shù),如工作溫度,運(yùn)轉(zhuǎn)時(shí)間,工作轉(zhuǎn)速等。

(3)將預(yù)先平衡好的樣品放置于轉(zhuǎn)頭樣品架上,關(guān)閉機(jī)蓋。按控制面板的運(yùn)轉(zhuǎn)鍵,離心機(jī)開始運(yùn)轉(zhuǎn)。在預(yù)先設(shè)定的加速時(shí)間內(nèi),其運(yùn)速升至預(yù)先設(shè)定的值。(5)在預(yù)先設(shè)定的運(yùn)轉(zhuǎn)時(shí)間內(nèi)(不包括減速時(shí)間),離心機(jī)開始減速,其轉(zhuǎn)速在預(yù)先設(shè)定的減速時(shí)間內(nèi)降至零。

(6)按控制面板上的停止鍵,數(shù)碼管顯示dedT,數(shù)秒鐘后即顯示閃爍的轉(zhuǎn)速值,這時(shí)機(jī)器已準(zhǔn)備好下一次工作。

3.注意事項(xiàng)

(1)離心機(jī)應(yīng)始終處于水平位置,外接電源系統(tǒng)的電壓要匹配,并要求有良好的接地線,機(jī)器不使用,要拔掉電源插頭。

(2)開機(jī)前應(yīng)檢查轉(zhuǎn)頭安裝是否牢固,機(jī)腔中有無異物掉入。

(3)樣品應(yīng)預(yù)先平衡,使用離心筒離心時(shí)離心筒與樣品應(yīng)同時(shí)平衡。

(4)揮發(fā)性或腐蝕性液體離心時(shí),應(yīng)使用帶蓋的離心管,并確保液體不外漏以免腐蝕機(jī)腔或造成事故。(5)除工作溫度、運(yùn)轉(zhuǎn)速度和運(yùn)轉(zhuǎn)時(shí)間外,不要隨意更改機(jī)器的工作參數(shù),以免影響機(jī)器性能。轉(zhuǎn)速設(shè)定不得超過最高轉(zhuǎn)速,以確保機(jī)器安全運(yùn)轉(zhuǎn)。

(6)使用中如出現(xiàn)0.00或其它數(shù)字,機(jī)器不運(yùn)轉(zhuǎn),應(yīng)關(guān)機(jī)斷電,10秒鐘后重新開機(jī),待所設(shè)轉(zhuǎn)速顯示后,再按運(yùn)轉(zhuǎn)鍵,機(jī)器將照常運(yùn)轉(zhuǎn)。

(7)不得在機(jī)器運(yùn)轉(zhuǎn)過程中或轉(zhuǎn)子未停穩(wěn)的情況下打開蓋門,以免發(fā)生事故。(8)每次操作完畢應(yīng)做好使用情況記錄,并定期對(duì)機(jī)器各項(xiàng)性能進(jìn)行檢修。

二、電泳儀

電泳技術(shù)是分子生物學(xué)研究不可缺少的重要手段。電泳一般分為自由界面電泳和區(qū)帶電泳大類,自由界面電泳不需支持物,如等速電泳、密度梯度電泳及顯微電泳等,這類電泳目前已很少使用。區(qū)帶電泳需用各種類型的物質(zhì)作為支持物,常用的支持物有濾紙、醋酸纖維薄膜、非凝膠性支持物、凝膠性支持物及硅膠―G薄層等,分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)中最常用的是瓊脂糖凝膠電泳。應(yīng)用電泳法可以對(duì)不同物質(zhì)進(jìn)行定性或定量分析,或?qū)⒁欢ɑ旌衔镞M(jìn)行組份分析或單個(gè)組份提取制備。下面以DYY-12型電腦三恒多用電泳儀(北京六一儀器廠)為例介紹其使用方法。1.使用方法

(1)按電源開關(guān),顯示屏出現(xiàn)“歡迎使用DYY-12型電腦三恒多用電泳儀?”等字樣后,同時(shí)系統(tǒng)初始化,蜂鳴4聲,設(shè)置常設(shè)置。屏幕轉(zhuǎn)成參數(shù)設(shè)置狀態(tài),見圖一:

U:0V U=100V |Mode: STD

I: 0mAI =50mA| P: 0W P=50W|T: 00:00 T= 01:00|

其中:左側(cè)大寫U: I: P: T: 為電泳時(shí)實(shí)際值;中間部分顯示程序的常設(shè)值(預(yù)置值)。Mode(模):STD(標(biāo)準(zhǔn));TIME(定時(shí));VH(伏時(shí));STEP(分步)

(2)設(shè)置工作程序。用鍵盤輸入新的工作程序。例如,要求工作電壓U=1000V,電流I限200mA以內(nèi),功率W限制在100W以內(nèi),時(shí)間T為3小時(shí)20 分,并且到時(shí)間自

動(dòng)關(guān)掉輸出。則操作步驟如下:

①按“模式”鍵,將工作模式由標(biāo)準(zhǔn)(STD)轉(zhuǎn)為定時(shí)(TIME)3 模式。每按一下模式鍵,其工作方式按下列順序改變: STD?TIME?VH?STEP?STD。

②先設(shè)置電壓U,按“選擇”鍵,先將其反顯,然后輸入數(shù)字鍵即可設(shè)置該參數(shù)的數(shù)值。按數(shù)字1000,則電壓即設(shè)置完成。

③設(shè)置電流I,按“選擇”鍵,先使I反顯,然后輸入數(shù)字200。

④設(shè)置功率P,按“選擇”鍵,先使P反顯,然后輸入數(shù)字100。

⑤設(shè)置時(shí)間T,按“選擇”鍵,先使T反顯,然后輸入數(shù)字320。如果輸入錯(cuò)誤,可以按“清除”鍵,再重新輸入。

⑥確認(rèn)各參數(shù)無誤后,按“啟動(dòng)”鍵,啟動(dòng)電泳儀輸出程序。在顯示屏狀態(tài)欄中顯示Start!并蜂鳴4聲,提醒操作者電泳儀將輸出高電壓,注意安全。之后逐漸將輸出電壓加至設(shè)置值。同時(shí)在狀態(tài)欄中顯示“Run”,并有兩個(gè)不斷閃爍的高壓符號(hào),表示端口已有電壓輸出。在狀態(tài)欄最下方,顯示實(shí)際的工作時(shí)間(精確到秒)。

⑦每次啟動(dòng)輸出時(shí),儀器自動(dòng)將此時(shí)的設(shè)置數(shù)值存入“MO”號(hào)存儲(chǔ)單元。以后需要調(diào)用時(shí)可以按“讀取”鍵,再按“0”鍵,按“確定”鍵,即可將上次設(shè)置的工作程序取出執(zhí)行。

⑧電泳結(jié)束,儀器顯示:“END”,并連續(xù)蜂鳴提醒。此時(shí)按任一鍵可止鳴。2.注意事項(xiàng)

(1)U、I、P三個(gè)參數(shù)的有效輸入范圍是:U:5~3000V;I:4~400mA;P:4~400W.(2)一般情況下,當(dāng)No Load!時(shí),首先應(yīng)關(guān)機(jī)檢查電極導(dǎo)線與電泳槽之間是否有接觸不良的地方,可以用萬用表的歐姆檔逐段測(cè)量。

(3)如果輸出端接多個(gè)電泳槽,則儀器顯示的電流數(shù)值為各槽電流之和,此時(shí)應(yīng)選擇穩(wěn)壓輸出,以減小各槽的相互影響。

(4)注意保持儀器的清潔,不要遮擋儀器后方進(jìn)風(fēng)通道。嚴(yán)禁將電泳槽放在儀器頂部,避免緩沖液灑進(jìn)儀器內(nèi)部。

(5)本儀器輸出電壓較高,使用中應(yīng)不避免接觸輸出回路及電泳槽內(nèi)部,以免發(fā)生危險(xiǎn)。

(6)長期不用儀器,應(yīng)放置在干燥通風(fēng)的清潔環(huán)境中保存

三、分析天平

分析天平是定量分析工作中不可缺少的重要儀器,充分了解儀器性能及熟練掌握其使用方法,是獲得可靠分析結(jié)果的保證。分析天平的種類很多,有普通分析天平、半自動(dòng)/全自動(dòng)電光分析天平及電子分析天平等。目前實(shí)驗(yàn)室常規(guī)備用的是自動(dòng)化程度較高的電子分析天平。下面介紹電子分析天平

PL203/01型和AL104/01型

(METTLER-TOLEDO)的性能及使用方法。

PL203/01型精密電子天平:最大稱量210g;實(shí)際分度值0.001g;

AL104/01型高分辨率電子分析天平:最大稱量110g;實(shí)際分度值0.0001g 1.使用方法

(1)檢查并調(diào)整天平至水平位置。檢查電源電壓是否匹配(使用配置的穩(wěn)壓器),按天平儀器要求通電預(yù)熱至所需時(shí)間30min。

(2)打開天平開關(guān)“on”,天平則自動(dòng)進(jìn)行靈敏度及零點(diǎn)調(diào)節(jié)。待顯示屏上所有字段短時(shí)點(diǎn)亮,天平回零時(shí),可進(jìn)行正式稱量。

(3)稱量時(shí)將潔凈稱量瓶或稱量紙置于稱盤上,關(guān)上側(cè)門,天平將顯示該重量,點(diǎn)擊“?O/T?”鍵自動(dòng)校對(duì)零,然后逐漸加入待稱物質(zhì),直至所需重量為止。

(4)稱量結(jié)束應(yīng)及時(shí)除去稱量瓶(紙),關(guān)上側(cè)門,切斷電源,并做好使用情況登記。

2.注意事項(xiàng)

(1)天平應(yīng)放置在牢固平穩(wěn)水泥臺(tái)或木臺(tái)上,室內(nèi)要求清潔、干燥,同時(shí)應(yīng)避免光線直接照射到天平上。

(2)稱量時(shí)應(yīng)從側(cè)門取放物質(zhì),讀數(shù)時(shí)應(yīng)關(guān)閉箱門以免空氣流動(dòng)引起天平擺動(dòng)。(3)揮發(fā)性、腐蝕性、強(qiáng)酸強(qiáng)堿類物質(zhì)應(yīng)盛于帶蓋稱量瓶內(nèi)稱量,防止腐蝕天平。

(4)電子分析天平若長時(shí)間不使用,則應(yīng)定時(shí)通電預(yù)熱,每周一次,每次預(yù)熱2h,以確保儀器始終處于良好使用狀態(tài)。

四、分光光度計(jì)

不同物質(zhì)對(duì)不同波長入射的吸收程度各不相同,從而形成各具特征的吸收光譜。根據(jù)這一原理,應(yīng)用比色法可以對(duì)某些有色物質(zhì)進(jìn)行定性或定量分析。但由于比色法僅限于可見光區(qū),而且精度低,已遠(yuǎn)遠(yuǎn)不能滿足高精度微量分析的要求。隨著科學(xué)技術(shù)不斷發(fā)展,分析儀器也 不斷地更新?lián)Q代,人們引進(jìn)了分光光度法的概念,分光光度計(jì)隨之應(yīng)用。分光光度計(jì)由光源、單色器、吸收池、接受器、顯示屏幕所組成,它不僅適應(yīng)于可見光區(qū),同時(shí)還擴(kuò)展至紫外光 區(qū)及紅外光區(qū)。光密度(OD)是許多溶液中的溶質(zhì)定量的指標(biāo)之一,通過所產(chǎn)生的單色光 而測(cè)定某一溶液對(duì)該單色光的吸收值。分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)中常使用紫外分光光度計(jì)進(jìn)行核酸溶 液定量和純度的初步判斷。下面介紹紫外可見光分光光度計(jì)GeneQantTM Pro(Amersham)的使用方法。該儀器除了能檢測(cè)核酸樣品濃度外,還可進(jìn)行蛋白質(zhì)濃度以及細(xì)胞培養(yǎng)液濃度 的測(cè)定,能檢測(cè)低至幾微升樣品(70μl和5~7μl),樣品無需稀釋,測(cè)量后還可全部回收。5 使用方法

(1)打開電源開關(guān)(ON),等待數(shù)秒鐘,顯示屏上顯示一系列數(shù)據(jù),如本機(jī)型號(hào)、當(dāng)前日期 等,這些數(shù)據(jù)可以重新設(shè)置,當(dāng)出現(xiàn)“instrument Ready”即可進(jìn)入下一程序。

(2)在儀器面板上有許多功能鍵,其中包括檢測(cè)base sep、Tm、DNA、RNA、oligo、Protein595assay、Protein280 meas、cell culture等。例如,欲檢測(cè)DNA,按DNA鍵,即進(jìn)入DNA檢測(cè)程序。在顯示屏上:Pathlengh 10mm Units μg/μl Use 320nm NO Dilution Faotor 1 Insert reference, 以上為儀器預(yù)設(shè)置的參考數(shù)據(jù),若按“enter”鍵,和“select”鍵可以將以上的參數(shù)進(jìn)行重新設(shè)定。

(3)取石英樣品杯70μl或5~7μl,容量大小根據(jù)需要。先用吸管吸高純水入樣品杯中,然 后放入儀器上的樣品槽中,放入時(shí)注意樣品杯的光學(xué)面朝前方。

(4)按“set ref”鍵,進(jìn)行空白測(cè)試。顯示屏上出現(xiàn)一系列數(shù)據(jù)均“0.000”并提示插入樣品“Insert sample ”。將樣品杯取出,吸干水分,稍干燥后,同樣吸入待測(cè)樣品,放入樣品槽 中進(jìn)行測(cè)定。

(5)一個(gè)樣品測(cè)定完畢,按“stop”鍵,返回“Instrument Ready”。

(6)取出樣品杯,吸出樣品,然后用高純水洗幾次,自然晾干。由于樣品杯十分昂貴,使用時(shí)要小心操作。不能用手指拿樣品杯的光學(xué)面,用后要及時(shí)洗滌,可用溫水或稀鹽酸,乙醇以至鉻酸洗液(濃酸中浸泡不要超過15分鐘),表面只能用柔軟的絨布或拭鏡頭紙擦凈。

五、數(shù)字式酸度計(jì)

酸度計(jì)是實(shí)驗(yàn)室配置溶液必備的儀器。本實(shí)驗(yàn)室的酸度計(jì)為臺(tái)式微電腦酸堿度計(jì)和溫度計(jì)(Hanna),測(cè)量pH范圍為0.00~14.00pH;溫度為0.0~100.0℃;

1.使用方法

(1)將pH電極和溫度探頭與主機(jī)連接,主機(jī)與電源連接。

第二篇:分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室常用儀器及使用方法

實(shí)驗(yàn)一

分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室常用儀器及使用

事實(shí)證明,在科學(xué)飛速發(fā)展的今天,無論從事哪個(gè)領(lǐng)域的研究,要想突破,除了有良好的理論基礎(chǔ)外,更重要的是依賴于先進(jìn)的技術(shù)和優(yōu)良的儀器設(shè)備以及良好的研究環(huán)境。一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)的分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室除了具有一般生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的常規(guī)儀器設(shè)備外,還具有一些特殊用途的儀器,這些儀器一般較精密,價(jià)格昂貴。下面介紹這些儀器的使用方法和注意事項(xiàng)。

一、冷凍離心機(jī)

低溫分離技術(shù)是分子生物學(xué)研究中必不可少的手段。基因片段的分離、酶蛋白的沉淀和回收以及其它生物樣品的分離制備實(shí)驗(yàn)中都離不開低溫離心技術(shù),心機(jī)成為分子生物學(xué)研究中必備的重要儀器。室的高速冷凍離心機(jī)為GL-20G-Ⅱ型(上海安亭)×10ml和12×1.5ml。極限轉(zhuǎn)速20000rpm。

1.安裝與調(diào)試

離心機(jī)應(yīng)放置在水平堅(jiān)固的地面上,應(yīng)至少距離中,周圍空氣應(yīng)呈中性,且無導(dǎo)電性灰塵、易燃?xì)怏w和腐蝕性氣體,環(huán)境溫度應(yīng)在之間,相對(duì)濕度小于80%。試轉(zhuǎn)前應(yīng)先打開蓋門,用手盤動(dòng)轉(zhuǎn)軸,輕巧靈活,無異常現(xiàn)象方可上所用的轉(zhuǎn)頭。轉(zhuǎn)子準(zhǔn)確到位后打開電源開關(guān),然后用手按住門開關(guān),動(dòng)后立即停止,并觀察轉(zhuǎn)軸的轉(zhuǎn)向,若逆時(shí)針旋轉(zhuǎn)即為正確,機(jī)器可投入使用。2.操作程序

(1)插上電源,待機(jī)指示燈亮;打開電源開關(guān),調(diào)速與定時(shí)系統(tǒng)的數(shù)碼管顯示的閃爍數(shù)字為機(jī)器工作轉(zhuǎn)速的出廠設(shè)定,溫控系統(tǒng)的數(shù)碼管顯示此時(shí)離心腔的溫度。

(2)設(shè)定機(jī)器的工作參數(shù),如工作溫度,運(yùn)轉(zhuǎn)時(shí)間,工作轉(zhuǎn)速等。

(3)將預(yù)先平衡好的樣品放置于轉(zhuǎn)頭樣品架上,關(guān)閉機(jī)蓋。

(4)按控制面板的運(yùn)轉(zhuǎn)鍵,離心機(jī)開始運(yùn)轉(zhuǎn)。預(yù)先設(shè)定的值。

(5)在預(yù)先設(shè)定的運(yùn)轉(zhuǎn)時(shí)間內(nèi)(不包括減速時(shí)間)定的減速時(shí)間內(nèi)降至零。

(6)按控制面板上的停止鍵,數(shù)碼管顯示機(jī)器已準(zhǔn)備好下一次工作。

3.注意事項(xiàng)

(1)離心機(jī)應(yīng)始終處于水平位置,外接電源系統(tǒng)的電壓要匹配,并要求有良好的接地線,機(jī)器不使用,要拔掉電源插頭。

(2)開機(jī)前應(yīng)檢查轉(zhuǎn)頭安裝是否牢固,機(jī)腔中有無異物掉入。

(3)樣品應(yīng)預(yù)先平衡,使用離心筒離心時(shí)離心筒與樣品應(yīng)同時(shí)平衡。

(4)揮發(fā)性或腐蝕性液體離心時(shí),應(yīng)使用帶蓋的離心管,并確保液體不外漏以免腐蝕機(jī)腔或造成事故。

在國內(nèi),有多個(gè)廠家生產(chǎn)冷凍離心機(jī),落地式。配有角式轉(zhuǎn)頭:10cm在預(yù)先設(shè)定的加速時(shí)間內(nèi),其運(yùn)速升,離心機(jī)開始減速,其轉(zhuǎn)速在預(yù)先設(shè)dedT,數(shù)秒鐘后即顯示閃爍的轉(zhuǎn)速值,這時(shí)1

本實(shí)驗(yàn)6×50ml、120~30℃

至 因此低溫冷凍離 以上且具有良好的通風(fēng)環(huán)境再按運(yùn)轉(zhuǎn)鍵,轉(zhuǎn)

(5)除工作溫度、運(yùn)轉(zhuǎn)速度和運(yùn)轉(zhuǎn)時(shí)間外,不要隨意更改機(jī)器的工作參數(shù),以免影響機(jī)器性能。轉(zhuǎn)速設(shè)定不得超過最高轉(zhuǎn)速,以確保機(jī)器安全運(yùn)轉(zhuǎn)。

(6)使用中如出現(xiàn)0.00或其它數(shù)字,機(jī)器不運(yùn)轉(zhuǎn),應(yīng)關(guān)機(jī)斷電,10秒鐘后重新開機(jī),待所設(shè)轉(zhuǎn)速顯示后,再按運(yùn)轉(zhuǎn)鍵,機(jī)器將照常運(yùn)轉(zhuǎn)。

(7)不得在機(jī)器運(yùn)轉(zhuǎn)過程中或轉(zhuǎn)子未停穩(wěn)的情況下打開蓋門,以免發(fā)生事故。

(8)每次操作完畢應(yīng)做好使用情況記錄,并定期對(duì)機(jī)器各項(xiàng)性能進(jìn)行檢修。

二、電泳儀

電泳技術(shù)是分子生物學(xué)研究不可缺少的重要手段。帶電泳大類,自由界面電泳不需支持物,泳目前已很少使用。區(qū)帶電泳需用各種類型的物質(zhì)作為支持物,纖維薄膜、非凝膠性支持物、是瓊脂糖凝膠電泳。應(yīng)用電泳法可以對(duì)不同物質(zhì)進(jìn)行定性或定量分析,組份分析或單個(gè)組份提取制備。下面以為例介紹其使用方法。

1.使用方法

(1)按電源開關(guān),顯示屏出現(xiàn)“歡迎使用同時(shí)系統(tǒng)初始化,蜂鳴

U:

0V

U=

I:

0mA

I =

P:

0W

P=

T:

00:00

T=

其中:左側(cè)大寫Mode(模式):STD(標(biāo)準(zhǔn)

(2)設(shè)置工作程序。用鍵盤輸入新的工作程序。例如,要求工作電壓I限制在200mA以內(nèi),功率動(dòng)關(guān)掉輸出。則操作步驟如下:

①按“模式”鍵,將工作模式由標(biāo)準(zhǔn)(凝膠性支持物及硅膠―4聲,設(shè)置常設(shè)置。屏幕轉(zhuǎn)成參數(shù)設(shè)置狀態(tài),見圖一:

100V

50mA

50W

| 01:00

|U: I: P: T:);TIME(定時(shí)W限制在 電泳一般分為自由界面電泳和區(qū)如等速電泳、密度梯度電泳及顯微電泳等,這類電G薄層等,分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)中最常用的DYY-12型電腦三恒多用電泳儀(北京六一儀器廠)DYY-12型電腦三恒多用電泳儀?”等字樣后,Mode:

STD

中間部分顯示程序的常設(shè)值);VH(伏時(shí));STEP(分步)100W以內(nèi),時(shí)間T為3STD)轉(zhuǎn)為定時(shí)(TIME)2

醋酸或?qū)⒁欢ɑ旌衔镞M(jìn)行(預(yù)置值)。U=1000V,電流20分,并且到時(shí)間自常用的支持物有濾紙、|

為電泳時(shí)實(shí)際值; 小時(shí) 模式。每按一下模式鍵,其工作方式按下列順序改變:

STD?TIME?VH?STEP?STD。

②先設(shè)置電壓U,按“選擇”鍵,先將其反顯,然后輸入數(shù)字鍵即可設(shè)置該參數(shù)的數(shù)值。按數(shù)字1000,則電壓即設(shè)置完成。

③設(shè)置電流I,按“選擇”鍵,先使I反顯,然后輸入數(shù)字200。

④設(shè)置功率P,按“選擇”鍵,先使P反顯,然后輸入數(shù)字100。

⑤設(shè)置時(shí)間以按“清除”鍵,再重新輸入。

⑥確認(rèn)各參數(shù)無誤后,按“啟動(dòng)”鍵,啟動(dòng)電泳儀輸出程序。在顯示屏狀態(tài)欄中顯示Start!并蜂鳴至設(shè)置值。同時(shí)在狀態(tài)欄中顯示“壓輸出。在狀態(tài)欄最下方,顯示實(shí)際的工作時(shí)間(精確到秒)

⑦每次啟動(dòng)輸出時(shí),儀器自動(dòng)將此時(shí)的設(shè)置數(shù)值存入“要調(diào)用時(shí)可以按“讀取”鍵,再按“出執(zhí)行。

⑧電泳結(jié)束,儀器顯示:

2.注意事項(xiàng)

(1)U、I、P三個(gè)參數(shù)的有效輸入范圍是:

(2)一般情況下,當(dāng)?shù)牡胤剑梢杂萌f用表的歐姆檔逐段測(cè)量。

(3)如果輸出端接多個(gè)電泳槽,則儀器顯示的電流數(shù)值為各槽電流之和,此時(shí)應(yīng)選擇穩(wěn)壓輸出,以減小各槽的相互影響。

(4)注意保持儀器的清潔,不要遮擋儀器后方進(jìn)風(fēng)通道。嚴(yán)禁將電泳槽放在儀器頂部,避免緩沖液灑進(jìn)儀器內(nèi)部。

(5)本儀器輸出電壓較高,使用中應(yīng)不避免接觸輸出回路及電泳槽內(nèi)部,以免發(fā)生危險(xiǎn)。

(6)長期不用儀器,應(yīng)放置在干燥通風(fēng)的清潔環(huán)境中保存。

三、分析天平

分析天平是定量分析工作中不可缺少的重要儀器,充分了解儀器性能及熟練掌握其使用方 T,按“選擇”鍵,先使 4聲,提醒操作者電泳儀將輸出高電壓,“No Load!時(shí),首先應(yīng)關(guān)機(jī)檢查電極導(dǎo)線與電泳槽之間是否有接觸不良

T反顯,然后輸入數(shù)字Run”,并有兩個(gè)不斷閃爍的高壓符號(hào),表示端口已有電0”鍵,按“確定”鍵,即可將上次設(shè)置的工作程序取END”,并連續(xù)蜂鳴提醒。此時(shí)按任一鍵可止鳴。U:5 3

注意安全。3000V;I:320。如果輸入錯(cuò)誤,可之后逐漸將輸出電壓加 MO”號(hào)存儲(chǔ)單元。以后需4~400mA P:4~400W.。~ ; 法,是獲得可靠分析結(jié)果的保證。分析天平的種類很多,有普通分析天平、半自動(dòng)/全自動(dòng)電光分析天平及電子分析天平等。目前實(shí)驗(yàn)室常規(guī)備用的是自動(dòng)化程度較高的電子分析天平。下面介紹電子分析天平PL203/01型和AL104/01型(METTLER-TOLEDO)的性能及使用方法。PL203/01型精密電子天平:最大稱量210g;實(shí)際分度值0.001g;AL104/01型高分辨率電子分析天平:最大稱量110g;實(shí)際分度值0.0001g

1.使用方法

(1)檢查并調(diào)整天平至水平位置。檢查電源電壓是否匹配(使用配置的穩(wěn)壓器),按天平儀器要求通電預(yù)熱至所需時(shí)間

(2)打開天平開關(guān)“短時(shí)點(diǎn)亮,天平回零時(shí),可進(jìn)行正式稱量。

(3)稱量時(shí)將潔凈稱量瓶或稱量紙置于稱盤上,關(guān)上側(cè)門,天平將顯示該重量,點(diǎn)擊“?O/T?”鍵自動(dòng)校對(duì)零,然后逐漸加入待稱物質(zhì),直至所需重量為止。

(4)稱量結(jié)束應(yīng)及時(shí)除去稱量瓶(紙)

2.注意事項(xiàng)

(1)天平應(yīng)放置在牢固平穩(wěn)水泥臺(tái)或木臺(tái)上,室內(nèi)要求清潔、干燥,同時(shí)應(yīng)避免光線直接照射到天平上。

(2)稱量時(shí)應(yīng)從側(cè)門取放物質(zhì),讀數(shù)時(shí)應(yīng)關(guān)閉箱門以免空氣流動(dòng)引起天平擺動(dòng)。

(3)揮發(fā)性、腐蝕性、強(qiáng)酸強(qiáng)堿類物質(zhì)應(yīng)盛于帶蓋稱量瓶內(nèi)稱量,防止腐蝕天平。

(4)電子分析天平若長時(shí)間不使用,則應(yīng)定時(shí)通電預(yù)熱,每周一次,每次預(yù)熱確保儀器始終處于良好使用狀態(tài)。

四、分光光度計(jì)

不同物質(zhì)對(duì)不同波長入射的吸收程度各不相同,從而形成各具特征的吸收光譜原理,應(yīng)用比色法可以對(duì)某些有色物質(zhì)進(jìn)行定性或定量分析。而且精度低,已遠(yuǎn)遠(yuǎn)不能滿足高精度微量分析的要求。不斷地更新?lián)Q代,人們引進(jìn)了分光光度法的概念,單色器、吸收池、接受器、顯示屏幕所組成,它不僅適應(yīng)于可見光區(qū),同時(shí)還擴(kuò)展至紫外光區(qū)及紅外光區(qū)。光密度(而測(cè)定某一溶液對(duì)該單色光的吸收值。液定量和純度的初步判斷。下面介紹紫外可見光分光光度計(jì)的使用方法。該儀器除了能檢測(cè)核酸樣品濃度外,的測(cè)定,能檢測(cè)低至幾微升樣品(30min。on”,天平則自動(dòng)進(jìn)行靈敏度及零點(diǎn)調(diào)節(jié)。待顯示屏上所有字段,關(guān)上側(cè)門,切斷電源,并做好使用情況登記。

隨著科學(xué)技術(shù)不斷發(fā)展,分光光度計(jì)隨之應(yīng)用。OD)是許多溶液中的溶質(zhì)定量的指標(biāo)之一,通過所產(chǎn)生的單色光分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)中常使用紫外分光光度計(jì)進(jìn)行核酸溶還可進(jìn)行蛋白質(zhì)濃度以及細(xì)胞培養(yǎng)液濃度70μl和5~7μl),樣品無需稀釋,測(cè)量后還可全部回收。4

分光光度計(jì)由光源、GeneQantTM Pro

2h,以。根據(jù)這一分析儀器也Amersham)

但由于比色法僅限于可見光區(qū),(使用方法

(1)打開電源開關(guān)(ON),等待數(shù)秒鐘,顯示屏上顯示一系列數(shù)據(jù),如本機(jī)型號(hào)、當(dāng)前日期等,這些數(shù)據(jù)可以重新設(shè)置,當(dāng)出現(xiàn)“instrument Ready”即可進(jìn)入下一程序。

(2)在儀器面板上有許多功能鍵,其中包括檢測(cè)base sep、Tm、DNA、RNA、oligo、Protein595assay、Protein280 meas、cell culture等。例如,欲檢測(cè)DNA,按DNA鍵,即進(jìn)入DNA檢測(cè)程序。在顯示屏上:

以上為儀器預(yù)設(shè)置的參考數(shù)據(jù),若按“新設(shè)定。

(3)取石英樣品杯后放入儀器上的樣品槽中,放入時(shí)注意樣品杯的光學(xué)面朝前方。

(4)按“set ref”鍵,進(jìn)行空白測(cè)試。顯示屏上出現(xiàn)一系列數(shù)據(jù)均““Insert sample 中進(jìn)行測(cè)定。

(5)一個(gè)樣品測(cè)定完畢,按“

(6)取出樣品杯,吸出樣品,然后用高純水洗幾次,自然晾干。由于樣品杯十分昂貴,使用時(shí)要小心操作。以至鉻酸洗液(濃酸中浸泡不要超過

五、數(shù)字式酸度計(jì)

酸度計(jì)是實(shí)驗(yàn)室配置溶液必備的儀器。本實(shí)驗(yàn)室的酸度計(jì)為臺(tái)式微電腦酸堿度計(jì)和溫度計(jì)(Hanna

1.使用方法

(1)將pH

70μl或5。將樣品杯取出,吸干水分,稍干燥后,同樣吸入待測(cè)樣品,放入樣品槽 ,測(cè)量pH范圍為

Pathlengh

10mm

Units

μg/μl

Use 320nm

NO

Dilution Faotor 1

Insert reference,enter”鍵,和“select”鍵可以將以上的參數(shù)進(jìn)行重7μl,容量大小根據(jù)需要。先用吸管吸高純水入樣品杯中,然 0.000”并提示插入樣品stop”鍵,返回“Instrument Ready”。可用溫水或稀鹽酸,乙醇15分鐘),表面只能用柔軟的絨布或拭鏡頭紙擦凈。0.00~14.00pH;溫度為0.0~100.0℃;

~”不能用手指拿樣品杯的光學(xué)面,用后要及時(shí)洗滌,)電極和溫度探頭與主機(jī)連接,主機(jī)與電源連接。

(2)取出電極保護(hù)套,如果有結(jié)晶鹽出現(xiàn),這是電極常見現(xiàn)象,浸入水后就會(huì)消逝。如果薄膜玻璃或透析膜發(fā)干,可在HI170300電極保存液中浸泡1小時(shí)。

(3)pH校準(zhǔn)。將pH電極和溫度探棒浸泡在所選的標(biāo)準(zhǔn)緩沖液內(nèi)4cm(建議用pH6.86、7.01),緩沖液值可通過“D℃”或“?℃”鍵來調(diào)節(jié)。按“CAL”鍵,儀器將顯示“CAL”和“BUF”符號(hào)及“7.01”數(shù)據(jù)。當(dāng)讀數(shù)不穩(wěn)定時(shí),屏幕會(huì)顯示“NOTREADY”;當(dāng)讀數(shù)穩(wěn)定時(shí),屏幕會(huì)顯示“READY”和“CFM”,按“CFM”鍵確認(rèn)校準(zhǔn)值。確認(rèn)第一校準(zhǔn)點(diǎn)后,將pH電極與溫度探棒浸泡在標(biāo)準(zhǔn)緩沖液內(nèi)4cm(建議用pH4.01、9.18、10.01);再按“CAL”鍵,儀器將顯示“CAL”和“BUF”符號(hào)及“4.01”數(shù)據(jù)。按“CFM”鍵確認(rèn)校正值。

(4)pH測(cè)量。校準(zhǔn)完畢后,儀器自動(dòng)進(jìn)入溶液約4cm,停幾分鐘讓電極讀數(shù)穩(wěn)定。

2.注意事項(xiàng)

(1)由于pH211酸度計(jì)內(nèi)裝有可充電電池,在剛購買或長時(shí)間放置后,再使用時(shí),通電校正測(cè)量完畢后,可將電源繼續(xù)還插入電源插座,只需關(guān)閉開關(guān),這樣可以保證電池充電,是校正值得以儲(chǔ)存,下次測(cè)量時(shí)無須校正即可進(jìn)入精確測(cè)量。

(2)不可用蒸餾水、去離子水和純水浸泡電極。如果讀數(shù)偏差太大(±沒有校正或電極變干。為避免電極受損,在關(guān)機(jī)前要將狀態(tài)時(shí),在電極浸入電極保存液前,電極要與機(jī)器分開。

(3)如儀器已測(cè)過幾種不同的樣品溶液,請(qǐng)用自來水清洗,樣品清洗電極。

(4)溫度會(huì)影響pH的讀數(shù),為測(cè)量準(zhǔn)確的補(bǔ)償,用HI7669/2W溫度探棒浸入樣品中,緊靠電極并停幾分鐘,如果被測(cè)溶液的溫度已知或測(cè)量是在相同溫度下進(jìn)行,只需動(dòng)手補(bǔ)償,示溫度讀數(shù)伴有℃信號(hào)閃爍。溫度可通過“

六、PCR儀

PCR儀,也稱DNA熱循環(huán)儀、基因擴(kuò)增儀,它是使一對(duì)寡核苷酸引物結(jié)合到正負(fù)上的靶序列兩側(cè),從而酶促合成拷貝數(shù)為百萬倍的靶序列三種不同溫度進(jìn)行DNA變性、引物復(fù)性、PCR儀主要應(yīng)用于基礎(chǔ)研究和應(yīng)用研究等許多領(lǐng)域,如基因分析、序列分析、進(jìn)化分析、臨床診斷、法醫(yī)學(xué)等等。隨著分子生物學(xué)的不斷發(fā)展,因此了解PCR儀的性能,熟練掌握儀器的正確使用方法及使用過程中的注意事項(xiàng),將是十分必要的。

現(xiàn)介紹PCR 擴(kuò)增儀(Tl Thermocycler)的使用方法和注意事項(xiàng)。

pH測(cè)量狀態(tài),將電極與溫度探棒浸泡在待測(cè)

pH電極從溶液中拿出。當(dāng)處于關(guān)機(jī) 或在插入樣品溶液前,用待測(cè)pH值,溫度要在適合的范圍內(nèi)進(jìn)行自動(dòng)溫度那么此時(shí)溫度探棒是不用連接,?℃”或“D℃”來調(diào)節(jié)。DNA片段,它的每一循環(huán)包括在DNA聚合酶催化的延伸反應(yīng)的三個(gè)過程。PCR擴(kuò)增技術(shù)也得到普及推廣應(yīng)用,6

1pH),則是由于屏幕上會(huì)顯DNA鏈 1.使用方法

(1)接通電源開關(guān),儀器進(jìn)入準(zhǔn)備狀態(tài);在顯示屏上記錄了當(dāng)前儀器的溫度和蓋子(Lid)的溫度。若儀器正在運(yùn)行時(shí),須按“

B ”鍵(start/stop),才能退出運(yùn)行并返回準(zhǔn)備狀態(tài)。

(2)編寫程序段。在準(zhǔn)備狀態(tài)下按“

C ”鍵(programs)進(jìn)入編程狀態(tài),選定一程序號(hào),然后按“enter”鍵,進(jìn)入下一程序;按 “A”(list)鍵后,選一文件號(hào)(empty program);再按“enter”鍵,進(jìn)入下一程序;按“ABC”鍵,進(jìn)入下一程序,用上下左右鍵號(hào)選擇一個(gè)字母(A、B、C、D、?),然后按“enter”鍵,進(jìn)入下一程序;按“name ok”鍵,完成文件命名。

(3)設(shè)定蓋子的溫度。性溫度是95℃,那么蓋子的溫度就要設(shè)定為程序。

(4)設(shè)定變性溫度、變性時(shí)間、延伸溫度、延伸時(shí)間、退火溫度、退火時(shí)間及循環(huán)總數(shù)等參數(shù)。從第一步依次按“間,全部參數(shù)設(shè)置完后,按“

(5)運(yùn)行程序。檢查設(shè)定是否正確,屏上可觀察到系統(tǒng)運(yùn)行的情況,按“

七、凝膠成像系統(tǒng)

本系統(tǒng)屬全自動(dòng)電腦控制影像分析系統(tǒng),主要拍攝核酸的acrylamide電泳膠片。在與確定量,是分子生物學(xué)及生化蛋白試驗(yàn)的重要檢測(cè)工具。像頭,變焦鏡,電腦以及專業(yè)凝膠圖象采集及分析斑點(diǎn)測(cè)量、PCR密度的定量分析等。此外,還提供圖像采集、標(biāo)注、打印、數(shù)據(jù)和圖像發(fā)送到Word、Excel、圖像處理等功能。

1.使用方法

(1)打開電腦,啟動(dòng)凝膠分析軟件,進(jìn)入用戶界面。

(2)打開采集凝膠圖像的暗箱裝置電源開關(guān),放入凝膠,打開紫外光源或白光光源,將采集裝置與電腦上采集卡相連,然后選擇“文件”菜單中的“圖像采集”或工具欄的“圖像采集”按鈕,出現(xiàn)圖像窗口:晰,可以調(diào)節(jié)暗箱上的變焦鏡,使之清晰。可直接將圖像保存起來,也可通過“圖像處理”對(duì)圖像進(jìn)行旋轉(zhuǎn)、裁剪、濾波、調(diào)節(jié)對(duì)比度??方面的處理。

(3)對(duì)讀入的電泳凝膠圖像,可以啟動(dòng)電泳凝膠分析系統(tǒng)。在“功能選擇”菜單中選擇“電泳凝膠”或在工具欄上的“電泳凝膠”工具,將出現(xiàn)泳道分析工具欄,并在“圖像顯示”子窗口中出現(xiàn)一個(gè)紅色的矩形框。還可進(jìn)入“條帶分析”系統(tǒng),對(duì)條帶 lid temp:

℃”enter”鍵進(jìn)入,用四個(gè)移位鍵移動(dòng)設(shè)定位置。先設(shè)定溫度,后設(shè)定時(shí)pgm ok”鍵,所設(shè)定的程序自動(dòng)被保存。

按“Stop”可停止運(yùn)行。markers比較后,可精確計(jì)算樣本的分子量,對(duì)核酸電泳也可準(zhǔn) “開始采集”105℃。待蓋子預(yù)熱后按“start”鍵,選擇設(shè)定好的程序,開始運(yùn)行。顯示 agarose本系統(tǒng)包括暗箱,.軟件(3.3版)。該軟件提供對(duì)電泳凝膠、、“停止采集”、“采集圖像”等。如果圖像不清 7

10℃,例如變enter”鍵,進(jìn)入下一 紫外透射儀,攝 進(jìn)行編號(hào),對(duì)“,蓋子的溫度一般比變性溫度要高 電泳膠片,及蛋白質(zhì)的二條以上的條帶進(jìn)行比較。

(4)采集圖像結(jié)束后,關(guān)閉暗箱電源開關(guān),從暗箱中取出凝膠,并將玻璃板清洗干凈,晾干。

八、空氣恒溫?fù)u床

搖床(振蕩器)為實(shí)驗(yàn)室的常規(guī)設(shè)備。SHK-99-Ⅱ型臺(tái)式空氣恒溫?fù)u床,采用微電腦控制系統(tǒng),溫度范圍:室溫+5℃~60℃,精度±0.5℃;時(shí)間范圍:1分鐘~99小時(shí)59分鐘;轉(zhuǎn)速范圍:60RPM~250RPM。

1.使用方法

(1)LED屏幕上各段數(shù)據(jù):

000

00.0

屏幕上“1”表示第一段,如果是第二段則為“轉(zhuǎn)速,“Time”表示時(shí)間,不設(shè)定時(shí)可自動(dòng)累計(jì)時(shí)間一直運(yùn)行。的值隨時(shí)可以修改,隨時(shí)按新值運(yùn)行。

(2)工作程序設(shè)置。按“F1”鍵,進(jìn)入設(shè)置狀態(tài)。可在速度,溫度,時(shí)間,運(yùn)行等四部分之間切換。在每一部分按“F2”鍵輸入數(shù)據(jù),輸入完十位數(shù)據(jù),再輸入個(gè)位數(shù)據(jù),按“鍵,再按“F2”鍵,到小數(shù)位,再按“

(3)再按“F1”鍵,轉(zhuǎn)回運(yùn)行狀態(tài),按“

(4)按“End”鍵,結(jié)束系統(tǒng)運(yùn)行。

2.注意事項(xiàng)

(1)打開電源,系統(tǒng)開始自檢,等待完畢,可以進(jìn)行第2步參數(shù)設(shè)置。若屏幕出現(xiàn):錯(cuò)誤;b.“MOTOR ERROR”,表示電機(jī)部分有錯(cuò)誤。

(2)運(yùn)行過程可以打開箱蓋,這樣電機(jī)不運(yùn)行,時(shí)間也停止,蓋上蓋接著運(yùn)行。

(3)工作完畢,關(guān)閉電源。關(guān)機(jī)后,要等一段時(shí)間再開機(jī)。

九、水的凈化裝置

分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)對(duì)水的純度要求越來越高,RPM

Temp

Time

00:00 2”,“Temp”表示溫度,“RPM”表示每分鐘“Temp”、“RPM”、F2”鍵,又到十位,以此循環(huán)。Start”鍵,電機(jī)開始運(yùn)行,時(shí)間開始計(jì)時(shí)。LCD屏幕出現(xiàn)“WELCOME”字樣,系統(tǒng)自檢a.“TEMP ERROR”,表示溫度檢測(cè)線路有

一般蒸餾水常常難以滿足實(shí)驗(yàn)要求,大多要求要

Time”F2”

“ 進(jìn)行第二次蒸餾(雙蒸水),它可以去除水中的大部分有機(jī)雜質(zhì),但制作時(shí)間較長,而且無機(jī)雜質(zhì)還是很多。許多實(shí)驗(yàn)還需要去離子水,這就需要陰陽離子交換樹脂進(jìn)行處理。目前,分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室都使用高質(zhì)量的超純水。如美國微孔濾膜公司的Milli-Q超純水制造系統(tǒng)所制造的超純水適用于許多學(xué)科領(lǐng)域,如分子克隆、各種色譜分析、氨基酸分析、DNA測(cè)序、酶反應(yīng)、組織和細(xì)胞培養(yǎng)等實(shí)驗(yàn)。下面介紹RO-MB壁掛式反滲透高純水機(jī)性能及使用方法。RO-MB反滲透高純水機(jī)(杭州永潔達(dá))產(chǎn)水量(25℃)10L/H;產(chǎn)水水質(zhì):RO純水:<10μs/cm,高純水:>15MΩ.cm;可用自來水制成普通實(shí)驗(yàn)用水和高純水,同時(shí)滿足不同水質(zhì)要求。在線電導(dǎo)率儀對(duì)產(chǎn)水水質(zhì)連續(xù)檢測(cè),可保證產(chǎn)水質(zhì)量。

1.使用方法

(1)準(zhǔn)備:先檢測(cè)與純水機(jī)相連的原水管路、廢水管路連接是否正常,打開原水閥門。供電電源是否正常,檢查按鈕是否在關(guān)閉狀態(tài)(按鈕彈出狀態(tài))220V電源插座上。

(2)開機(jī):依次按下電源開關(guān),泵開關(guān),純水機(jī)啟動(dòng)產(chǎn)水,同時(shí)廢水排出,指示燈亮起,并處于自動(dòng)運(yùn)行狀態(tài)。

(3)取純水:若打開閥門打開時(shí),檢測(cè)儀表顯示高純水電導(dǎo)率或電阻值。一杯水后再取新鮮水。

(4)關(guān)機(jī):不用時(shí)可關(guān)閉個(gè)按鈕停機(jī),自來水進(jìn)水閥門不必關(guān)閉,這時(shí)機(jī)子內(nèi)部的進(jìn)水電磁閥已自動(dòng)切斷水路。只要管路閥門不漏,也可使機(jī)子保持自動(dòng)待機(jī)狀態(tài)。

2.注意事項(xiàng)

(1)純水機(jī)的正常使用環(huán)境溫度為度不低于5℃。

(2)預(yù)處理濾芯一般三至六個(gè)月更換一次,實(shí)際使用壽命與自來水水質(zhì)、總過濾量等有關(guān)。

(3)混床濾芯產(chǎn)高純水約水中含鹽量、總用水量等有關(guān)。天開機(jī)30分鐘沖洗一次,冬季每隔

(4)使用過程若發(fā)現(xiàn)停機(jī)后泵仍頻繁地每隔數(shù)分鐘有規(guī)則地啟動(dòng)數(shù)秒鐘又停機(jī),此為管路漏水引起,需及時(shí)打開機(jī)箱加以解決。象,有利于沖洗和保護(hù)反滲透膜元件,十、消毒設(shè)備

細(xì)菌和細(xì)胞培養(yǎng)以及核酸等有關(guān)實(shí)驗(yàn)所用的試劑、RO純水或高純水出口閥門,則可獲得相應(yīng)水質(zhì)的純水。當(dāng)高純水出口 115~3噸,約二至四個(gè)月更換一次,2~3避免遭到微生物繁殖和減少污物沉積。將電源插頭插入帶有接地線的為了獲得高質(zhì)量的高純水,可以先放掉 35℃,產(chǎn)水量會(huì)隨溫度降低而下降,冬季保養(yǎng)溫實(shí)際使用壽命與自來水水質(zhì)、2天。必須注意定期沖洗維護(hù)。夏季宜每 乃屬正常現(xiàn)尤其高溫季節(jié)。器皿及實(shí)驗(yàn)用具,應(yīng)嚴(yán)格滅菌,有的實(shí)驗(yàn)

~設(shè)備停運(yùn)時(shí)間超過天開機(jī)沖洗一次。若每隔半小時(shí)以上啟動(dòng)數(shù)秒鐘又停機(jī),還要求沒有核酸酶的污染,故應(yīng)將實(shí)驗(yàn)器械,試劑等進(jìn)行高壓消毒。對(duì)于經(jīng)過導(dǎo)入DNA重組分子的菌株,操作后必須進(jìn)行嚴(yán)格的高壓消毒滅活處理。

大批實(shí)驗(yàn)物品、試劑、培養(yǎng)基等可以使用大型消毒器進(jìn)行消毒。一些不能經(jīng)受高壓、高溫消毒的試劑可用濾器濾膜除菌,器皿可用紫外線照射、75%乙醇或0.1%的十二烷基硫酸鈉(SDS)浸泡消毒。所有的細(xì)胞培養(yǎng)、細(xì)菌培養(yǎng)的操作,都應(yīng)在紫外線消毒后的超凈工作臺(tái)中進(jìn)行。

下面介紹立式自動(dòng)壓力蒸汽滅菌器(LDZX-40BI)的使用方法。

1.使用方法

(1)開蓋:轉(zhuǎn)動(dòng)手輪,使鍋蓋離開密封圈。

(2)通電:連接自動(dòng)進(jìn)水裝置。接通電源,將控制面板上電源開關(guān)按至低(LOW)紅燈亮,蒸發(fā)鍋內(nèi)屬斷水狀態(tài);缺水((3)加水:打開水源,水位達(dá)到低水位,控制面板上低水位紅燈和缺水黃燈相繼滅,加熱(1-綠燈)亮,繼續(xù)加水至高水位((4)堆放物品:需包扎的滅菌物品,體積不超過包裝之間留有間隙,堆放在金屬框內(nèi),這樣有利于蒸汽的穿透,提高滅菌效果。

(5)密封高壓鍋:推橫梁入立柱內(nèi),旋轉(zhuǎn)手輪,使鍋蓋下壓,充分壓緊。

(6)設(shè)定溫度:通電后數(shù)顯窗燈亮,上層為紅色,顯示溫度,下層為綠色,設(shè)定溫度和時(shí)間。先按控制面板上確認(rèn)鍵,綠色數(shù)顯閃爍,進(jìn)入溫度設(shè)定狀態(tài)。按一次移位鍵指相應(yīng)位置閃爍,根據(jù)所需數(shù)據(jù)位置進(jìn)行(單項(xiàng)循環(huán))移位。按△增加鍵或所需溫度設(shè)定。設(shè)定完畢,按二次確認(rèn)鍵,進(jìn)行溫度確認(rèn)。

(7)設(shè)定時(shí)間:按一次確認(rèn)鍵,將溫度設(shè)定切換成時(shí)間設(shè)定;再按一次移位鍵,所指相應(yīng)位置閃爍,完畢,按二次確認(rèn)鍵,定時(shí)器開始倒計(jì)時(shí)。

(8)滅菌:在加熱初,將下排汽閥打開至垂直位置;下排汽閥待蒸汽冒出時(shí),壓力表顯示指示為的15%為宜。安全閥設(shè)定數(shù),超出壓力部分,安全閥將自動(dòng)泄壓,并開始計(jì)數(shù)滅菌所需時(shí)間。滅菌完成,電控裝置將自動(dòng)關(guān)閉加熱系統(tǒng),伴有蜂鳴提醒;并將保溫時(shí)間切換成控制面板上電源開關(guān)按至

(9)干燥:物品滅菌后需要迅速干燥,須打開放汽閥和下排汽閥,將滅菌器內(nèi)的蒸汽迅速排出,使物品上殘留水蒸汽快速揮發(fā)。根據(jù)所需數(shù)據(jù)位置進(jìn)行移位;進(jìn)行時(shí)間設(shè)定確認(rèn)。℃時(shí),將下排汽閥推向水平關(guān)閉位置;留有微量蒸汽逸出,以控制總汽流量使用最高滅菌溫度為OFF HIGH)綠燈亮,自動(dòng)停止加水。按增加鍵或減少鍵,時(shí)間采用倒計(jì)時(shí),124℃~126℃,ON處,若水位LACK)黃燈亮,電源已正常輸入。

200mm×100mm×100mm為宜,各

所??減少鍵,進(jìn)行 進(jìn)行所需時(shí)間設(shè)定。設(shè)定當(dāng)滅菌鍋內(nèi)溫度達(dá)到設(shè)定溫度,0.145Mpa~0.165Mpa范圍內(nèi)屬于END顯示;此時(shí),將

100壓力在處;關(guān)閉電源,停止加熱待其冷卻。

(10)將蓋開啟,取出已滅菌物品。關(guān)閉水源,打開下排水閥,排盡滅菌室的水與水垢,以備下次使用。

2.注意事項(xiàng)

(1)堆放滅菌物品時(shí),嚴(yán)禁堵塞安全閥的出汽孔,必須留出空位保證其空氣暢通,否則安全閥因出汽孔堵塞不能工作,造成事故。

(2)滅菌液體時(shí),應(yīng)將液體灌裝在硬制的耐熱玻璃瓶中,以不超過選用棉花紗塞,切勿使用未打孔的橡膠或軟木塞,放蒸汽,必須待壓力表指針回零位方可排放余汽。

(3)對(duì)不同類型,不同滅菌物要求的物品,切勿放在一起滅菌,以免顧此失彼,造成損失。

實(shí)驗(yàn)二

質(zhì)粒DNA

一、實(shí)驗(yàn)原理

細(xì)菌質(zhì)粒是一類雙鏈、閉環(huán)的在于細(xì)胞質(zhì)中、獨(dú)立于細(xì)胞染色體之外的自主復(fù)制的遺傳成份,于染色體外的游離狀態(tài),制而復(fù)制,并通過細(xì)胞分裂傳遞到后代。

DNA,大小范圍從

在滅菌液體結(jié)束時(shí)不準(zhǔn)立即釋 至200kb3/4體積為好,瓶口隨著染色體的復(fù)特別注意,的提取-堿裂解法1kb以上不等。各種質(zhì)粒都是存通常情況下可持續(xù)穩(wěn)定地處但在一定條件下也會(huì)可逆地整合到寄主染色體上,一般分離質(zhì)粒DNA的方法都包括3個(gè)步驟:①培養(yǎng)細(xì)菌,使質(zhì)粒DNA大量擴(kuò)增;②收集和裂解細(xì)菌;③分離和純化質(zhì)粒DNA。分離制備質(zhì)粒DNA的方法很多,其中常用的方法有堿裂解法、煮沸法、SDS法、羥基磷灰石層析法等。在實(shí)際操作中可以根據(jù)宿主菌株類型、質(zhì)粒分子大小、堿基組成和結(jié)構(gòu)等特點(diǎn)以及質(zhì)粒DNA的用途進(jìn)行選擇。本實(shí)驗(yàn)介紹堿裂解法提取質(zhì)粒DNA。

堿裂解法提取質(zhì)粒DNA是根據(jù)共價(jià)閉合環(huán)狀質(zhì)粒DNA和線性染色體DNA在拓?fù)鋵W(xué)上的差異來分離質(zhì)粒DNA。在pH值介于12.0-12.5這個(gè)狹窄的范圍內(nèi),線性的DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)解開而被變性,盡管在這樣的條件下,共價(jià)閉環(huán)質(zhì)粒DNA的氫鍵會(huì)被斷裂,但兩條互補(bǔ)鏈彼此相互盤繞,仍會(huì)緊密地結(jié)合在一起。當(dāng)加入pH4.8乙酸鉀高鹽緩沖液恢復(fù)pH至中性時(shí),因?yàn)楣矁r(jià)閉合環(huán)狀的質(zhì)粒DNA的兩條互補(bǔ)鏈仍保持在一起,因此復(fù)性迅速而準(zhǔn)確,而線性的染色體DNA的兩條互補(bǔ)鏈彼此已完全分開,復(fù)性就不會(huì)那么迅速而準(zhǔn)確,它們相互纏繞形成不溶性網(wǎng)狀結(jié)構(gòu),而復(fù)性的質(zhì)粒DNA恢復(fù)原來構(gòu)型,保持可溶性狀態(tài)。通過離心,染色體DNA與不穩(wěn)定的大分子RNA,蛋白質(zhì)-SDS復(fù)合物等一起沉淀下來而被除去,最后用酚氯仿抽提純化上清液中的質(zhì)粒DNA。

二、儀器及試劑

1.儀器及耗材:37℃恒溫?fù)u床、冷凍離心機(jī)、臺(tái)式離心機(jī)、微量移液器、50 ml離心管、1.5 ml離心管管、槍頭、各種規(guī)格的量筒、接種環(huán)、試劑瓶、100 l或者250 ml三角瓶、玻棒等。

2.試劑及配制:

LB培養(yǎng)液的配制:

酵母浸提物

5.0 g;

胰蛋白胨

10.0 g;

NaCl

10.0 g;

依次稱量后加入800 ml去離子水后攪拌至完全溶解,用5 mol/L NaOH(約0.2 ml)調(diào)節(jié)培養(yǎng)液的pH值至7.0。再加去離子水將溶液定容至總體積為1000 ml,10磅高壓滅菌20 min,冷卻后4℃保存。

溶液 Ⅰ(GET緩沖液): 25 mmol/LTris-HCl(pH8.0), 10 mmol/L EDTA, 50 mmol/L 葡萄糖

配制:1000 ml

mol/L Tris-HCl(pH8.0)

ml

0.5 mol/L EDTA(pH8.0)ml

20% Glucose(1.11mol/L)

ml

dH2O

910ml

將以上溶液混合裝瓶,10磅高壓滅菌20 min,冷卻后4℃保存。

溶液II(變性液):200 mmol/L NaOH,1% SDS

配制: 500 ml

10% SDS

ml

2N NaOH

ml

取以上溶液,用滅菌去離子水定容至500 ml,充分混勻。室溫保存,此溶液保存時(shí)間最好不超過一個(gè)月,最好現(xiàn)用現(xiàn)配。

注意:SDS易產(chǎn)生氣泡,不要?jiǎng)×覕嚢琛?/p>

溶液 III(醋酸鉀液):3 mol/L 醋酸鉀(KAc)緩沖液,pH 5.6。5 mol/L 冰醋酸

配制:500 ml

醋酸鉀

g

冰醋酸

57.5 ml

加入300 ml去離子水后攪拌溶解。待醋酸鉀溶解后,再加去離子水將溶液定容至高溫高壓滅菌后,4℃保存。

10×TE緩沖液(pH 8.0):100 mmol/L Tris-HCl, 10 mmol/L EDTA

配制:1000ml mol/LTris-HCl 緩沖液(pH 8.0)

100ml

500 mmol/L EDTA(pH8.0)ml

加入約800 ml的去離子水,均勻混合。溶液定容至1 L。高溫高壓滅菌后,苯酚/氯仿/異戊醇(25 : 24 : 1):將量取25 ml Tris-HCl(pH8.0)平衡苯酚,加入 13

500 ml。4℃保存。24 ml 氯仿和 1 ml 異戊醇,充分混合后,移入棕色玻璃瓶中,4℃保存。

其它試劑:TE(pH8.0)、異丙醇、氯仿/異戊醇(24:1)、無水乙醇、70%乙醇、氨卞青霉素貯存液(50 mg/ml)

三、操作步驟

1.菌體的培養(yǎng)和收獲

(1)將5~10 ml含有氨卞青霉素(后接入一單菌落,并保持通氣良好,于接一次,于37℃ 220 rpm振搖培養(yǎng)(2)吸取培養(yǎng)的菌液1.5 ml,轉(zhuǎn)入棄上清,將離心管倒置,使液體盡可能流盡。

2.質(zhì)粒DNA提取(堿裂解法)

(1)加100 ul 溶液Ⅰ 重懸細(xì)菌沉淀,用槍吹打直至混和均勻。

(2)加200 ul溶液 Ⅱ,蓋緊管口,液變透明,粘稠)。

(3)加150 ul溶液 Ⅲ,輕微振蕩混和

(4)12000 rpm離心6 min,取上清液至另一離心管(棄沉淀)

(5)加等量的酚/氯仿/異戊醇,旋渦混勻離心管。

(6)加1倍異丙醇,振蕩混勻,靜置倒置于吸水紙,將附于管壁的殘余液滴除凈。

(7)加200 ul 70%乙醇洗滌沉淀物,臺(tái)式離心機(jī)在室溫下晾干(或在50℃-60℃的烘箱中也可)

(8)沉淀加20μl TE, 反復(fù)吹打使質(zhì)粒

四、常見問題及可能原因

1.提取的質(zhì)粒DNA不純:變性不充分;關(guān)鍵步驟反應(yīng)時(shí)間過短;離心時(shí)間或速度不夠。

2.提取的質(zhì)粒DNA呈涂布狀:操作過程中用力過猛,動(dòng)作過大;操作系統(tǒng)內(nèi)有污染。

AP)的LB培養(yǎng)基加入到容量為100ml的三角瓶中,然37℃ 220 rpm振搖過夜培養(yǎng)(約16h)后可以再轉(zhuǎn)3~4 h。的離心管中,用臺(tái)式離心機(jī)以12000 rpm

輕緩上下顛倒離心管以混合內(nèi)容物。室溫靜置10 sec,置冰上10 min(溶液出現(xiàn)白色沉淀。1 min,12000 r/min離心6min,取上清液至另一10 min,12000 rpm離心6 min。棄上清液,將離心管 12000 rpm離心2 min,棄上清液,將沉淀。DNA充分溶解,-20℃保存。14 min。5 min(溶)。

1.5 ml離心 3.與染色體DNA分離不全:變性過程不完全;試劑配制有問題(成分,濃度或pH)。

實(shí)驗(yàn)三

瓊脂糖凝膠電泳

一、實(shí)驗(yàn)原理

瓊脂糖凝膠電泳是分離和純化的多孔支持介質(zhì)(瓊脂糖凝膠)的樣品孔中,并置于靜電場(chǎng)上。由于架兩側(cè)帶有含負(fù)電荷的磷酸根殘基,分子的遷移速度取決于分子篩效應(yīng)。因而可依據(jù)DNA可以分離相對(duì)分子質(zhì)量相同,而構(gòu)型不同的相對(duì)分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)參照物和樣品一起進(jìn)行電泳而得到檢測(cè)。以提供一個(gè)用于確定EB),其分子可插入下,呈桔紅色熒光,因此也可對(duì)分離的

一般瓊脂糖凝膠電泳適用于大小在膠的制備以及瓊脂糖凝膠電泳在

二、儀器及試劑

1.儀器及耗材:

水平電泳槽、電泳儀、100 ml或250 ml錐形瓶、量筒、吸頭等。

2.試劑及配制:

50×TAE緩沖液的配制:

配制1000 ml

DNA 片段的常用技術(shù)。把DNA樣品加入到一塊包含電解質(zhì)DNA分子的雙螺旋骨因此在電場(chǎng)中向正極移動(dòng)。在一定的電場(chǎng)強(qiáng)度下,DNA具有不同的相對(duì)分子質(zhì)量的DNA片段泳動(dòng)速度不一樣,DNA,也DNA分子。在電泳過程中可以通過示蹤染料或相對(duì)分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)參照物相對(duì)可DNA片段大小的標(biāo)準(zhǔn)。在凝膠中加入少量溴化乙錠(ethidium bromide, DNA的堿基之間,形成一種絡(luò)合物,在254~365nm波長紫外光照射DNA進(jìn)行檢測(cè)。0.2kb~50kb范圍內(nèi)的DNA片段。本實(shí)驗(yàn)介紹瓊脂糖凝

DNA片段分離中的應(yīng)用方法。

凝膠成像分析系統(tǒng)、微波爐、微量移液器、透明膠帶、點(diǎn)樣板或parafilm、2 mol/L Tris-乙酸,0.05 mol/L EDTA(pH 8.0)15 分子的大小來使其分離。凝膠電泳不僅可分離不同分子質(zhì)量的Tris

242 g

冰乙酸

57.1 ml

0.5 mol/L EDTA

ml

加入600 ml去離子水后攪拌溶解,將溶液定容至1 L后。高溫高壓滅菌,室溫保存。

1×TAE緩沖液的配制:

稱量20 ml的50×TAE緩沖液,再加入980 ml的去離子水。

溴化乙啶貯存液:10 mg/ml 溴化乙啶

配制:100 ml

稱取1 g溴化乙啶,置于100 ml燒杯中,加入80 ml去離子水后攪拌溶解。將溶液定容至100 ml后,轉(zhuǎn)移到棕色瓶中。室溫保存。

6×上樣緩沖液:0.25%溴酚藍(lán),0.25%二甲苯青FF,30%甘油。

配制:10 ml

溴酚藍(lán)mg

二甲苯青FF

mg

甘油

ml

用6×TAE緩沖液定溶至10 ml,分裝成1 ml/管。-20℃保存。

其它試劑:DNA樣品、DNA Ladder、瓊脂糖、三、操作步驟

1.制備1%瓊脂糖凝膠(大膠用70ml,小膠用50ml):稱取0.7 g中,加入70 ml(50ml)1×TAE,瓶口倒扣小燒杯。微波爐加熱煮沸搖勻,即成1.0%瓊脂糖凝膠液。

2.膠板制備:取電泳槽內(nèi)的有機(jī)玻璃內(nèi)槽(制膠槽)洗干凈、晾干,放入制膠玻璃板。取透明膠帶將玻璃板與內(nèi)槽兩端邊緣封好,形成模子。將內(nèi)槽置于水平位置,好梳子。將冷卻到65℃左右的瓊脂糖凝膠液混勻小心地倒入內(nèi)槽玻璃板上,使膠液緩慢展開,直到整個(gè)玻璃板表面形成均勻膠層。室溫下靜置直至凝膠完全凝固,垂直輕拔梳子,取 16

0.5 g)瓊脂糖置于錐形瓶3次至瓊脂糖全部融化,并在固定位置放(下膠帶,將凝膠及內(nèi)槽放入電泳槽中。添加1×TAE電泳緩沖液至沒過膠板為止。

3.加樣:在點(diǎn)樣板或parafilm上混合DNA樣品和上樣緩沖液,上樣緩沖液的最終稀釋倍數(shù)應(yīng)不小于1X。用10 ul微量移液器分別將樣品加入膠板的樣品小槽內(nèi),每加完一個(gè)樣品,應(yīng)更換一個(gè)加樣頭,以防污染,加樣時(shí)勿碰壞樣品孔周圍的凝膠面。(注意:加樣前要先記下加樣的順序)。

4.電泳:加樣后的凝膠板立即通電進(jìn)行電泳,電壓60-100V,樣品由負(fù)極(黑色)向正極(紅色)方向移動(dòng)。電壓升高,瓊脂糖凝膠的有效分離范圍降低。當(dāng)溴酚藍(lán)移動(dòng)到距離膠板下沿約1cm處時(shí),停止電泳。

(5)電泳完畢后,取出凝膠,用含有0.5 ug/ml的溴化乙錠1×TAE用清水漂洗10 min。

(6)觀察照相:在紫外燈下觀察,DNA存在則顯示出紅色熒光條帶,采用凝膠成像系統(tǒng)拍照保存。

四、常見問題及注意事項(xiàng)

1.配瓊脂糖時(shí)應(yīng)使其完全熔化后方可制膠。

2.瓊脂糖凝膠易于破碎,操作時(shí)要輕緩。

3.電泳時(shí)應(yīng)注意電源線路,預(yù)防觸電。

4.溴化乙淀具有致癌作用,配制及使用時(shí)應(yīng)帶乳膠或一次性塑料手套。并在專門的實(shí)驗(yàn)室內(nèi)使用。

5.紫外線對(duì)人體有損傷作用,開燈時(shí)間不宜太長,注意防護(hù)。

6.DNA帶形狀模糊:DNA加樣過多;電壓太高;凝膠中有氣泡。

7.質(zhì)粒DNA的存在形式有3種,①共價(jià)閉環(huán)DNA(cccDNA),常以超螺旋形式存在;②開環(huán)DNA(ocDNA),此種質(zhì)粒DNA的兩條鏈中有一條發(fā)生一處或多處斷裂,因此可以自由旋轉(zhuǎn)從而消除張力,形成松弛的環(huán)狀分子;③線狀DNA,因質(zhì)粒處斷裂而造成。因此質(zhì)粒DNA電泳的結(jié)果中有可能出現(xiàn)三條泳帶,它們的泳動(dòng)速度為:cccDNA > 線狀DNA > ocDNA。min,再DNA的兩條鏈在同一溶液染色約 DNA18

DNA

實(shí)驗(yàn)四

限制性內(nèi)切核酸酶的酶切與鑒定

一、實(shí)驗(yàn)原理

限制性內(nèi)切酶是一類能識(shí)別雙鏈分子中特異核苷酸序列的水解酶,主要存在于原核生物中。根據(jù)限制酶的識(shí)別切割特性、催化條件及是否具有修飾酶活性可分為 Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型三大類。其中Ⅱ類酶在分子克隆和基因操作中最為有用,是常用的分子生物學(xué)工具酶。

限制性內(nèi)切酶識(shí)別序列長度一般為4~8個(gè)呈回文序列的特異核苷酸對(duì)。一般情況下,識(shí)別序列越長,在同一DNA分子中識(shí)別位點(diǎn)出現(xiàn)的頻率就越小。許多限制性內(nèi)切酶的酶切位點(diǎn)已被確定。例如EcoRl 酶的識(shí)別與切割序列為以下6個(gè)堿基對(duì)。

5′??GAATTC??3′

EcoR I以獨(dú)特的方式識(shí)別并裂解這個(gè)順序,形成兩個(gè) 和

……G

這些末端為互補(bǔ)的,即粘性末端,并可在連接酶的催化下與由相連接。

限制性內(nèi)切酶主要用于基因組基因片段的分離與回收以及單酶切、雙酶切或部分酶切等不同方式。大量的酶切反應(yīng)。小量酶切反應(yīng)主要應(yīng)用于質(zhì)粒的酶切鑒定,DNA,大量酶切反應(yīng)用于制備目的基因片段,體積為

本實(shí)驗(yàn)為EcoR I對(duì)質(zhì)粒性內(nèi)切核酸酶酶切位點(diǎn)。瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行鑒定酶切效果。

二、儀器與試劑

1.儀器:

水浴鍋、離心管、移液器、吸頭、2.試劑:

質(zhì)粒pUC18、EcoR I限制性內(nèi)切核酸酶、內(nèi)切酶反應(yīng)緩沖液、瓊脂糖、電泳緩沖液、樣緩沖液、溴化乙啶染液、無菌水等。

三、操作步驟

3′??

……CTT AA DNA的片段化、重組DNA分子物理圖譜的構(gòu)建等。根據(jù)酶切目的和要求不同,可有pUC18的小量酶切。在用特定的限制性內(nèi)切核酸酶對(duì)質(zhì)粒進(jìn)行酶切反應(yīng)后,CTT AAG?? 5′

5′突出末端:

AATTC……

EcoR I產(chǎn)生的其它分子末端DNA分子的構(gòu)建與鑒定、載體中目的可分為小量酶切反應(yīng)和體積為20 μ50~100 μl,DNA

在質(zhì)粒的雙鏈環(huán)狀DNA電泳設(shè)備等。

l, 含0.210通常可采用1 μg 30ug。6×上

G……根據(jù)酶切反應(yīng)的體積不同,~用量在~分子上有多個(gè)限制

1.限制性內(nèi)切酶反應(yīng)一般在滅菌的0.2或0.5ml PCR薄壁離心管中進(jìn)行。

2.酶切反應(yīng)體系(10ul):

酶解緩沖液(10×buffer)ul

限制性內(nèi)切酶

0.5 ul EcoR I(7.5U)

底物DNA(質(zhì)粒)

滅菌ddH2O

限制性內(nèi)切酶最后加入,手彈混勻或用吸頭輕輕上下吹吸,混勻后離心15s。37℃水浴消化

3.酶切完畢,分子量標(biāo)準(zhǔn)物同時(shí)進(jìn)行電泳以確定應(yīng),或加入適量酶后繼續(xù)反應(yīng)。

5.經(jīng)電泳觀察酶切反應(yīng)完全后,將上述反應(yīng)液置將剩余酶切產(chǎn)物保存于

四、注意事項(xiàng)

1.限制性內(nèi)切酶需保存于

2.限制性內(nèi)切酶溶液通常含有溶液底部,所以要充分搖勻。

3.加樣時(shí)吸頭垂直進(jìn)入試劑管,避免碰到管壁,每加完一樣要換一個(gè)吸頭,同時(shí)在已加的樣品前做個(gè)記號(hào)以防止錯(cuò)加或漏加,避免污染。

4.酶(置于冰盒上)應(yīng)最后加入,盡量減少室溫接觸機(jī)會(huì)。加酶時(shí)吸頭深入不可過深。

5.酶解消化反應(yīng)溫度及時(shí)間根據(jù)該酶使用說明書而定。

6.注意酶的用量,加入的酶量按的10%,以避免酶液中甘油干擾反應(yīng)活性的可能,即在識(shí)別序列以外的位點(diǎn)進(jìn)行切割。此外,反應(yīng)體系中甘油的質(zhì)量分?jǐn)?shù)大于12%,以及缺少

五、相關(guān)問題

2h。取5ul酶切產(chǎn)物進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳,?C20℃?zhèn)溆谩?20℃,操作時(shí)應(yīng)將酶保持在冰浴中,避免長時(shí)間置于高溫中。NACL和存在M

x ul(依質(zhì)粒濃度而定)

加至10 ul 鑒定酶切反應(yīng)效果,DNA片段的大小。如果酶切不完全,可繼續(xù)65℃水浴中10~15min,中止酶切反應(yīng),50%甘油,加入反應(yīng)管后,因密度較大,往往沉淀至

1-3U/ug DNA計(jì)算,酶的體積應(yīng)低于反應(yīng)總體積

。酶量過大(≥25U/ug DNA)時(shí),有產(chǎn)生所謂星號(hào) 20

6000 r/min,DNA.酶解消化反

必須用 等情況下,都有可能出現(xiàn)星號(hào)活性。

1.酶的保存

不同的限制酶往往保存在大致相似的緩沖液中,這種特定配方的緩沖液能使酶活性維持較長時(shí)間。常用的保存緩沖液各組分作用如下:

Tris-HCl(7.4―7.8):

維持穩(wěn)定的pH范圍。

50-100mmol/L

NaCl或KCl:提供一定的離子強(qiáng)度。

0.1mmol/L EDTA:

1mmol/L

DTT:

200-500ug/ml BSA:

度,防止蛋白質(zhì)分子濃度過低而導(dǎo)致酶分子變性。

50%的甘油:

1-5 g/L的Triton-100:

白質(zhì)分子的表面變性作用。

2.酶單位的定義

限制酶的單位通常定義為:1U的酶能在約完成酶切1ug的λDNA。確定限制酶單位的具體操作方法是分別向列的酶(1U左右),當(dāng)電泳觀察到酶切片段的條帶不再發(fā)生變化時(shí)說明已作用完全,割的最少酶量定為1U的酶量。

3.限制酶的作用條件

限制酶切割DNA的反應(yīng)中,酶切條件是實(shí)驗(yàn)成功的重要因素,其中包括反應(yīng)的溫度、時(shí)間與反應(yīng)的緩沖體系,除了這些條件外,只有在正確選擇酶反應(yīng)條件時(shí)才能達(dá)到最佳酶切效果。

(1)作用溫度

早期的酶切反應(yīng)都在37℃進(jìn)行,這種方法雖然簡單、統(tǒng)一,但卻不能達(dá)到每個(gè)酶的最適反應(yīng)溫度。為了達(dá)到最佳酶切的效果,最好根據(jù)所選用的酶確定所需要的反應(yīng)溫度。

(2)緩沖體系

限制酶反應(yīng)的緩沖體系大致相同,都含有以下組分:約作用是將酶反應(yīng)體系的pH維持在7.5-8.5;約

絡(luò)合掉能激活限制酶的鎂離子。

保護(hù)酶分子上的還原性基團(tuán)。

牛血清白蛋白提高溶液中蛋白質(zhì)的濃

使酶液保存于-20℃不至凍結(jié)。

這是一種非離子型表面活性劑,能防止蛋50ul合適的反應(yīng)緩沖體系中,在1ug的底物中加入一系DNA的純度與濃度也會(huì)影響酶切效果,100mmol/L10mmol/L的MgCl2,作用是為限制酶提供激

1h內(nèi)完全切Tris-HCl,的活因子;1mmol/L的DTT,作用是保護(hù)還原性基團(tuán);約150mmol/L的NaCl,作用是提供合適的離子強(qiáng)度。由于認(rèn)識(shí)的局限性,早期的限制酶反應(yīng)體系僅根據(jù)其中NaCl含量的不同分為高鹽、中鹽與低鹽三種,這同樣不能使每種酶獲得最適反應(yīng)條件。現(xiàn)在提供酶的很多廠商能提供4-10種緩沖體系,其中各必需成分之間只有很小的差別,目的是使每種酶都發(fā)揮最大的作用。

緩沖液一般配成10倍的濃度,使用時(shí)以1/10的比例加入,當(dāng)然為了減小吸量誤差也可自行配制5倍的緩沖液。

(3)反應(yīng)體積與時(shí)間

酶反應(yīng)體積一般不宜小于20ul。因?yàn)檫^小的反應(yīng)體積在加入各種成分時(shí)易產(chǎn)生誤差,甘油含量易超過10%。在37℃保溫可因水分蒸發(fā)而明顯改變反應(yīng)體系中各成分的濃度,從而影響酶活力。同時(shí)還要考慮反應(yīng)完畢進(jìn)行電泳時(shí),所加樣品中DNA的量能夠在電泳中顯出清晰的泳帶。

常規(guī)的酶切反應(yīng)一般控制在60min內(nèi)進(jìn)行,但也可以根據(jù)切割對(duì)象與所用的酶將保溫時(shí)間延長至十幾個(gè)小時(shí)。

(4)DNA的純度與濃度

除了上述酶反應(yīng)條件外,影響酶切效果的最主要因素是DNA的純度。例如,樣品中含有大量RNA雜質(zhì)時(shí)會(huì)因減少了酶的有效濃度而影響酶切效果;某些雜蛋白未除凈而結(jié)合在DNA時(shí)也會(huì)影響酶切效果。至于抽提過程中未除凈的各種影響因素就更多了,可能是微量的氯仿、SDS、EDTA、酚、EB、乙醇或是瓊脂糖凝膠中的硫酸根離子等。

DNA純度的另一個(gè)指標(biāo)是不可含有微量的DNA酶。如果酶切后電泳結(jié)果顯示出不清晰條帶或成為一片紅色(術(shù)語稱Smear)時(shí),可肯定系統(tǒng)中已經(jīng)污染了DNA酶。

DNA樣品中含有大量RNA時(shí)可用RNA酶處理;含有結(jié)合在DNA上的雜蛋白與DNA酶時(shí)都可用氯仿/異戊醇抽提;當(dāng)樣品中含有氯仿、SDS、硫酸根等抑制酶切的小分子物質(zhì)時(shí)可以通過沉淀更換一個(gè)新的緩沖體系。當(dāng)然,酶切失敗時(shí)也不能排除除DNA外的一切因素,如無菌水,EP管,吸咀等的干凈程度以及內(nèi)切酶自身的酶活性情況。

除純度外,DNA的濃度也會(huì)影響酶切效果,一般DNA質(zhì)量濃度在1ug/20ul才能得到較好的酶切效果,質(zhì)量濃度高達(dá)1.5ug/20ul時(shí)就可能發(fā)生酶切困難。

(5)終止酶切反應(yīng)的方法

如果需對(duì)酶切片段進(jìn)行連接或標(biāo)記等操作時(shí),首先要將限制酶滅活。滅活的方法可分為三種:第一種是向反應(yīng)緩沖體系中加入終濃度為10-12.5mmol/L的EDTA,原理是絡(luò)合掉酶反應(yīng)中所需的鎂離子。但這種方法會(huì)影響需鎂離子的后續(xù)反應(yīng)。所以一般加入EDTA后,要用乙醇沉淀法來更換緩沖體系,以除去EDTA,但這樣就會(huì)造成DNA的損失。第二種方法是熱失活:一般的酶如EcoRⅠ等在65℃保溫60min即可;另一些酶如Hind Ⅲ等需在85℃保溫 22 30min方能達(dá)到目的;極端的例子是Ttb Ⅲ甚至不能用加熱的方法使之失活。熱失活方法的特點(diǎn)是簡單并且未向體系中引入任何物質(zhì),特別適用于連續(xù)進(jìn)行幾個(gè)酶切反應(yīng);熱失活法的另一個(gè)特點(diǎn)是不用更換體系,所以不會(huì)造成DNA的損失。第三種方法是用酚和氯仿抽提使之失活,之后以乙醇沉淀DNA片段。這種方法的特點(diǎn)是處理?xiàng)l件劇烈,能使酶徹底失活(不像第一種方法中酶蛋白并未變性而只是沒有激活因子而已)。

實(shí)驗(yàn)五

大腸桿菌感受態(tài)細(xì)胞的制備及轉(zhuǎn)化

一、實(shí)驗(yàn)原理

體外連接的重組DNA分子導(dǎo)入合適的宿主細(xì)胞中才能大量的進(jìn)行復(fù)制、增殖和表達(dá)。研究發(fā)現(xiàn),用含Ca2+ 的溶液處理大腸桿菌細(xì)胞會(huì)易于吸收外源DNA。大腸桿菌吸收外源DNA的過程被稱為轉(zhuǎn)化。細(xì)菌處于容易吸收外源DNA的狀態(tài)稱為感受態(tài)。用理化方法可以誘導(dǎo)細(xì)胞進(jìn)入感受態(tài),如電轉(zhuǎn)化法、CaCL2法。

CaCL2法是目前實(shí)驗(yàn)室常用的制備感受態(tài)細(xì)胞的方法,其原理是使細(xì)菌處于0°C、CaCl2低滲溶液中,細(xì)胞膨脹成球形,細(xì)胞膜的通透性發(fā)生改變,外源DNA附著于細(xì)胞膜表面,經(jīng)42°C短時(shí)間熱沖擊處理,促進(jìn)細(xì)胞吸收DNA復(fù)合物。宿主細(xì)胞一般是限制―修飾系統(tǒng)缺陷的變異株,即不含限制性內(nèi)切酶和甲基化酶的突變株,而質(zhì)粒載體攜帶有某一抗生素抗性基因,如抗氨卞青霉素的基因(AP+)。若將轉(zhuǎn)化的細(xì)胞涂布與于含氨卞青霉素的平板上,則只有那些含有被轉(zhuǎn)化質(zhì)粒的細(xì)胞才能生存并生長增殖。從而可以篩選出哪個(gè)克隆含有質(zhì)粒。

本實(shí)驗(yàn)以E.coli JM109菌株為受體細(xì)胞,受體菌使其處于感受態(tài),然后與pUC18質(zhì)粒共保溫實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)化。將經(jīng)過轉(zhuǎn)化后的全部受體細(xì)胞進(jìn)行適當(dāng)稀釋,在含有氨卞青霉素的平板培養(yǎng)基上培養(yǎng),只有轉(zhuǎn)化體才能存活,化的受體細(xì)胞則因無抵抗氨卞青霉素的能力而死亡。轉(zhuǎn)化子經(jīng)過擴(kuò)增后,可將轉(zhuǎn)入的質(zhì)粒DNA分離提取出來,用于電泳分析、限制性內(nèi)切酶圖譜的制作以及

二、儀器及試劑

1.儀器:

恒溫?fù)u床、電熱恒溫培養(yǎng)箱、電熱恒溫水浴鍋、超凈工作臺(tái)、分光光度計(jì)、高速冷凍離心機(jī)、臺(tái)式離心機(jī)。

2.材料

E.coli JM109受體菌、質(zhì)粒pUC18。

3.試劑:

LB培養(yǎng)液(1L):

胰蛋白胨

10g

酵母粉

5g

NaCl

10g(高鹽)或

氨芐青霉素(Ampicillin)

100mg/ml

用CaCl2處理而未有轉(zhuǎn)DNA測(cè)序等實(shí)驗(yàn)。5g(低鹽)在三角瓶中將胰蛋白胨 10g,酵母粉 5g以及 NaCl 5g溶于1L的重蒸水中并高壓滅菌。待冷卻至55℃,向溶液中加入1.5ml 100mg/ml 的氨芐青霉素。然后貯存于4℃?zhèn)溆谩?/p>

LB平板培養(yǎng)基:

胰蛋白胨

10g

酵母粉

5g

NaCl

10g

瓊脂

13g

在三角瓶中依次將上述配方加入1L的重蒸水中并高壓滅菌。待培養(yǎng)基降溫至養(yǎng)基并輕輕旋轉(zhuǎn)以使溶解的瓊脂均勻分布于整個(gè)培養(yǎng)基溶液中,根據(jù)需要加入氨芐青霉素,然后可直接從三角瓶中倒出培養(yǎng)基鋪制平板。90mm直徑的培養(yǎng)皿約需培養(yǎng)基完全凝結(jié)后,倒置平皿并貯存于4℃?zhèn)溆谩?/p>

其它試劑:

0.1M CaCl2溶液、滅菌蒸餾水

三、操作步驟

1.感受態(tài)細(xì)菌的制備:

(1)用接種環(huán)從E.coli JM109菌平板上挑取一單克隆菌落,培養(yǎng)基的試管中中,37℃ 220 rpm振蕩培養(yǎng)過夜(12~16h)。

(2)取0.5 ml過夜菌液接種到裝有50ml LB液體培養(yǎng)基三角瓶中中,振蕩培養(yǎng)2-3h,隔20-30min測(cè)量OD600值,至OD600值為轉(zhuǎn)至1.5ml 離心管中,每管1ml菌液,按需要決定管數(shù)。

(3)4℃,12000 rpm,離心2 min,以回收細(xì)菌。

(4)倒凈上清液,倒置離心管于濾紙上1min,使殘留的痕量培養(yǎng)液流盡。冰預(yù)冷的0.1mol/L CaCl2懸浮細(xì)胞,冰浴30 min。

(5)4℃,12000 rpm,2 min。

(6)倒凈上清液,倒置離心管1min,使殘留液流盡。每管加CaCl2重新懸浮細(xì)胞(重懸時(shí)操作要輕),即成感受態(tài)細(xì)胞懸浮液。

2.細(xì)菌轉(zhuǎn)化:

(1)取3只滅菌的Ep管,分別編號(hào)1、2、3、分別加入以下各組分:加入

5g,30接種于裝有0.3-0.4。無菌條件下將細(xì)菌100 ul冰預(yù)冷的 50℃,取出培50ml培養(yǎng)基。5ml LB液體37℃,220 rpm每管加1ml0.1 mol/L 10~20ng

或 ~ 質(zhì)粒DNA(體積小于10ul),同時(shí)做兩個(gè)對(duì)照組:

1號(hào):受體菌對(duì)照組:

100ul感受態(tài)細(xì)胞懸浮液+2ul無菌ddH2O

2號(hào):質(zhì)粒DNA對(duì)照組:100ul 0.1mol/L CaCl2+2ul pUC19

3號(hào):正常轉(zhuǎn)化組:100ul感受態(tài)細(xì)胞懸浮液+2ul pUC19

(2)輕輕旋轉(zhuǎn)離心管以混勻內(nèi)容物,冰浴30min,促進(jìn)DNA分子在感受態(tài)細(xì)胞表面的吸附。

(3)轉(zhuǎn)入便于DNA分子的吸附進(jìn)入,提高轉(zhuǎn)化率。

(4)迅速轉(zhuǎn)入冰上冷卻

(5)使受體菌恢復(fù)正常生長狀態(tài),并且表達(dá)

(6)取200ul37℃恒溫培養(yǎng)箱倒置培養(yǎng)可將之置于37℃恒溫培養(yǎng)箱繼續(xù)培養(yǎng),100ul左右,用移液器吹打重懸,再全部涂于含

(7)觀察并記錄轉(zhuǎn)化子出現(xiàn)的數(shù)目,計(jì)算轉(zhuǎn)化率。

四、注意事項(xiàng):

1.實(shí)驗(yàn)中所用的器皿均要滅菌,以防止雜菌和外源

2.實(shí)驗(yàn)過程中要注意無菌操作,溶液移取、分裝等均應(yīng)在無菌超凈工作臺(tái)上進(jìn)行。

3.必須設(shè)對(duì)照組,以檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)過程中是否有污染。

4.整個(gè)實(shí)驗(yàn)過程均需置于冰上。

5.選用對(duì)數(shù)生長期細(xì)胞,42℃水浴2min,通過熱刺激增強(qiáng)CaCL2的作用,2min,修復(fù)細(xì)胞膜。600u無抗生素lLB液體培養(yǎng)基,搖勻后于37℃,Ampicillin抗性基因。Ampicillin的LB平板,將平板置于無菌臺(tái)直至液體被吸收,12-16h后觀察結(jié)果,其余保存于4℃。如果平板上沒有長出菌落,同時(shí)將剩下的500ul菌液離心,Ampicillin的LB平板上,置 DNA

OD600不應(yīng)高于0.6。26

使細(xì)胞膜產(chǎn)生通道,220 rpm,振蕩倒掉大部分上清,37℃培養(yǎng)。60min。留 加菌液涂在含 的污染。

實(shí)驗(yàn)六

動(dòng)物組織細(xì)胞基因組

一、實(shí)驗(yàn)原理

真核生物的一切有核細(xì)胞(包括培養(yǎng)細(xì)胞)都能用來制備基因組的DNA是以染色體的形式存在于細(xì)胞核內(nèi),質(zhì)、脂類和糖類等分離,又要保持組織細(xì)胞在含仿/異戊醇抽提分離蛋白質(zhì),得到的

蛋白酶K在勻漿后提取EDTA則抑制細(xì)胞中分子完整地分離出來。

二、儀器及試劑

1.恒溫水浴鍋、臺(tái)式離心機(jī)、紫外分光光度計(jì)(離心管(滅菌)

SDS(十二烷基硫酸鈉)和蛋白酶DNA的反應(yīng)體系中,Dnase

、吸頭(滅菌)DNA提取 因此,制備DNA分子的完整。提取KDNA溶液經(jīng)乙醇沉淀使SDS和EDTA(乙二胺四乙酸二鈉)存在下保持很高的活性。SDS可破壞細(xì)胞膜、活性;而蛋白酶K可將 27

DNA的原則是既要將DNADNA核膜,并使組織蛋白與蛋白質(zhì)降解成小肽或氨基酸,GeneQuant)DNA。真核生物DNA與蛋白 DNA分離,使DNA 的一般過程是將分散好的的溶液中消化分解蛋白質(zhì),再用酚和氯從溶液中析出。的重要特性是能在的 儀器:、移液器、玻璃勻漿器、2.試劑:

(1)細(xì)胞裂解緩沖液:

Tris(pH8.0)

mmol/L

EDTA(pH 8.0)

500 mmol/L

NaCL

mmol/L

SDS

10%

胰RNA酶

20ug/ml

(2)蛋白酶K:

稱取20mg蛋白酶k溶于1ml滅菌的雙蒸水中,?C20℃?zhèn)溆谩?/p>

(3)TE緩沖液(pH 8.0):高壓滅菌,室溫貯存。

(4)酚?氯仿?異戊醇(25:24:1)、(5)異丙醇、冷無水乙醇、70%乙醇、滅菌水。

三、操作步驟

1.取新鮮或冰凍動(dòng)物組織塊0.1g(0.5cm3),盡量剪碎。置于玻璃勻漿器中,加入1ml的細(xì)胞裂解緩沖液勻漿至不見組織塊,轉(zhuǎn)入1.5ml 離心管中,加入蛋白酶K(500ug/ml)20μl,混勻。在65℃恒溫水浴鍋中水浴30min,也可轉(zhuǎn)入37℃水浴12~24h,間歇振蕩離心管數(shù)次。于臺(tái)式離心機(jī)以12000 rpm離心5min,取上清液入另一離心管中。

2.加2倍體積異丙醇,倒轉(zhuǎn)混勻后,可以看見絲狀物,用100ul 吸頭挑出,涼干,用200ul TE 重新溶解。(可進(jìn)行PCR反應(yīng)等,需要進(jìn)一步純化的按下列步驟進(jìn)行)

3.加等量的酚?氯仿?異戊醇振蕩混勻,離心12000 rpm,5min。

4.取上層溶液至另一管,加入等體積的氯仿?異戊醇,振蕩混勻,離心12000 rpm,5min。

5.取上層溶液至另一管,加入1/2體積的7.5mol/L乙酸氨加入2倍體積的無水乙醇,混勻后室溫沉淀2min,離心12000 rpm ,10min。

6.小心倒掉上清液,將離心管倒置于吸水紙上,將附于管壁的殘余液滴除掉。

7.用1ml 70%乙醇洗滌沉淀物1次,離心12000 rpm,5min。

8.小心倒掉上清液,將離心管倒置于吸水紙上,將附于管壁的殘余液滴除掉,室溫干燥。

9.加200ul TE重新溶解沉淀物,然后置于4℃或?C20℃保存?zhèn)溆谩?/p>

10.吸取適量樣品于GeneQuant上檢測(cè)濃度和純度。

四、常見問題

1.選擇的實(shí)驗(yàn)材料要新鮮,處理時(shí)間不易過長。

2.在加入細(xì)胞裂解緩沖液前,細(xì)胞必須均勻分散,以減少

3.提取的DNA不易溶解:不純,含雜質(zhì)較多;加溶解液太少使?jié)舛冗^大。沉淀物太干燥,也將使溶解變得很困難。

4.電泳檢測(cè)時(shí)DNA成涂布狀:操作不慎;污染核酸酶等。

5.分光光度分析DNA應(yīng)加入SDS至終濃度為

6.酚/氯仿/異戊醇抽提后,其上清液太黏不易吸取:含高濃度的的量或減少所取組織的量。

A280/A2600.5%,并重復(fù)步驟 DNA團(tuán)塊形成。1.8;不純,含有蛋白質(zhì)等雜質(zhì)。在這種情況下,2~8。DNA,可加大抽提前緩沖液29

的小于

實(shí)驗(yàn)七

DNA的定量

一、實(shí)驗(yàn)原理

核酸分子(DNA或RNA)由于含有嘌吟環(huán)和嘧啶環(huán)的共軛雙鍵,在260 nm的紫外吸收峰,其吸收強(qiáng)度與核酸的濃度成正比,這個(gè)物理特性為測(cè)定核酸溶液濃度提供了基礎(chǔ)。OD260相當(dāng)于dsDNA 50 ug/ml,ssDNA 33 ug/ml和ssRNA 40 ug/ml。可以此來計(jì)算核酸樣品的濃度。

紫外分光光度法不但能確定核酸的濃度,還可通過測(cè)定260nm和280nm的紫外線吸收值的比值(A260/A280)估計(jì)核酸的純度,純的DNA制品的比值為1.8,RNA的比值為DNA高于1.8,則可能有RNA污染,低于1.8則有蛋白質(zhì)污染。

對(duì)于很稀的核酸溶液,可用熒光光度法進(jìn)行測(cè)定。DNA 本身并不產(chǎn)生熒光,但在熒光染料溴化乙錠(EB)插入DNA 的堿基對(duì)平面之間并與之結(jié)合后,DNA樣品能在紫外光的激發(fā)下產(chǎn)生桔紅色熒光。熒光強(qiáng)度與被結(jié)合的EB的量成正比,而被結(jié)合的EB的量又與核酸分子長度和含量成正比,使用一系列已知的不同濃度DNA溶液作標(biāo)準(zhǔn)對(duì)照,可比較出被測(cè)DNA溶液的濃度。靈敏度可達(dá)1~5ng。由于是基于目測(cè),所以是估計(jì)水平。簡便,但準(zhǔn)確性較低。

二、儀器及試劑

1.儀器:Amersham

GeneQantTM Pro 紫外可見分光光度儀,瓊脂糖凝膠電泳設(shè)備。

2.試劑及配制:

5×上樣緩沖液:

配制10 ml

2.0, 波長處有特異若 該方法經(jīng)濟(jì)

0.5 mol/L EDTA(pH8.0)

ml

10% SDS

ul

50% 甘油

2.5 ml

0.2% 溴酚藍(lán)

mg

0.2% 二甲苯青FF

mg

加去離子水至10 ml

其它試劑:0.1×TE、DNA標(biāo)準(zhǔn)液,EB儲(chǔ)存液(10 mg/ml),三、實(shí)驗(yàn)步驟

1.紫外分光光度法

(1)用0.1×TE對(duì)待測(cè)DNA樣品按1:20或合適的倍數(shù)稀釋。

(2)開機(jī),儀器會(huì)自動(dòng)對(duì)光路及分析軟件進(jìn)行檢測(cè),待顯示屏上出現(xiàn)“instrument Ready”時(shí),進(jìn)入核酸測(cè)定窗口

(3)調(diào)零。先用0.1×TE緩沖液注入樣品杯,放入樣品槽,關(guān)閉蓋板。點(diǎn)擊“set ref”鍵,儀器自動(dòng)校正零點(diǎn)。將樣品槽內(nèi)的樣品杯取出,換上待測(cè)樣品。

(4)吸70 ul已稀釋的DNA樣品轉(zhuǎn)入石英樣品杯,放入樣品槽,關(guān)閉蓋板。如果樣品很少,可以用5~7ul的石英樣品杯。點(diǎn)擊“enter” 鍵,儀器即進(jìn)入分析狀態(tài)。窗口同時(shí)顯示260和280nm處的光密度(OD值)及260/280nm和280/260nm的比率以及DNA樣品的濃度等。

(5)打開蓋板,取出石英樣品杯,吸出樣液,用高純水清潔石英樣品杯,風(fēng)干后,再加入下一個(gè)待測(cè)樣品。

(6)DNA純度:以O(shè)D260/ OD280比值來反映。當(dāng)OD60 /OD80比值 <1.8時(shí),說明樣品存在蛋白質(zhì)或酚等雜質(zhì),可采用平衡酚/氯仿―異戊醇再抽提除去蛋白質(zhì)或用乙醚抽提去除殘留酚,再用無水乙醇沉淀,TE懸浮后再測(cè)定。當(dāng)OD60/OD280比值>2.0,說明樣品存在RNA污染,可以用RNA酶處理樣品去處RNA。

2.EB熒光分析法

(1)瓊脂糖凝膠的制備。

(2)樣品的準(zhǔn)備。把待測(cè)DNA樣品進(jìn)行1:2連續(xù)稀釋,并準(zhǔn)備一份DNA標(biāo)準(zhǔn)液作對(duì)照。

(3)上樣。稀釋樣品與上樣緩沖液按1:5混合均勻后上樣。

(4)電泳。用100V穩(wěn)壓電泳至溴酚藍(lán)指示劑遷移到凝膠的3/4處停止電泳。

(5)取出凝膠,入EB熒光染液中作用20min,取出后清水漂洗干凈,然后紫外檢測(cè)。肉眼可見到的最高稀釋度約含DNA 80ng。此法也可用于了解核酸樣品中的嚴(yán)重污染干擾核酸紫外線吸收物質(zhì)的情況。

四、常見問題

1. 紫外分光光度法不能區(qū)分三種構(gòu)型,也不能區(qū)分染色體染色體DNA、以及偏高。

2.OD320值是背景,若溶液鹽濃度越高,3.的光面以避免干擾測(cè)定。

DNADNA和DNA解鏈的增色效應(yīng)等因素的影響,因此測(cè)得的數(shù)據(jù)往往比實(shí)際濃度 RNA等。由于測(cè)定吸收光度OD320也越高。要小心不要摔破,32

DNA分子的超螺旋、開環(huán)、線狀A(yù)260時(shí),難以排除 持杯時(shí)也不要接觸透明RNA、分子的構(gòu)型,如質(zhì)粒測(cè)樣品時(shí)使用的石英樣品杯比較貴,實(shí)驗(yàn)八

PCR基因擴(kuò)增

一、實(shí)驗(yàn)原理

聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Polymerase Chain Reaction,PCR)是一種體外核酸擴(kuò)增系統(tǒng),其原理類似DNA分子的天然復(fù)制過程,是將在待擴(kuò)增的DNA片段和與其兩側(cè)互補(bǔ)的兩個(gè)寡聚核苷酸引物,經(jīng)變性、退火和延伸若干個(gè)循環(huán)后,生物學(xué)中一種有助于DNA克隆及基因分析的必需工具。

PCR的工作程序?qū)嶋H上是一個(gè)在模板種脫氧核苷酸等存在的情況下,DNA聚合酶依賴的酶促合成反應(yīng)。擴(kuò)增的特異性取決于引物與模板DNA的結(jié)合。整個(gè)擴(kuò)增過程分三步:①變性,加熱使模板裂而形成兩條單鏈;②退火,突然降低溫度后模板存在兩條模板鏈之間的結(jié)合,但由于引物的高濃度、物與模板之間;③延伸,在DNA聚合酶及鎂離子等的存在條件下,從引物的結(jié)合單核苷酸,形成與模板鏈互補(bǔ)的新的循環(huán),樣本中的DNA量就增加一倍,新形成的40個(gè)循環(huán)后,DNA 可擴(kuò)增106~109倍。

二、儀器及試劑

1.儀器:PCR儀、臺(tái)式離心機(jī)、移液器及吸頭、2.試劑:

10X PCR 緩沖液配制(部分隨Taq

250~500 mmol/L

100~500 mmol/L

15~20 mmol/L

0.5%

1mg/L

其它試劑:模板DNA、dNTP 混合液、凝膠、等

DNA擴(kuò)增 DNA、一對(duì)已知序列的寡核苷酸引物和四DNA引物按堿基配對(duì)原則互補(bǔ)結(jié)合,也結(jié)構(gòu)簡單等特點(diǎn),DNA鏈。完成以上三步為一個(gè)循環(huán),每經(jīng)過一個(gè)DNA鏈又成為下一輪循環(huán)的模板。現(xiàn)用圖示說明PCRPCR薄壁管、電泳儀等: KCl Tris-Cl(pH8.4)

MgCl2

Tween-20

BSA Taq聚合酶、上游和下游寡核苷酸引物、瓊脂糖33

2n 倍。該技術(shù)已成為分子DNA主要的結(jié)合發(fā)生在引: 3 ′端開始,經(jīng)過25~ 雙鏈間的氫鍵斷 原理酶提供)

三、操作步驟

1.PCR 體系(40ul):

4ul

10XPCR 緩沖液

4ul

25mM MgCl2(根據(jù)不同公司PCR 緩沖液的不同而定)

Xul

模板DNA ≥50ng

1ul

上游引物(50-100ng)

1ul

下游引物(50-100ng)

1ul

dNTP Mixture(終濃度

0.4 ul

Taq聚合酶

加ddH2O至40ul

視PCR儀有無熱蓋,不加或添加石蠟油。

2.將上述試劑依次加入PCR薄壁管。加樣后用手輕彈混勻,使反應(yīng)成分集于管底。

3.PCR反應(yīng)熱循環(huán)程序設(shè)置:

(1)95℃

300s

變性

(2)94℃

45s

變性

(3)55℃

45s

退火(根據(jù)不同引物可能有不同退火溫度)

(4)72℃

45s

延伸(每分鐘可延伸

重復(fù)步驟2-4共 30 循環(huán)

(5)72℃

600s

延伸

反應(yīng)結(jié)束后短暫離心,吸取少量(10ul)進(jìn)行分析,其余置

4℃保存?zhèn)溆谩?/p>

4.瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)PCR產(chǎn)物。

20-200uM)1kp)6000 rpm 15 sec

離心

四、注意事項(xiàng):

1.PCR 體系所加成分的實(shí)際用量應(yīng)根據(jù)實(shí)驗(yàn)者選用的該成分的終濃度及所擁有的貯備液濃度進(jìn)行核算。

2.加樣時(shí)要認(rèn)真,吸頭垂直進(jìn)入試劑管,每加完一樣要換一個(gè)吸頭,同時(shí)在已加的樣品前做個(gè)記號(hào)以防止錯(cuò)加或漏加,避免污染。

3.Taq聚合酶(置于冰盒上)應(yīng)最后加入,盡量減少室溫接觸機(jī)會(huì)。加酶時(shí)吸頭深入不可過深,酶量不能過多。

五、影響PCR的主要因素

1.模板DNA

單鏈、雙鏈DNA白水解酶等的污染。模板用量依具體實(shí)驗(yàn)而定,PCR反應(yīng)時(shí)模板變性要充分。

2.PCR引物

PCR引物設(shè)計(jì)是否成功是能否獲得高質(zhì)量應(yīng)用時(shí),需注意以下重要環(huán)節(jié):

(1)PCR引物的長度約為以使它們?cè)谙嘟臏囟认屡c其互補(bǔ)序列結(jié)合。隨機(jī)的,應(yīng)避免連續(xù)出現(xiàn)4個(gè)以上的單一堿基,否則會(huì)使引物在G+C富集序列區(qū)錯(cuò)誤引發(fā)。引物免選用T ,尤其應(yīng)避免連續(xù)出現(xiàn)

(2)一般來說,PCR引物長度選擇24bp左右為宜。

(3)要避免引物分子自身序列互補(bǔ),否則會(huì)形成發(fā)夾樣二級(jí)結(jié)構(gòu)。兩個(gè)互之間的3,末端序列不能有明顯的互補(bǔ)性,以免形成引物二聚體。

(4)引物的熔點(diǎn)溫度(引物的GC/AT應(yīng)與要擴(kuò)增的模板

(5)引物的3,末端必須與模板嚴(yán)格互補(bǔ),而

(6)目前在引物選擇中已廣泛應(yīng)用計(jì)算機(jī)軟件,從基因序列,并對(duì)設(shè)計(jì)的引物在引物二聚體形成、自身互補(bǔ)性及特異性等方面進(jìn)行分析評(píng)價(jià)。PCR

18~30個(gè)核苷酸,并且成對(duì)引物間的2個(gè)以上T500bp時(shí),引物長度選擇 Tm值)要適當(dāng)。DNA相當(dāng)或略高些。一般熔點(diǎn)溫度以大于DNA樣品盡量純凈,不能有核酸酶、蛋一般為100ul反應(yīng)液有105-106個(gè)目標(biāo)分子。PCR產(chǎn)物最關(guān)鍵的因素之一。在設(shè)計(jì)和G+C含量應(yīng)相似。G+C含量應(yīng)為45%~55%之間。堿基分布是尤其是不應(yīng)在其3,端出現(xiàn)3個(gè)連續(xù)G或C,3,端堿基最好選用A、G、C,盡可能地避16-18bp;PCR產(chǎn)物≥5kb時(shí),PCR引物相 Tm值與引物的堿基組成和長度有關(guān);PCR55℃為宜。5,末端的要求可靈活些。EMBL或Genebank中查找有關(guān)

均可作為的模板。產(chǎn)物≤

(7)用于亞克隆的引物,常在引物的5,端加上限制性內(nèi)切酶位點(diǎn)。為了保證內(nèi)切酶有效酶切擴(kuò)增產(chǎn)物,一般在酶切位點(diǎn)的5,端再加上幾個(gè)額外的堿基。

(8)引物的濃度,在終濃度為0.2~1.0 umol/L的范圍內(nèi)產(chǎn)量基本相同,低于0.2 umol/L時(shí)會(huì)影響產(chǎn)量。但過高時(shí)一乃不經(jīng)濟(jì),二則會(huì)出現(xiàn)非特異擴(kuò)增及增加引物二聚體的產(chǎn)生。

3.熱穩(wěn)定DNA聚合酶(如Taq DNA聚合酶)

一般用量為2.5 U/100uL 反應(yīng)體積。酶量過多易導(dǎo)致非特異性產(chǎn)物的產(chǎn)生。適溫度為75℃,在低溫下仍保留相當(dāng)高的活性,易引起不完全配對(duì)的引物伸及引物二聚體的擴(kuò)增延伸,所以應(yīng)注意防止非特異性產(chǎn)物的出現(xiàn)。

4.dNTPs

PCR常用的dNTP濃度在50-200umol/L。四種

低則反應(yīng)速度下降,過高則特異性下降,可根據(jù)具體實(shí)驗(yàn)來確定最適的

5.PCR緩沖液

因PCR反應(yīng)中的dNTP能與Mg2+結(jié)合,影響反應(yīng)液中游離應(yīng)按不同條件,確定合適的Mg2+濃度。一般在標(biāo)準(zhǔn)的Mg2+濃度約為1.5mmol/L。Mg2+離子濃度可顯著影響出現(xiàn)非特異擴(kuò)增,過低則酶活性顯著下降。應(yīng)用無核酸酶的及5mmol的二硫蘇糖醇(DTT)對(duì)酶有一定的保護(hù)作用。

6.PCR循環(huán)的溫度

預(yù)變性:起始變性的時(shí)間應(yīng)該長些,以使變性充分。一般為不完全時(shí),DNA雙鏈會(huì)很快復(fù)性,影響PCR反應(yīng),但若變性溫度太高(不宜超過會(huì)影響Taq酶的活性。

變性:一般為94℃ 30s或95℃ 20s。

引物退火:應(yīng)根據(jù)具體反應(yīng)中引物與模板的堿基配對(duì)情況及實(shí)驗(yàn)的目的確定。一般為50-72℃。退火溫度增高會(huì)增強(qiáng)對(duì)不正確退火引物的識(shí)別,還能降低引物酸的錯(cuò)誤延伸。

延伸:一般為72℃ 60-90s。最后一個(gè)循環(huán)后應(yīng)在物合成的完整性。

7.平臺(tái)效應(yīng)和PCR循環(huán)的次數(shù)

dNTPsPCR反應(yīng)中(PCR的產(chǎn)量及產(chǎn)物特異性。BSA 72℃保留該類酶的最-模板的非特異延

dNTP濃度。Mg2+的濃度,所以dNTP濃度200umol/L),濃度高則Tween-20(0.05%~0.1%)94℃ 3-5min。變性95℃),3,端不正確核苷5min,以保證PCR產(chǎn)應(yīng)等當(dāng)量。濃度、在PCR基因擴(kuò)增的后期,由于產(chǎn)物的堆積,將使原來產(chǎn)物以指數(shù)增加的速度變?yōu)槠教骨€,即所謂平臺(tái)效應(yīng)。它的出現(xiàn)是由于PCR原料的不斷消耗、酶的穩(wěn)定性的降低、終產(chǎn)物的阻滯效應(yīng)及非特異性產(chǎn)物等多種因素造成的,所以選擇合理的循環(huán)次數(shù),既能得到足夠量的PCR產(chǎn)物,又不要無意義地增加循環(huán)次數(shù)。

8.操作環(huán)境

避免環(huán)境污染和交叉污染,如核酸酶的污染、非目標(biāo)DNA的污染等。

實(shí)驗(yàn)九 瓊脂糖凝電泳分離與純化目的一、實(shí)驗(yàn)原理

不同大小的片段分離位于不同的位置,的片段。有許多型號(hào)的低熔點(diǎn)瓊脂糖可在雙鏈DNA的解鏈溫度高于收DNA片段。該法的優(yōu)點(diǎn)是可直接在熔化的凝膠中進(jìn)行各種酶反應(yīng),如合成同位素探針、進(jìn)行限制酶切割和連接反應(yīng)等。

二、儀器及試劑:

1.儀器

電泳儀、凝膠成像系統(tǒng)、移液器、離心管、吸頭等。

2.試劑:

低熔點(diǎn)瓊脂糖、待純化的

三、操作步驟:

1.配制1%的瓊脂糖凝膠,在適當(dāng)?shù)奈恢们幸粭l與加樣槽平行的槽,換低熔點(diǎn)瓊脂糖凝膠。

2.加樣,100V

DNA DNA酶切片段是基因工程中常用的手段。在電泳過程中切下目的片段并采用低熔點(diǎn)瓊脂糖回收法即可獲得目65℃時(shí)熔化成液體,在65℃,所以可以熔化凝膠而 DNA、凝膠回收試劑盒、去離子水或38

30℃時(shí)凝固成凝膠。由于DNA并不變性,在凝膠成液態(tài)時(shí)回TE(pH7.6)

分離和純化。

電泳,觀察所需片段是否移至低熔點(diǎn)膠內(nèi)。3.在紫外燈下切含有DNA的低熔點(diǎn)膠,置1.5 ml離心管中,于70℃熱水中熔化。

4.按凝膠回收試劑盒說明書操作。

12.取適量純化好的目的DNA在 GeneQuant 中檢測(cè),確定純度和濃度,其余樣品于-20℃保存。

四、注意事項(xiàng):

1.配凝膠的三角瓶、電泳槽和配膠板要先沖洗干凈

實(shí)驗(yàn)十

DNA重組

一、實(shí)驗(yàn)原理

外源DNA與載體分子的連接就是DNA重組,這種重新組合的DNA在體外的連接重組是基因工程操作的核心技術(shù)之一,其本質(zhì)是一個(gè)酶促反應(yīng)過程。即在一定的條件下,DNA連接酶催化兩個(gè)雙鏈DNA用,形成磷酸二酯鍵的過程。常用的DNA連接酶有兩種:菌DNA連接酶。其中T4噬菌體DNA連接酶對(duì)底物的要求低,能更有效地連接末端,應(yīng)用更廣泛。

T4噬菌體DNA連接酶催化DNA連接反應(yīng)分連接酶通過ATP的磷酸與連接酶的賴氨酸的氨基形成酶―隨后從賴氨酸殘基轉(zhuǎn)移到DNA一條鏈的51端的磷酸基團(tuán)上,形成磷酸―磷酸鍵。③鏈31端的羥基被活化,取代ATP后與DNA51端的磷酸根形成磷酸二酯鍵,完成DNA之間的連接。T4噬菌體DNA連接酶需要鎂離子和溫度和pH條件下進(jìn)行連接反應(yīng)。

二、儀器及試劑:

1.儀器:

臺(tái)式離心機(jī)、移液器、吸頭、恒溫水浴鍋等。

2.試劑:

T4 DNA連接酶、10×T4 DNA連接酶緩沖液、載體

三、操作步驟

1.外源DNA片段和載體DNA的連接

DNA51端磷酸和31端羥基之間相互作T4噬菌體DNA連接酶和大腸桿3步:①首先,ATP與T4ATP復(fù)合物。②被激活的并釋放出ATP作為輔助因子,DNA、外源DNA。DNA的平DNAAMPDNAAMP,在一定的 叫做重組子。片段的噬菌體

取1只無菌Ep管、用微量進(jìn)樣器按下列順序加入各成分。

10×T4 DNA Ligase Buffer

2.5 ul

酶切后的DNA片段

*1

約0.3 pmol

酶切后的載體DNA *2

約0.03pmol

T4 DNA Ligase

ddH2O

*1 DNA片段的摩爾數(shù)應(yīng)控制在載體

*2 相同末端的載體與DNA自身環(huán)化。

2.蓋好蓋子,用手指輕彈Ep

3.將反應(yīng)管放入16℃過夜反應(yīng)(4.取出約25ng的DNA連接液進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳,片段和酶切DNA片段作電泳。

5.用0.1×TE將連接混合物稀釋至

四、注意事項(xiàng)

1.連接產(chǎn)物經(jīng)鑒定后應(yīng)迅速做轉(zhuǎn)化實(shí)驗(yàn)。

2.根據(jù)具體情況調(diào)節(jié)酶的用量。平端連接或接頭連接都比黏端連接慢得多,而且酶的用量也增大。

3.單價(jià)陽離子或低濃度的聚乙二醇可提高平端連接的效率。

4.防止載體DNA自身環(huán)化,常用堿性磷酸酶處理線性載體,去掉載體的DNA片段的自身環(huán)化。

5.正確調(diào)整載體DNA和外源

五、相關(guān)問題

1.連接反應(yīng)的影響因素

1ul

加至 25ul DNA摩爾數(shù)的3-12~16h)。鑒定連接結(jié)果,50ul,使用10~20ul DNA之間的比例有助于獲得高產(chǎn)量的重組產(chǎn)物。40

10倍。2s 以集中溶液。以未經(jīng)連接的質(zhì)粒 51?CDNA

片段進(jìn)行連接時(shí),應(yīng)首先將載體進(jìn)行去磷酸化處理,以防止其管數(shù)次,并于臺(tái)式離心機(jī)離心轉(zhuǎn)化大腸桿菌感受態(tài)細(xì)胞。磷酸以抑制

除了載體、供體的濃度及其比例等因素外,影響連接反應(yīng)的因素還有很多,如緩沖液組分、連接溫度與時(shí)間、酶濃度、DNA濃度及片段末端的堿基序列等。

(1)連接緩沖液的影響

不同的公司提供的連接緩沖液可能有所不同,但大體上都含有以下組分:20-100mmol/L的Tris-HCl,較多用50mmol/L,pH的范圍在7.4-7.8,較多用7.8,目的是提供合適酸堿度的連接體系;10mmol/L的MgCl2,作用是激活酶反應(yīng);1-20mmol/L的DTT,較多用10mmol/L,作用是維持還原性環(huán)境,穩(wěn)定酶活性,25-50ug/ml的BSA,作用是增加蛋白質(zhì)的濃度,防止因蛋白濃度過稀而造成酶的失活。與限制酶緩沖液不同的是連接酶緩沖液還含有0.5-4mmol/L的ATP,現(xiàn)多用1mmol/L,是酶反應(yīng)所必需的。

(2)pH的影響

一般將緩沖液的pH調(diào)節(jié)到7.4-7.8,較多用7.8。有實(shí)驗(yàn)表明,若把pH為7.5-8.0時(shí)的酶活力定為100%,那么體系偏堿(pH為8.3)時(shí)僅為全部活力的65%;當(dāng)體系偏酸(PH為6.9)時(shí)僅為全部活力的40%。

(3)ATP濃度的影響

連接緩沖液中ATP的濃度在0.5-4mmol/L之間,較多用1mmol/L。研究發(fā)現(xiàn),ATP的最適濃度為0.5-1mmol/L,過濃會(huì)抑制反應(yīng)。例如,5mmol/L的ATP會(huì)完全抑制平末端連接,黏端的連接也有10%被抑制;還有報(bào)道,當(dāng)ATP的濃度為0.1mmol/L時(shí),去磷酸載體的自環(huán)比例最大。由于ATP極易分解,所以當(dāng)連接反應(yīng)失敗時(shí),除了DNA與酶的問題外,還應(yīng)考慮ATP的因素。含有ATP的緩沖液應(yīng)于-20℃保存,溶化取用后立即放回。連接緩沖液體積較大時(shí)最好分小管貯存,防止反復(fù)凍融引起ATP分解。與限制酶緩沖液不同的是,含ATP的連接緩沖液長期放置后往往失效,所以也可自行配制不含ATP的緩沖液(可長期保存),臨用時(shí)加入新配制的ATP母液。

(4)連接溫度與時(shí)間的影響

因?yàn)轲ば阅┒说腄NA雙鏈間有氫鍵的作用,所以溫度過高會(huì)使氫鍵不穩(wěn)定,但連接酶的最適溫度又恰為37℃。為了解決這一矛盾,在經(jīng)過綜合考慮后,傳統(tǒng)上將連接溫度定為16℃,時(shí)間為4-16h。現(xiàn)經(jīng)實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn),對(duì)于一般的黏性末端來說,20℃ 30min就足以取得相當(dāng)好的連接效果,當(dāng)然如果時(shí)間充裕的話,20℃ 60min能使連接反應(yīng)進(jìn)行得更完全一些。對(duì)于平末端是不用考慮氫鍵問題的,可使用較高的溫度,使酶活力得到更好的發(fā)揮。

(5)酶濃度的影響

根據(jù)New England Biolabs公司對(duì)T4 DNA連接酶的定義,1U的酶可在16℃ 30min內(nèi)連接20ul體系中Hind Ⅲ酶切片段(黏性末端為0.12umol/L 5,末端,此時(shí)DNA質(zhì)量濃度約為300ng/ul)的50%。日常使用的DNA濃度比酶單位定義狀態(tài)低10-20倍,連接平末端時(shí)酶用量要比連接黏端大10-100倍,廠商為了滿足這一要求,又往往提供高濃度的酶(幾百個(gè) 41 單位/ul),所以進(jìn)行黏末端連接時(shí)需先行稀釋。除了立即用于反應(yīng)的部分可用酶反應(yīng)緩沖液稀釋外,其余都應(yīng)使用廠商提供的稀釋液。稀釋液的成分與酶保存緩沖液相同或類似,稀釋液中的酶能在長時(shí)間保持活力,也便于隨時(shí)取用。

(6)DNA濃度的影響

盡管有的實(shí)驗(yàn)手冊(cè)上推薦使用0.1-1nmol/L的DNA濃度,但考慮到用質(zhì)粒作為載體克隆時(shí),最后要求得到環(huán)化的有效連接產(chǎn)物,所以DNA濃度不可過高,一般不會(huì)超過20nmol/L。相比較而言,以噬菌體、cosmid質(zhì)粒為載體的克隆過程最后要求線性化的連接產(chǎn)物,所以,DNA的濃度可以高些,至少是接近推薦的濃度。此外,在用大質(zhì)粒載體進(jìn)行大片段克隆時(shí),以及在雙酶切片段的連接反應(yīng)中,DNA濃度還應(yīng)降低,甚至是DNA的總濃度低至幾個(gè)nmol/L。另據(jù)研究,T4 DNA連接酶對(duì)DNA末端的表觀Km值為1.5nmol/L,所以,連接時(shí)DNA濃度不應(yīng)低于1nmol/L。即應(yīng)具有2nmol/L的末端濃度。

2.三種連接酶單位定義

(1)Weiss單位

連接酶單位最早是1968年由Weiss提出的Weiss單位,現(xiàn)也稱PPi單位。他的單位定義為:37℃ 20min內(nèi)將1nmol的32P從焦磷酸根上置換到ATP分子上所需的酶量。現(xiàn)在大多數(shù)廠商仍使用這種單位。

(2)d(A-T)環(huán)化單位

由于Weiss單位定義中測(cè)試的是T4 DNA連接酶中除連接功能外的另一種磷交換功能,并且測(cè)試溫度高達(dá)30℃,與實(shí)際連接反應(yīng)相比無論在哪一方面都有一定的差距,于是,1970年Modrich與Lehman提出了真正度量連接功能的d(A-T)環(huán)化單位,又稱外切酶抗性檢測(cè)。d(A-T)環(huán)化單位的定義為:30℃ 30min 內(nèi)將100nmol/L的d(A-T)(約2kb長)轉(zhuǎn)化成抗外切酶的形式。

(3)黏性末端單位

與Weiss單位相比,d(A-T)環(huán)化單位更接近實(shí)際,但仍有一定的問題,例如,環(huán)化單位測(cè)試中用的是純AT片段,與實(shí)際連接中4種堿基隨機(jī)排列不符;再說,如果連接酶將片段連接成多聚體而末環(huán)化時(shí),仍可能被外切酶組所切;除此之外,與實(shí)際上大多數(shù)連接反應(yīng)使用的溫度16℃相比,30℃仍顯得偏高。為了衡量實(shí)際連接條件下的酶活力,New England Biolabs公司提出了最實(shí)用的黏性末端單位,它的單位定義為:16℃ 30min內(nèi)將5,末端濃度為0.12umol/Lλ-HindⅢ 酶切片段的50%連接上。

實(shí)驗(yàn)十一 動(dòng)物組織細(xì)胞總RNA的提取

一、實(shí)驗(yàn)原理

RNA是基因表達(dá)的中間產(chǎn)物,存在于細(xì)胞質(zhì)與核中。對(duì)中占有重要地位。獲得高純度和完整的RNA 是很多分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)所必需的,如雜交、cDNA合成及體外翻譯等實(shí)驗(yàn)的成敗,在很大程度上取決于內(nèi)的大部分RNA是以核蛋白復(fù)合體的形式存在,所以在提取質(zhì)變性劑,迅速破壞細(xì)胞結(jié)構(gòu),使核蛋白與RNA分離,釋放出機(jī)溶劑處理、離心,使RNA與其他細(xì)胞組分分離,得到純化的總抑制內(nèi)源和外源的RNase活性,保護(hù)RNA分子不被降解。中進(jìn)行。可使用RNase抑制劑,如DEPC是RNase的強(qiáng)抑制劑,常用來抑制外源性。提取緩沖液中一般含SDS、酚、氯仿、胍鹽等蛋白質(zhì)變性劑,也能抑制并有助于除去非核酸成分。

本實(shí)驗(yàn)介紹異硫氰酸胍法和TRIzol法提取動(dòng)物組織總

二、儀器和試劑

1.儀器:

超凈工作臺(tái)、高速冷凍離心機(jī)、電泳儀、紫外分光光度計(jì)、吸頭、Ep管、玻璃勻漿器、試管、玻璃器皿洗凈后置180℃烘烤8h;不耐高溫的器皿(如塑料制品)應(yīng)用2h,70~80℃烘烤干燥,120℃高壓20min,再70~80

2.試劑:

(1)細(xì)胞裂解液:

異硫氰酸胍

4mol/L

檸檬酸鈉(pH7.0)

25mmol/L

十二烷基肌氨酸鈉

0.5%

RNA進(jìn)行操作在分子生物學(xué)NorthernRNA的質(zhì)量。由于細(xì)胞RNA時(shí)要利用高濃度的蛋白R(shí)NA。再通過酚、氯仿等有RNA。在提取的過程中要RNase的環(huán)境RNase活RNase活性。RNA并通過電泳 進(jìn)行鑒定。振蕩器、移液器、0.1% DEPC浸泡 因此提取必須在無凝膠成像系統(tǒng)、℃烘烤干燥方可使用。

β-巰基乙醇

0.1mol/L

稱取檸檬酸鈉0.64g,十二烷基肌氨酸鈉0.415g,吸取β-巰基乙醇0.7ml,用無Rnase的蒸餾水溶解,定容至50ml。然后取以上配制的溶液(CBS液)33ml,異硫氰酸胍 25g,混合,完全溶解后4℃保存?zhèn)溆谩?/p>

(2)10×凝膠緩沖液:

嗎啉代丙璜酸(MOPS)(pH7.0)

200mmol/L

NaAc

EDTA(pH 8.0)

過濾除菌后避光保存。

(3)5×變性上樣緩沖液:

水飽和的溴酚藍(lán)

500mmol/LEDTA(pH 8.0)

甲醛(37%)

甘油

甲酰胺

10×凝膠緩沖液

加無RNase水至10ml,4℃可保存

(4)TRIzol RNA抽提試劑

(5)2mol醋酸鈉

(6)0.1% DEPC

(7)平衡酚:氯仿:異戊醇((8)平衡酚、氯仿

(9)無水乙醇、70%乙醇、異丙醇

100mmol/L

10mmol/L

16μl

80μl

720μl

2ml

3084μl

4ml 3個(gè)月。25:24:1)

(10)無RNase水

三、操作步驟

(一)異硫氰酸胍法(PLT)

1.取新鮮動(dòng)物組織0.1~0.2g置于組織勻漿器中,加入預(yù)冷的細(xì)胞裂解液1ml,在冰浴中迅速勻漿15~30s,以充分研碎組織。然后將細(xì)胞懸浮液吸入另一試管中。

2.加入2mol醋酸鈉(pH4.0)120μl,充分混勻。

3.加入1.2ml酚:氯仿:異戊醇,充分混勻搖振10s,冰浴15min。

4.將混合物轉(zhuǎn)移至1.5ml Ep管中,4℃,離心10 000r/min,20min.5.移取上層水相至另一Ep管中,加入等體積的異丙醇,靜置?C20℃,30min沉淀RNA.6.4℃,離心12 000r/min,15min.7.棄上清液,加入70%乙醇400μl,洗滌RNA沉淀物;如果RNA沉淀物被懸浮,則4℃離心10 000r/min,10min。

8.棄上清液,自然干燥,但應(yīng)避免沉淀完全干燥,否則RNA難以溶解。

9.加入100μl無RNase水重懸RNA,或加1ml無水乙醇和1/10體積3mol醋酸鈉(pH4.0),?C70℃保存。

(二)TRIzol試劑提取RNA

1.取新鮮動(dòng)物組織0.1~0.2g置于組織勻漿器中,加入預(yù)冷的Trizol液 1ml 于玻璃勻漿器中,在冰浴中迅速勻漿15~30s,以充分研碎組織。然后將細(xì)胞懸浮液吸入另一1.5ml Ep管中,于室溫下靜置5min。

2.加入200μl氯仿,劇烈振搖15s混勻后,室溫靜置3min。

3.4℃,10 000r/min離心15min,RNA分布于水相中。

4.將上層無色水相轉(zhuǎn)移到另一Ep管中,加入500μl 異丙醇,室溫靜置10min。

5.4℃,10 000r/min離心10min。

6.棄上清液,用1ml 75%乙醇洗滌RNA沉淀物,4℃,7500r/min離心5min。

7.棄上清液,室溫干燥15min.45

8.向干燥過的沉淀物中加入200μl DEPC處理水(無核水)溶解沉淀物,于-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>

(三)RNA檢測(cè)

1.在紫外分光光度計(jì)上檢測(cè)RNA濃度及純度。

方法同實(shí)驗(yàn)四,用DEPC處理水校正零點(diǎn);用DEPC處理水稀釋RNA樣品;讀取OD260、OD280值及OD260/OD280的比值。

2.瓊脂糖凝膠甲醛變性電泳檢測(cè)

(1)制備凝膠(1.2%)。稱1.2g瓊脂糖,加72ml DEPC處理水,加熱熔化。冷卻至60℃,在通風(fēng)櫥內(nèi)加入10×凝膠緩沖液10ml,甲醛(37%)18ml,混勻后,倒膠。

(2)制備樣品。在離心管中,將RNA樣品與5×變性上樣緩沖液以4:1溫育5~10min,迅速在冰上冷卻5min,離心數(shù)秒。

(3)上樣前凝膠須預(yù)電泳5min,隨后將樣品卷入上樣孔。以5V/cm的電壓電泳2h.。

(4)待溴酚藍(lán)遷移至凝膠長度的2/3~4/5處結(jié)束電泳。將凝膠置于溴化乙啶溶液μg/ml,用0.1mol/L乙酸胺配制)中染色約30min。

(5)在凝膠成像系統(tǒng)觀察并分析。

四、注意事項(xiàng)

1.RNA是極易降解的核酸分子。因此提取總RNA必須在無RNase 環(huán)境中,戴口罩、手套、使用無RNase污染的試劑、材料、容器。

2.所有溶液應(yīng)加DEPC至0.05%~0.1%,室溫處理過夜,然后高壓處理或加熱至小時(shí)或60℃過夜,以除去石油殘留的DEPC。

3.所用的化學(xué)試劑應(yīng)為新包裝,稱量時(shí)使用干烤處理的稱量勺,所有操作均應(yīng)在冰浴中進(jìn)行,低溫條件可減低RNA酶活性。

4.根據(jù)RNA樣品的紫外吸收OD值,可計(jì)算出RNAd 濃度。

單鏈RNA [ssRNA]=40×(OD260-OD310)×稀釋倍數(shù)

純RNA OD260 / OD280比值通常在1.7~2.0。若比值低于1.7,說明有蛋白質(zhì)等污染,/氯仿在抽提。若比值低于2.0,表明有鹽、胍、糖可用LiCL選擇沉淀RNA以除去雜質(zhì)。

65℃1.5~(0.570℃ 1 應(yīng)用酚 混勻。

5.RNA樣品電泳后,可見28S、18S及5S小分子RNA條帶,則說明完整性好。若有降解可能是操作不當(dāng)或污染了RNase.。28S和18S RNA比值約為2:1,表明RNA無降解。如比值逆轉(zhuǎn),則表明RNA降解。電泳中如果在28S 后方還有條帶,表明有DNA污染,應(yīng)用DNase處理后再進(jìn)行純化。

主要參考書:

1..金冬雁等譯.分子克隆實(shí)驗(yàn)指南.第二版.北京:科學(xué)出版社,1995

2.子穎等譯.精編分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)指南

3.周俊宜編.分子生物學(xué)基本技能和策略

4.姜泊等編.分子生物學(xué)常用實(shí)驗(yàn)方法

5.劉進(jìn)元等編.分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)指導(dǎo)

.科學(xué)出版,.科學(xué)出版社.北京:人民軍醫(yī)出版社,.北京:清華大學(xué)出版社,47

1996.2002.

第三篇:現(xiàn)代分子生物學(xué)總結(jié)

醫(yī)學(xué)細(xì)胞與分子生物學(xué)習(xí)題庫

一、名詞解釋

1.基因組

2.基因文庫

3.衛(wèi)星DNA

4.SD序列

5.分子克隆

6.載體

7.反式作用因子

8.粘性末端

9.限制性內(nèi)切酶

10.cDNA文庫

11.轉(zhuǎn)化率

12.質(zhì)粒拷貝數(shù)

13.體外重組

14.感受態(tài)細(xì)胞

15.探針

16.核酸雜交

17.陽性克隆

18.固相雜交

19.解鏈溫度

20.C值悖理

21.基因家簇

22.反義RNA

23.RNA干擾

24.魔斑

25.順式作用元件

二.填空題

1.真核生物基因組DNA序列可分為()、()和()。

2.真核生物基因組高度重復(fù)序列包括()、()、()和()四種。

5.原核生物轉(zhuǎn)錄水平調(diào)控的方式有()和()兩種方式;前者又可分為()和();后者可分為()和()。

6.真核生物基因表達(dá)調(diào)控包括()、()、()、()和()五個(gè)層次。

7.真核生物基因組DNA水平的調(diào)控包括()、()、()、()和()五種方式。

8.反式作用因子可劃分為()、()和()三類。

12.影響雜交的因素有()、()、()、()和()。

15.逆轉(zhuǎn)錄酶是多功能酶,具有()、()、()三種功能,但無()作用。

16.DN的損傷突變類型有()、()、()、()和()。

17.引起DNA損傷突變的因素是()、()、()、()和()。

18.DNA的損傷修復(fù)方式有()、()、()和()。

20.病毒基因組可由()或()組成;細(xì)菌基因組由一條()組成;真核生物基因組由()和()形成()。

21.原核生物基因表達(dá)調(diào)控的方式有()和();其中()是主要的方式。

22.、操縱子由()、()和()組成;受()產(chǎn)物的調(diào)控。

23.順式作用元件按功能可劃分為()、()、()和()。

24.分子克隆技術(shù)的操作包括()、()、()和()等四個(gè)基本過程。

25.限制性內(nèi)切酶分為()、()、()三種,其中只

有()在基因工程操作中被應(yīng)用。

26.限制性內(nèi)切酶識(shí)別()序列; DNA分子在該酶切割下可產(chǎn)生()、()或()末端。

27.分子克隆中常用的工具酶有()、()、()和()。

28.分子克隆中常用的載體有()、()、()和()。

29.目的基因制備的常用方法有()、()、()。

30.體外重組常用方法有()、()、()和()。

31.重組體導(dǎo)入原核生物細(xì)胞中的常用方法有()和();重組體導(dǎo)入真核生物細(xì)胞中的常用方法有()、()和()。

32.重組體的篩選方法有()、()、()、()。

33.cDNA文庫的構(gòu)建步驟是()、()()、()。

34.常用的核酸探針包括()、()和()。

35.放射性同位素標(biāo)記常用的標(biāo)記方法有()、()、()。

36.分子克隆中常用的非放射性同位素標(biāo)記物有()、()、()等;常用的標(biāo)記方法有()、()。

37.核酸雜交技術(shù)可分為()和()兩種類型;后者又可分為()和()。

39.PCR技術(shù)的基本過程是()、()、()。

40.影響PCR的因素有()、()、()、()、()。

41.PCR反應(yīng)的特點(diǎn)是()、()、()、()。

45.限制性核酸內(nèi)切酶的作用特點(diǎn)是()、()、()、()。

50.DNA切除修復(fù)需要的酶有()、()和()。

三、判斷題

1、生物越高度,基因組越龐大,基因數(shù)目就越多。()

2、真核生物結(jié)構(gòu)基因都是單拷貝,rRNA基因?yàn)槎嗫截悺#ǎ?/p>

3、同基因是一類結(jié)構(gòu)上完全相同,表達(dá)產(chǎn)物功能也相同的一組基因。()

4、真核細(xì)胞基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物為單順反子。()

5、原核細(xì)胞基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物為多順反子。()

6、真核生物基因組中不編碼的區(qū)域多于編碼的區(qū)域。()

7、衛(wèi)星DNA實(shí)際上是出現(xiàn)在非編碼區(qū)的串聯(lián)重復(fù)序列。

8、串聯(lián)重復(fù)序列是形成衛(wèi)星DNA 的基礎(chǔ)。

9、所有真核生物基因組中都有α衛(wèi)星DNA。

10、高度重復(fù)序列在真核生物細(xì)胞基因組中重復(fù)出現(xiàn)可達(dá)106次以上。

11、中度重復(fù)序列的長度和拷貝數(shù)很不均一。

12、短分散片段重復(fù)順序的平均長度約為3500-5000bp。

13、長分散片段重復(fù)順序的平均長度約為300bp。

14、中度重復(fù)序列大多不編碼蛋白質(zhì)。

15、高度重復(fù)序列中有一些可編碼蛋白質(zhì)。

16、中度重復(fù)順序一般具有種特異性。

17、每種組蛋白的基因在同一種生物中拷貝數(shù)是相同的。

18、不同生物中組蛋白基因在基因組中的排列不一樣。

19、端粒是所有生物染色體末端的一種特殊結(jié)構(gòu)。

20、以RNA為模版合成出的DNA鏈叫負(fù)股鏈。

21、顛換是指原為嘧啶突變后變?yōu)猷堰省?/p>

22、置換是指原為嘧啶突變后變?yōu)猷堰省?/p>

23、重組修復(fù)也叫復(fù)制后的修復(fù)。

24、原核細(xì)胞和真核細(xì)胞中許多mRNA都是多順反子轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物。

25、限制性內(nèi)切酶切割的DNA片段都具有粘性末端。

26、原核生物中mRNA一般不需要轉(zhuǎn)錄后加工。

27、增強(qiáng)子并沒有啟動(dòng)子活性,卻具有增強(qiáng)啟動(dòng)子活性,促進(jìn)轉(zhuǎn)錄起始的效能。

28、在雙向復(fù)制中一條鏈按5′→3′的方向合成,另一條鏈按3′→5′的方向合成。

29、原核細(xì)胞和真核細(xì)胞復(fù)制在多個(gè)位點(diǎn)同時(shí)起始進(jìn)行。

30、真核細(xì)胞的基因是不連續(xù)的,轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA都必須經(jīng)過加工。(31、生物DNA分子的大小等于基因的總和。()

32、所有多肽鏈經(jīng)核糖體翻譯出來即有正常生理功能。

33、核糖體是蛋白質(zhì)和rRNA構(gòu)成的功能復(fù)合體。

34、機(jī)體的各種細(xì)胞中含有相同的遺傳信息,所以有相同的表達(dá),35、在負(fù)控誘導(dǎo)系統(tǒng)中,阻遏蛋白不與效應(yīng)物結(jié)合時(shí),結(jié)構(gòu)基因不轉(zhuǎn)錄。

36、在負(fù)控阻遏系統(tǒng)中,阻遏蛋白不與效應(yīng)物結(jié)合時(shí),結(jié)構(gòu)基因不轉(zhuǎn)錄。

37、CAP結(jié)合在啟動(dòng)子上時(shí),能促進(jìn)RNA聚合酶與啟動(dòng)子結(jié)合,促進(jìn)轉(zhuǎn)錄。)

38、CAP首先與cAMP形成復(fù)合物才能與啟動(dòng)子結(jié)合。

39、RBS是指mRNA起始密碼AUG前的一段非翻譯區(qū)。

40、反義RNA由反義基因轉(zhuǎn)錄而來。

41、轉(zhuǎn)錄后基因沉默被稱為RNAi。

42、細(xì)胞中蛋白質(zhì)合成旺盛時(shí),mRNA鏈上核糖體數(shù)量就多,poly(A)也較長。

43、限制性核酸內(nèi)切酶是原核生物所特有的酶。

44、只有Ⅱ型限制性核酸內(nèi)切酶在分子生物學(xué)中被應(yīng)用。

45、COS區(qū)是指λ噬菌體粘性末端構(gòu)成的區(qū)域。

53、基因擴(kuò)增是指某些基因的拷貝數(shù)大量增加的現(xiàn)象。

54、基因重排是DNA水平調(diào)控的重要方式之一

55、所有核酸的合成都是以堿基配對(duì)為基礎(chǔ)的。

56、甲基化程度與基因的表達(dá)一般呈反比關(guān)系。

57、基因的甲基化程度愈高,其表達(dá)則降低。

58、去除組蛋白基因轉(zhuǎn)錄活性降低。

59、常染色質(zhì):結(jié)構(gòu)松散,基因不表達(dá)。

60、異染色質(zhì):結(jié)構(gòu)緊密,基因表達(dá)。

61、有基因表達(dá)活性的染色質(zhì)DNA對(duì)DNaseⅠ更敏感。

62、真核生物基因調(diào)控主要也是在轉(zhuǎn)錄水平上進(jìn)行的。

四、選擇題:

1.原核生物基因組中的復(fù)制起始點(diǎn)有()

A.1個(gè)B.2個(gè)C.多個(gè)D.1000個(gè)以上

2.真核生物基因組中的復(fù)制起始點(diǎn)有()

A.1個(gè)B.2個(gè)C.多個(gè)D.1000個(gè)以上

3.真核生物基因之間的間隔區(qū)與基因組大小()

A.有關(guān)B.無關(guān)C.成正比E.成反比

4.衛(wèi)星DNA的長度一般為()

A.5-10bpB.300bpC.100bpD.500-1000bp

5.在大腸桿菌細(xì)胞中DNA復(fù)制的保真性主要是下列哪個(gè)酶的作用(A.DNA聚合酶ⅠB.DNA聚合酶Ⅱ

C.DNA聚合酶ⅢD.DNA連接酶

6.既有內(nèi)切酶活力,又有連接酶活力的是

A.拓?fù)洚悩?gòu)酶B.DNA聚合酶Ⅱ

C.解螺旋酶D.DNA連接酶)

7.轉(zhuǎn)錄過程中遺傳信息的轉(zhuǎn)遞方向是()

A.DNA→RNAB.RNA→DNAC.DNA→DNAD.RNA→RNA

8.hnRNA是()

A.存在于細(xì)胞核內(nèi)的tRNA前體B.存在于細(xì)胞核內(nèi)的mRNA前體

C.存在于細(xì)胞核內(nèi)的rRNA前體D.存在于細(xì)胞核內(nèi)的snRNA前體

9.以RNA為模板合成DNA的酶是()

A.DNA聚合酶ⅢB.DNA聚合酶ⅠC.RNA聚合酶D.反轉(zhuǎn)錄酶

10.蛋白質(zhì)的生物合成中肽鏈延伸方向是()

A.5→3B.從N端到C端C.3→5D.從C端到N端,,11.蛋白質(zhì)翻譯后的加工主要包括()。

A.氨基酸側(cè)鏈修飾B.水解修飾

C.二硫鍵的形成D. 上述各種修飾都包括

12.操縱子調(diào)控系統(tǒng)屬于哪一種水平的調(diào)控()

A.復(fù)制水平的調(diào)節(jié)B。轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)節(jié)

C.翻譯水平的調(diào)節(jié)D。轉(zhuǎn)錄后加工的調(diào)控

13.與乳糖操縱子操縱基因結(jié)合的物質(zhì)是()

A.RNA聚合酶B.DNA聚合酶C.阻遏蛋白D.誘導(dǎo)物

14、參與線粒體DNA復(fù)制的酶是()

A.polαB.polδC.polβD.polγ

15、參與領(lǐng)頭鏈DNA復(fù)制的酶是()

A.polαB.polδC.polβD.polγ

16、端粒酶是一種()

A.逆轉(zhuǎn)錄酶B.RNA聚合酶C.DNA聚合酶D.DNA酶

17.含稀有堿基最多的RNA是()

A.mRNAB、rRNAC.5S-rRNAD.tRNA

18.大腸桿菌DNA連接酶需要下列哪一種輔助因子?()

A.FAD作為電子受體B.NADP+作為磷酸供體

C.NAD+形成活性腺苷酰酶D.NAD+作為電子受體

19.真核生物RNA聚合酶I催化轉(zhuǎn)錄的產(chǎn)物是()

A.mRNAB.45S-rRNAC.5S-rRNAD.tRNA

20.魔斑是指()

A.ppGppB.cAMPC.cGMPD.7mGppp

21.CAP復(fù)合體與操縱子結(jié)合的部位是()

A.啟動(dòng)子B.操縱基因C.結(jié)構(gòu)基因D.調(diào)節(jié)基因

22.基因的甲基化修飾一般發(fā)生在()

A.CpGB.ApGC.GpTD.TpG

23.有基因表達(dá)活性的染色質(zhì)DNA對(duì)下列那個(gè)酶敏感性增加?()

A.DNaseⅠB.DNA polⅠC.DNA polⅡD.Rnase H

24.真核生物的RNA聚合酶識(shí)別的是()

A.啟動(dòng)子B.增強(qiáng)子C.TF-DNA復(fù)合體D.RF

25.在分子生物學(xué)中被應(yīng)用的限制性核酸內(nèi)切酶是()

A.Ⅰ型B.Ⅱ型C.Ⅲ型D.以上都沒用

26.限制性核酸內(nèi)切酶錯(cuò)位切割產(chǎn)生()

A.粘性末端B.平頭末端C.3’-磷酸D.5’-羥基

27.大腸桿菌DNA連接酶只能連接()

A.粘性末端B.平頭末端C.3’-磷酸D.5’-羥基

28.pBR322是()

A.復(fù)制型載體B.表達(dá)型載體C.穿梭載體D.噬菌體載體

29、pUC載體是()

A.復(fù)制型載體B.表達(dá)型載體C.穿梭載體D.噬菌體載體

30.M13噬菌體是()

A.單鏈DNA噬菌體B.雙鏈DNA噬菌體

C.RNA噬菌體D.都不是

31、B.表達(dá)型載體C.穿梭載體D.噬菌體載體

五.問答題

1.分子克隆中常用的工具酶有哪些?各有何用途?

2.何謂載體?分子克隆中常用的載體有哪些?理想的載體應(yīng)具備哪些條件?

3.何謂PCR?試述PCR基本技術(shù)原理和影響因素。

4.常用的核酸探針有哪些類型?各有何優(yōu)缺點(diǎn)?

5.將目的DNA與載體DNA連接起來的方法有哪些?并用文或圖表示各種連接過程。

6.簡述原核生物與真核生物基因組結(jié)構(gòu)特點(diǎn)。

9.體外重組常用的連接方法有哪些?各有何優(yōu)缺點(diǎn)?

13.何謂核酸雜交?常用的雜交方法有哪些?

28.何謂宿主細(xì)胞?分子克隆中常用的宿主細(xì)胞有哪些?宿主細(xì)胞應(yīng)具備哪些條件?

31.簡述重組體導(dǎo)入哺乳動(dòng)物細(xì)胞的方法

35、DNA損傷修復(fù)有哪些類型?試述各類型的修復(fù)方式。

第四篇:現(xiàn)代分子生物學(xué)總結(jié)

第一章、基因的結(jié)構(gòu)和功能實(shí)體及基因組

1、基因定義

基因(遺傳因子)是遺傳的物質(zhì)基礎(chǔ),是DNA(脫氧核糖核酸)分子上具有遺傳信息的特定核苷酸序列的總稱,攜帶有遺傳信息的DNA序列,是具有遺傳效應(yīng)的DNA分子片段,是控制性狀的基本遺傳單位,通過指導(dǎo)蛋白質(zhì)的合成來表達(dá)自己所攜帶的遺傳信息,從而控制生物個(gè)體的性狀表現(xiàn)。

2、DNA修復(fù)

DNA修復(fù)(DNA repairing)是細(xì)胞對(duì)DNA受損傷后的一種反應(yīng),這種反應(yīng)可能使DNA結(jié)構(gòu)恢復(fù)原樣,重新能執(zhí)行它原來的功能;但有時(shí)并非能完全消除DNA的損傷,只是使細(xì)胞能夠耐受這DNA的損傷而能繼續(xù)生存。也許這未能完全修復(fù)而存留下來的損傷會(huì)在適合的條件下顯示出來(如細(xì)胞的癌變等),但如果細(xì)胞不具備這修復(fù)功能,就無法對(duì)付經(jīng)常在發(fā)生的DNA損傷事件,就不能生存。對(duì)不同的DNA損傷,細(xì)胞可以有不同的修復(fù)反應(yīng)。

3、DNA損傷

DNA損傷是復(fù)制過程中發(fā)生的DNA核苷酸序列永久性改變,并導(dǎo)致遺傳特征改變的現(xiàn)象。情況分為:substitutation(替換)deletion(刪除)insertion(插入)exon skipping(外顯子跳躍)。

DNA損傷的改變類型:a、點(diǎn)突變:指DNA上單一堿基的變異。嘌呤替代嘌呤(A與G之間的相互替代)、嘧啶替代嘧啶(C與T之間的替代)稱為轉(zhuǎn)換(transition);嘌呤變嘧啶或嘧啶變嘌呤則稱為顛換(transvertion)。b、缺失:指DNA鏈上一個(gè)或一段核苷酸的消失。c、插入:指一個(gè)或一段核苷酸插入到DNA鏈中。在為蛋白質(zhì)編碼的序列中如缺失及插入的核苷酸數(shù)不是3的整倍數(shù),則發(fā)生讀框移動(dòng)(reading frame shift),使其后所譯讀的氨基酸序列全部混亂,稱為移碼突變(frame-shift mutaion)。d、倒位或轉(zhuǎn)位:(transposition)指DNA鏈重組使其中一段核苷酸鏈方向倒置、或從一處遷移到另一處。e、雙鏈斷裂:對(duì)單倍體細(xì)胞一個(gè)雙鏈斷裂就是致死性事件。

4、同源重組 同源重組,(Homologus Recombination)是指發(fā)生在姐妹染色單體(sister chromatin)之間或同一染色體上含有同源序列的DNA分子之間或分子之內(nèi)的重新組合。同源重組需要一系列的蛋白質(zhì)催化,如原核生物細(xì)胞內(nèi)的RecA、RecBCD、RecF、RecO、RecR等;以及真核生物細(xì)胞內(nèi)的Rad51、Mre11-Rad50等等。同源重組反應(yīng)通常根據(jù)交叉分子或holiday結(jié)構(gòu)(Holiday Juncture Structure)的形成和拆分分為三個(gè)階段,即前聯(lián)會(huì)體階段、聯(lián)會(huì)體形成和Holiday 結(jié)構(gòu)的拆分。a、基因敲除

基因敲除(geneknockout),是指對(duì)一個(gè)結(jié)構(gòu)已知但功能未知的基因,從分子水平上設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn),將該基因去除,或用其它順序相近基因取代,然后從整體觀察實(shí)驗(yàn)動(dòng)物,推測(cè)相應(yīng)基因的功能。這與早期生理學(xué)研究中常用的切除部分-觀察整體-推測(cè)功能的三部曲思想相似。基因敲除除可中止某一基因的表達(dá)外,還包括引入新基因及引入定點(diǎn)突變。既可以是用突變基因或其它基因敲除相應(yīng)的正常基因,也可以用正常基因敲除相應(yīng)的突變基因。b、因轉(zhuǎn)移法

同源重組(homologousrecombination)是將外源基因定位導(dǎo)人受體細(xì)胞染色體上的方法,因?yàn)樵谠撟挥信c導(dǎo)人基因同源的序列,通過單一或雙交換,新基因片段可替換有缺陷的基因片段,達(dá)到修正缺陷基因的目的。位點(diǎn)特異性重組是發(fā)生在兩條DNA鏈特異位點(diǎn)上的重組,重組的發(fā)生需一段同源序列即特異性位點(diǎn)(又稱附著點(diǎn);attachmentsite,att)和位點(diǎn)特異性的蛋白因子即重組酶參與催化。重組酶僅能催化特異性位點(diǎn)間的重組,因而重組具有特異性和高度保守性。

5、堿基錯(cuò)配對(duì)修復(fù)

錯(cuò)配修復(fù)(mismatch repair,MMR):在含有錯(cuò)配堿基的DNA分子中,使正常核苷酸序列恢復(fù)的修復(fù)方式;主要用來糾正DNA雙螺旋上錯(cuò)配的堿基對(duì),還能修復(fù)一些因復(fù)制打滑而產(chǎn)生的小于4nt的核苷酸插入或缺失。MMR的過程需要區(qū)分母鏈和子鏈,做到只切除子鏈上錯(cuò)誤的核苷酸,而不會(huì)切除母鏈上本來就正常的核苷酸。修復(fù)的過程是:識(shí)別出正確的鏈,切除掉不正確的部分,然后通過DNA聚合酶III和DNA連接酶的作用,合成正確配對(duì)的雙鏈DNA。

6、基因組學(xué)

基因組學(xué)(英文genomics),研究生物基因組和如何利用基因的一門學(xué)問。用于概括涉及基因作圖、測(cè)序和整個(gè)基因組功能分析的遺傳學(xué)分支。該學(xué)科提供基因組信息以及相關(guān)數(shù)據(jù)系統(tǒng)利用,試圖解決生物,醫(yī)學(xué),和工業(yè)領(lǐng)域的重大問題。基因組研究應(yīng)該包括兩方面的內(nèi)容:以全基因組測(cè)序?yàn)槟繕?biāo)的結(jié)構(gòu)基因組學(xué)(structural genomics)和以基因功能鑒定為目標(biāo)的功能基因組學(xué)(functional genomics),又被稱為后基因組(postgenome)研究,成為系統(tǒng)生物學(xué)的重要方法。基因組學(xué)的主要工具和方法包括: 生物信息學(xué),遺傳分析,基因表達(dá)測(cè)量和基因功能鑒定。第二章、基因的結(jié)構(gòu)實(shí)體

1、核酸分子

核酸(Nucleic Acids)是一種主要位于細(xì)胞核內(nèi)的生物大分子,其充當(dāng)著生物體遺傳信息的攜帶和傳遞。DNA分子含有生物物種的所有遺傳信息,為雙鏈分子,其中大多數(shù)是鏈狀結(jié)構(gòu)大分子,也有少部分呈環(huán)狀結(jié)構(gòu),分子量一般都很大。RNA主要是負(fù)責(zé)DNA遺傳信息的翻譯和表達(dá),為單鏈分子,分子量要比DNA小得多。核酸存在于所有動(dòng)植物細(xì)胞、微生物和病毒、噬菌體內(nèi),是生命的最基本物質(zhì)之一,對(duì)生物的生長、遺傳、變異等現(xiàn)象起著重要的決定作用。核酸大分子可分為兩類:脫氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA),在蛋白質(zhì)的復(fù)制和合成中起著儲(chǔ)存和傳遞遺傳信息的作用。核酸不僅是基本的遺傳物質(zhì),而且在蛋白質(zhì)的生物合成上也占重要位置,因而在生長、遺傳、變異等一系列重大生命現(xiàn)象中起決定性的作用。

2、DNA的結(jié)構(gòu)

DNA即脫氧核糖核酸(英文Deoxyribonucleic acid的縮寫),又稱去氧核糖核苷酸,是染色體主要組成成分,同時(shí)也是組成基因的材料。DNA分子的雙螺旋結(jié)構(gòu)是相對(duì)穩(wěn)定的。這是因?yàn)樵贒NA分子雙螺旋結(jié)構(gòu)的內(nèi)側(cè),通過氫鍵形成的堿基對(duì),使兩條脫氧核苷酸長鏈穩(wěn)固地并聯(lián)起來。另外,堿基對(duì)之間縱向的相互作用力也進(jìn)一步加固了DNA分子的穩(wěn)定性。各個(gè)堿基對(duì)之間的這種縱向的相互作用力叫做堿基堆集力,它是芳香族堿基π電子間的相互作用引起的。現(xiàn)在普遍認(rèn)為堿基堆集力是穩(wěn)定DNA結(jié)構(gòu)的最重要的因素。再有,雙螺旋外側(cè)負(fù)電荷的磷酸基團(tuán)同帶正電荷的陽離子之間形成的離子鍵,可以減少雙鏈間的靜電斥力,因而對(duì)DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)也有一定的穩(wěn)定作用。DNA分子由于堿基對(duì)的數(shù)量不同,堿基對(duì)的排列順序千變?nèi)f化,因而構(gòu)成了DNA分子的多樣性。例如,一個(gè)具有4 000個(gè)堿基對(duì)的DNA分子所攜帶的遺傳信息是4種,即10種。不同的DNA分子由于堿基對(duì)的排列順序存在著差異,因此,每一個(gè)DNA分子的堿基對(duì)都有其特定的排列順序,這種特定的排列順序包含著特定的遺傳信息,從而使DNA分子具有特異性。

3、DNA的拓?fù)鋵W(xué)

首先以一260 bp雙鏈線形B-DNA為例,此DNA在松弛時(shí),螺旋數(shù)為25(260/10.4),首尾連接成環(huán)形后,為一松弛環(huán)形DNA,并處于最穩(wěn)定狀態(tài)。若將此線形DNA先擰松2個(gè)連環(huán)再連成環(huán)形,則可以形成兩種環(huán)形DNA,一種稱為松弛解鏈環(huán)形DNA;另一種環(huán)形DNA稱為超螺旋DNA,其螺旋周數(shù)為25,有2個(gè)負(fù)超螺旋。由此引入拓?fù)鋵W(xué)參數(shù): 1.連環(huán)數(shù)(Linking number):在雙螺旋DNA中,一條鏈以右手螺旋繞另一條鏈纏繞的次數(shù),以L 表示(或以α表示),其計(jì)數(shù)方法為處于松弛環(huán)形DNA時(shí)的螺旋周數(shù),肯定為整數(shù),右手螺旋為正、左手螺旋為負(fù)。2.纏繞數(shù)(Twisting number):即DNA分子中的Watson-Crick螺旋周數(shù),以T 表示(或以β表示),其數(shù)值可直接在處于最穩(wěn)定狀態(tài)下的雙鏈環(huán)形(或超螺旋形式)DNA中的實(shí)際螺旋周數(shù)計(jì)數(shù)得到,不一定是整數(shù),右手螺旋為正,左手螺旋為負(fù)。但必須注意T僅針對(duì)于形成雙螺旋區(qū)域而言,解鏈部分的bp數(shù)就不涉及T的計(jì)算。對(duì)于一定長度的DNA雙鏈,一旦出現(xiàn)解鏈T值就減少。如260bp B-DNA雙鏈自然狀態(tài)下T=25,解鏈20%時(shí)的T=20。3.超螺旋數(shù) 或 紐數(shù)(Writhing number):其數(shù)值有公式L=T+W 計(jì)算得到,以W表示(或以τ表示),不一定為整數(shù)。左手超螺旋為正,右手超螺旋為負(fù)(此點(diǎn)解釋見后)。4.比連環(huán)差:為雙鏈DNA的超螺旋密度。用σ表示,由公式σ = Lβ /β 表示。

4、染色體和核小體

染色體(Chromosome),是細(xì)胞內(nèi)具有遺傳性質(zhì)的物體,易被堿性染料染成深色,又叫染色質(zhì)。其本質(zhì)是脫氧核甘酸,是細(xì)胞核內(nèi)由核蛋白組成、能用堿性染料染色、有結(jié)構(gòu)的線狀體,是遺傳物質(zhì)基因的載體。在無性繁殖物種中,生物體內(nèi)所有細(xì)胞的染色體數(shù)目都一樣;而在有性繁殖大部分物種中,生物體的體細(xì)胞染色體成對(duì)分布,稱為二倍體。性細(xì)胞如精子、卵子等是單倍體,染色體數(shù)目只是體細(xì)胞的一半。哺乳動(dòng)物雄性個(gè)體細(xì)胞的性染色體對(duì)為XY,雌性則為XX。鳥類和蠶的性染色體與哺乳動(dòng)物不同:雄性個(gè)體的是ZZ,雌性個(gè)體為ZW。

染色體是細(xì)胞核中載有遺傳信息的物質(zhì),在顯微鏡下呈圓柱狀或桿狀,主要由脫氧核糖核酸和蛋白質(zhì)組成,在細(xì)胞發(fā)生有絲分裂時(shí)期容易被堿性染料(例如龍膽紫和醋酸洋紅)著色,因此而得名。在無性繁殖物種中,生物體內(nèi)所有細(xì)胞的染色體數(shù)目都一樣;而在有性繁殖大部分物種中,生物體的體細(xì)胞染色體成對(duì)分布,稱為二倍體。性細(xì)胞如精子、卵子等是單倍體,染色體數(shù)目只是體細(xì)胞的一半。哺乳動(dòng)物雄性個(gè)體細(xì)胞的性染色體對(duì)為XY,雌性則為XX。鳥類和蠶的性染色體與哺乳動(dòng)物不同:雄性個(gè)體的是ZZ,雌性個(gè)體為ZW。

核小體(英語:Nucleosome,也譯作核體或核仁小體等)是組成真核生物染色質(zhì)(除精子染色質(zhì)外)的基本單位。核小體是由DNA與四對(duì)組織蛋白(共8個(gè))的復(fù)合物,其中有H2A和H2B的二聚體兩組以及H3和H4的二聚體兩組。另外還有一種H1負(fù)責(zé)連結(jié)兩個(gè)核小體之間的DNA。核小體假說是在1974年,由Don Olins、Ada Olins與羅杰·科恩伯格等人首次提出的。核小體是染色體的基本結(jié)構(gòu)單位,由DNA和組蛋白(histone)構(gòu)成,是染色質(zhì)(染色體)的基本結(jié)構(gòu)單位。由4種組蛋白H2A、H2B、H3和H4,每一種組蛋白各二個(gè)分子,形成一個(gè)組蛋白八聚體,約200bp的DNA分子盤繞在組蛋白八聚體構(gòu)成的核心結(jié)構(gòu)外面,形成了一個(gè)核小體。

5、染色質(zhì)的構(gòu)象狀態(tài)

(chromosome conformation capture,3C)通過一種定量手段(PCR產(chǎn)物的有和無、產(chǎn)量的高和低)對(duì)DNA之間是否存在相互作用這一定性問題進(jìn)行研究。主要經(jīng)過甲醛交聯(lián)、限制性酶切、稀釋和連接、解交聯(lián)、DNA純化與PCR鑒定。通過一對(duì)分別與選定的2段DNA配對(duì)的引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,通過PCR產(chǎn)物的有無、產(chǎn)量的高低等,就可以對(duì)是否存在相互作用進(jìn)行判斷。

6、常染色質(zhì)和異染色質(zhì)

常染色質(zhì):常染色質(zhì)是指間期核內(nèi)染色質(zhì)纖維折疊壓縮程度低,處于伸展?fàn)顟B(tài),用堿性染料染色時(shí)著色淺的那些染色質(zhì)。在常染色質(zhì)中,DNA包裝比約為1/2000-1/1000,即DNA實(shí)際長度為染色質(zhì)纖維長度的1000-2000倍。構(gòu)成常染色質(zhì)的DNA主要是單一序列DNA和中度重復(fù)序列DNA(如組蛋白基因和tRNA基因)。常染色質(zhì)并非所有基因都具有轉(zhuǎn)錄活性,處于常染色質(zhì)狀態(tài)只是基因轉(zhuǎn)錄的必要條件,而不是充分條件。

異染色質(zhì):在細(xì)胞周期中,間期、早期或中、晚期,某些染色體或染色體的某些部分的固縮常較其他的染色質(zhì)早些或晚些,其染色較深或較淺,具有這種固縮特性的染色體稱為異染色質(zhì)(heterochromatin)。具有強(qiáng)嗜堿性,染色深,染色質(zhì)絲包裝折疊緊密,與常染色質(zhì)相比,異染色質(zhì)是轉(zhuǎn)錄不活躍部分,多在晚S期復(fù)制。異染色質(zhì)分為結(jié)構(gòu)異染色質(zhì)和功能異染色質(zhì)兩種類型。結(jié)構(gòu)異染色質(zhì)是指各類細(xì)胞在整個(gè)細(xì)胞周期內(nèi)處于凝集狀態(tài)的染色質(zhì),多定位于著絲粒區(qū)、端粒區(qū),含有大量高度重復(fù)順序的脫氧核糖核酸(DNA),稱為衛(wèi)星DNA(satel-lite DNA)。第三章、基因的功能實(shí)體

1、基因的功能

基因有控制遺傳性狀和活性調(diào)節(jié)的功能。基因通過復(fù)制把遺傳信息傳遞給下一代,并通過控制酶的合成來控制代謝過程,從而控制生物的個(gè)體性狀表現(xiàn)。基因還可以通過控制結(jié)構(gòu)蛋白的成分,直接控制生物性狀。、生物體細(xì)胞中的DNA分子上有很多基因,但并不是每一基因的特征都表現(xiàn)出來。即使是由同一受精卵發(fā)育分化而來的同一人體不同組織中的細(xì)胞,如肌肉細(xì)胞、肝臟細(xì)胞、骨細(xì)胞、神經(jīng)細(xì)胞、紅細(xì)胞、和胃黏膜細(xì)胞等。它們的細(xì)胞形狀都是各不相同的。為什么會(huì)出現(xiàn)這種現(xiàn)象呢?原來,細(xì)胞核中的基因在細(xì)胞的一生中并非始終處于活性狀態(tài),它們有的處于轉(zhuǎn)錄狀態(tài),即活性狀態(tài),這時(shí)基因打開,有的處于非轉(zhuǎn)錄狀態(tài),即基因關(guān)閉。在生物體的不同發(fā)育期,基因的活性是不同的,而且基因的活性有嚴(yán)格的程序。基因活性的嚴(yán)格程序是生命周期穩(wěn)定的基礎(chǔ)。各種不同的生物因其細(xì)胞內(nèi)的基因具有獨(dú)特的活性調(diào)節(jié)而呈現(xiàn)不同的形態(tài)特征。

2、順反因子

順式作用元件(cis-acting element)能影響基因表達(dá),但不編碼RNA和蛋白質(zhì)的DNA序列

反式作用因子(trans-actingfactor)能識(shí)別和結(jié)合特定的順式作用元件,并影響基因轉(zhuǎn)錄的一類蛋白質(zhì)或RNA

3、順式調(diào)控元件

有順式調(diào)控元件(cis-regulatory element),或順式作用元件是調(diào)節(jié)位于相同的DNA分子(通常是一個(gè)染色體)的基因的表達(dá)的DNA或RNA的區(qū)域。這個(gè)詞是從拉丁詞順,這意味著“在同一側(cè)的”構(gòu)建。可能有順式元件位于控制(或什至更上游的啟動(dòng)子區(qū)域)的基因的編碼序列的上游,在一個(gè)內(nèi)含子,或該基因的編碼序列的下游,無論是在非翻譯或未轉(zhuǎn)錄區(qū)域。

4、非編碼RNA分子的調(diào)控作用 非編碼RNA(Non-coding RNA)是指不編碼蛋白質(zhì)的RNA。其中包括rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA 和microRNA 等多種已知功能的 RNA,還包括未知功能的RNA。這些RNA的共同特點(diǎn)是都能從基因組上轉(zhuǎn)錄而來,但是不翻譯成蛋白,在RNA 水平上就能行使各自的生物學(xué)功能了。非編碼RNA 從長度上來劃分可以分為3類:小于50 nt,包括microRNA,siRNA,piRNA;50 nt到500 nt,包括rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA,SLRNA,SRPRNA 等等;大于500 nt,包括長的mRNA-like 的非編碼RNA,長的不帶polyA 尾巴的非編碼RNA等等。

5、基因在細(xì)胞核內(nèi)的地域分布 第四章、基因組的組織結(jié)構(gòu)

1、基因組

在生物學(xué)中,一個(gè)生物體的基因組是指包含在該生物的DNA(部分病毒是RNA)中的全部遺傳信息,又稱基因體(genome)。基因組包括基因和非編碼DNA。1920年,德國漢堡大學(xué)植物學(xué)教授漢斯.溫克勒(Hans Winkler)首次使用基因組這一名詞。更精確地講,一個(gè)生物體的基因組是指一套染色體中的完整的DNA序列。

2、原核生物基因組的特點(diǎn)

a、基因組較小,通常只有一個(gè)環(huán)形或線形的DNA分子。

b、基因組的大部分序列是用來編碼蛋白質(zhì)的,基因之間的間隔序列很短。

c、功能相關(guān)的序列常串連在一起,由共同的調(diào)控元件調(diào)控,并轉(zhuǎn)錄成同一mRNA分子,可指導(dǎo)多種蛋白質(zhì)的合成,這種結(jié)構(gòu)稱操縱子。

3、真核生物基因組的特點(diǎn) a、基因組較大。真核生物的基因組由多條線形的染色體構(gòu)成,每條染色體有一個(gè)線形的DNA分子,每個(gè)DNA分子有多個(gè)復(fù)制起點(diǎn)。

b、不存在操縱子結(jié)構(gòu)。真核生物的同一個(gè)基因簇的基因,不會(huì)像原核生物的操縱子結(jié)構(gòu)那樣,轉(zhuǎn)錄到同一個(gè)mRNA上。

c、存在大量的重復(fù)序列。真核生物的基因組里存在大量重復(fù)序列,通過其重復(fù)程度可將其分成高度重復(fù)序列、中度重復(fù)序列、低度重復(fù)序列和單一序列。

d、有斷裂基因。大多數(shù)真核生物為蛋白質(zhì)編碼的基因都含有“居間序列”,即不為多肽編碼,其轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物在mRNA前體的加工過程中被切除的成分。

4、基因的拷貝數(shù)

拷貝數(shù)就是指某基因(可以是質(zhì)粒)在某一生物的基因組中的個(gè)數(shù).單拷貝就是該基因在該生物基因組中只有一個(gè),多則指有多個(gè)。

(一)在細(xì)菌細(xì)胞中,某種特定質(zhì)粒的數(shù)目。根據(jù)復(fù)制特性,質(zhì)粒分嚴(yán)緊型和松弛型兩類,前者在細(xì)胞中只含1~2個(gè),而后者含10~15個(gè)以上。恒定的拷貝數(shù)與質(zhì)粒復(fù)制控制系統(tǒng)、宿主細(xì)胞遺傳背景及生長條件有關(guān)。質(zhì)粒復(fù)制控制系統(tǒng)首先通過調(diào)節(jié)復(fù)制的起始點(diǎn)來控制拷貝數(shù),調(diào)節(jié)因素包括阻遏蛋白、反義RNA和某些順向重復(fù)序列。有些質(zhì)粒還有其他控制系統(tǒng),如有分配功能的par系統(tǒng)和確保質(zhì)粒穩(wěn)定遺傳的ccd系統(tǒng)。一旦質(zhì)粒上與調(diào)控有關(guān)的基因或位點(diǎn)突變,可使拷貝數(shù)明顯增加或減少。(二)在細(xì)菌細(xì)胞中,某種特定基因的數(shù)目。

5、線粒體DNA 線粒體中的遺傳物質(zhì),線粒體能為細(xì)胞產(chǎn)生能量,是在細(xì)胞線粒體內(nèi)發(fā)現(xiàn)的脫氧核糖核酸特殊形態(tài)。線粒體DNA(mtDNA)呈雙鏈環(huán)狀,在哺乳動(dòng)物中大小一般在15kb~18kb之內(nèi)。一個(gè)線粒體中一般有多個(gè)DNA分子。

與核基因組相比,線粒體基因組有如下有趣的性質(zhì): 所有的基因都位于一個(gè)單一的環(huán)狀DNA分子上。遺傳物質(zhì)不為核膜所包被。DNA不為蛋白質(zhì)所壓縮。

基因組沒有包含那么多非編碼區(qū)域(垃圾DNA或“內(nèi)含子”)。一些密碼子與通用密碼子不同。相反,與一些紫色非硫細(xì)菌相似。一些堿基為兩個(gè)不同基因的一部分:某堿基作為一個(gè)基因的末尾,同時(shí)作為下一個(gè)基因的開始。

線粒體DNA比DNA存活時(shí)間長得多,而且遺傳自母親,因此用來確認(rèn)家庭關(guān)系十分理想。第五章、基因的自身維護(hù)

1、DNA復(fù)制

DNA復(fù)制是指DNA雙鏈在細(xì)胞分裂以前的分裂間期進(jìn)行的復(fù)制過程,復(fù)制的結(jié)果是一條雙鏈變成兩條一樣的雙鏈(如果復(fù)制過程正常的話),每條雙鏈都與原來的雙鏈一樣。這個(gè)過程通過邊解旋邊復(fù)制和半保留復(fù)制機(jī)制得以順利完成。DNA復(fù)制主要包括引發(fā)、延伸、終止三個(gè)階段。

2、DNA復(fù)制的特點(diǎn)

A、半保留復(fù)制:DNA在復(fù)制時(shí),以親代DNA的每一股作模板,合成完全相同的兩個(gè)雙鏈子代DNA,每個(gè)子代DNA中都含有一股親代DNA鏈,這種現(xiàn)象稱為DNA的半保留復(fù)制。DNA以半保留方式進(jìn)行復(fù)制,是在1958年由M.Meselson 和 F.Stahl 所完成的實(shí)驗(yàn)所證明。

B、有一定的復(fù)制起始點(diǎn):DNA在復(fù)制時(shí),需在特定的位點(diǎn)起始,這是一些具有特定核苷酸排列順序的片段,即復(fù)制起始點(diǎn)(復(fù)制子)。在原核生物中,復(fù)制起始點(diǎn)通常為一個(gè),而在真核生物中則為多個(gè)。

C、需要引物(primer):DNA聚合酶必須以一段具有3'端自由羥基(3'-OH)的RNA作為引物,才能開始聚合子代DNA鏈。RNA引物的大小,在原核生物中通常為50~100個(gè)核苷酸,而在真核生物中約為10個(gè)核苷酸。

D、雙向復(fù)制:DNA復(fù)制時(shí),以復(fù)制起始點(diǎn)為中心,向兩個(gè)方向進(jìn)行復(fù)制。但在低等生物中,也可進(jìn)行單向復(fù)制。

E、半不連續(xù)復(fù)制:由于DNA聚合酶只能以5'→3'方向聚合子代DNA鏈,因此兩條親代DNA鏈作為模板聚合子代DNA鏈時(shí)的方式是不同的。以3'→5'方向的親代DNA鏈作模板的子代鏈在聚合時(shí)基本上是連續(xù)進(jìn)行的,這一條鏈被稱為領(lǐng)頭鏈(leading strand)。而以5'→3'方向的親代DNA鏈為模板的子代鏈在聚合時(shí)則是不連續(xù)的,這條鏈被稱為隨從鏈(lagging strand)。DNA在復(fù)制時(shí),由隨從鏈所形成的一些子代DNA短鏈稱為岡崎片段(Okazaki fragment)。岡崎片段的大小,在原核生物中約為1000~2000個(gè)核苷酸,而在真核生物中約為100個(gè)核苷酸。

3、DNA復(fù)制的忠實(shí)性維護(hù)

DNA聚合酶高度選擇性、DNA聚合酶的自我校對(duì)、錯(cuò)配修復(fù)

4、連接體和去連接體

5、幾種特殊形式的DNA合成

誘導(dǎo)型穩(wěn)定DNA復(fù)制、DNA重組依賴的DNA復(fù)制、組成型穩(wěn)定DNA復(fù)制、DNA的跨損傷復(fù)制。

6、DNA復(fù)制的多種形式

滾環(huán)復(fù)制:滾環(huán)式復(fù)制(rolling circle replication)是噬菌體中常見的DNA復(fù)制方式。滾環(huán)式復(fù)制的一個(gè)特點(diǎn)是以一條環(huán)狀單鏈DNA為模板,進(jìn)行新的DNA環(huán)狀分子合成。噬菌體的雙鏈DNA環(huán)狀分子先在一條單鏈的復(fù)制起點(diǎn)上產(chǎn)生一個(gè)切口(nick),然后以另一條單鏈為模板不斷地合成新的單鏈。釋放出的新合成的單鏈或是先復(fù)制成雙鏈DNA,被酶切割成單位長度后,再形成環(huán)狀雙鏈DNA分子;或是釋放出的新合成的單鏈DNA,先被酶切割成單位長度形成單鏈環(huán)狀DNA分子后再復(fù)制成雙鏈環(huán)狀DNA分子。

D環(huán)復(fù)制:雙螺旋的兩條鏈并不同時(shí)進(jìn)行復(fù)制,重鏈先開始復(fù)制,稍后輕鏈再開始復(fù)制,當(dāng)復(fù)制沿輕鏈開始時(shí),重鏈上產(chǎn)生了D環(huán),隨環(huán)形輕鏈復(fù)制的進(jìn)行,D環(huán)增大,輕鏈后亦開始復(fù)制,最后兩條鏈完成復(fù)制形成兩條新的DNA雙螺旋。第六章、綜合

1、DNA的損傷和修復(fù)

DNA損傷修復(fù)是在細(xì)胞中多種酶的共同作用下,使DNA受到損傷的結(jié)構(gòu)大部分得以恢復(fù),降低了突變率,保持了DNA分子的相對(duì)穩(wěn)定性。DNA分子的損傷類型有多種。UV照射后DNA分子上的兩個(gè)相鄰的胸腺嘧啶(T)或胞嘧啶(C)之間可以共價(jià)鍵連結(jié)形成環(huán)丁酰環(huán),這種環(huán)式結(jié)構(gòu)稱為二聚體。胸腺嘧啶二聚體的形成是 UV對(duì)DNA分子的主要損傷方式。

Χ射線、γ射線照射細(xì)胞后,由細(xì)胞內(nèi)的水所產(chǎn)生的自由基既可使DNA分子雙鏈間氫鍵斷裂,也可使它的單鏈或雙鏈斷裂。化學(xué)物中的博萊霉素、甲基磺酸甲烷等烷化劑也能造成鏈的斷裂。

絲裂霉素C可造成DNA分子單鏈間的交聯(lián),這種情況常發(fā)生在兩個(gè)單鏈的對(duì)角的鳥嘌呤之間。鏈的交聯(lián)也往往帶來DNA分子的斷裂。

DNA分子還可以發(fā)生個(gè)別堿基或核苷酸的變化。例如堿基結(jié)構(gòu)類似物5-溴尿嘧啶等可以取代個(gè)別堿基,亞硝酸能引起堿基的氧化脫氨反應(yīng),原黃素(普魯黃)等吖啶類染料和甲基氨基偶氮苯等芳香胺致癌物可以造成個(gè)別核苷酸對(duì)的增加或減少而引起移碼突變(見基因突變)。

一種 DNA損傷劑往往可以同時(shí)引起幾種類型的損傷,其損傷效應(yīng)的大小和類型與劑量及細(xì)胞所處的周期狀態(tài)有關(guān)。

2、基因重組與重排

基因重排是指通過基因的轉(zhuǎn)座,DNA的斷裂錯(cuò)接而使正常基因順序發(fā)生改變。

基因組重排技術(shù)結(jié)合了傳統(tǒng)誘變技術(shù)和細(xì)胞融合技術(shù),是一項(xiàng)對(duì)整個(gè)微生物基因組重排的新型育種技術(shù)。基因組重排技術(shù)通過多親本原生質(zhì)體遞歸融合,可以使工程菌快速獲得多樣復(fù)雜優(yōu)良表型,并且無須了解其基因組學(xué)、代謝組學(xué)等具體背景。介紹了基因組重排技術(shù)的過程及應(yīng)用,展現(xiàn)了基因組重排技術(shù)的優(yōu)點(diǎn),并給出了基因組重排技術(shù)的發(fā)展在未來的應(yīng)用情景。

3、細(xì)胞周期控制及細(xì)胞死亡控制

細(xì)胞周期分為:合成DNA的時(shí)期稱為DNA合成期(S期),進(jìn)行DNA拷貝分配和細(xì)胞分裂的時(shí)期稱為有絲分裂期(M期),在M期結(jié)束后和S期開始前的一段間隙稱為G1期,而在S期結(jié)束后和M期開始前的間隙則稱為G2期。真核細(xì)胞內(nèi)有一個(gè)調(diào)控機(jī)構(gòu),使細(xì)胞周期能有條不紊地依次進(jìn)行。細(xì)胞周期的準(zhǔn)確調(diào)控對(duì)生物的生存、繁殖、發(fā)育和遺傳均是十分重要的,細(xì)胞周期各時(shí)相中有各自特異性的細(xì)胞周期蛋白控制細(xì)胞周期有序地進(jìn)行。細(xì)胞是有機(jī)體的基本結(jié)構(gòu)單位和功能單位,而細(xì)胞周期則是保證細(xì)胞進(jìn)行生命活動(dòng)的基本過程。細(xì)胞周期分為:合成DNA的時(shí)期稱為DNA合成期(S期),進(jìn)行DNA拷貝分配和細(xì)胞分裂的時(shí)期稱為有絲分裂期(M期),在M期結(jié)束后和S期開始前的一段間隙稱為G1期,而在S期結(jié)束后和M期開始前的間隙則稱為G2期。真核細(xì)胞內(nèi)有一個(gè)調(diào)控機(jī)構(gòu),使細(xì)胞周期能有條不紊地依次進(jìn)行。細(xì)胞周期的準(zhǔn)確調(diào)控對(duì)生物的生存、繁殖、發(fā)育和遺傳均是十分重要的,細(xì)胞周期各時(shí)相中有各自特異性的細(xì)胞周期蛋白控制細(xì)胞周期有序地進(jìn)行。細(xì)胞死亡是生命現(xiàn)象不可逆停止及生命的結(jié)束,正常的組織中經(jīng)常發(fā)生細(xì)胞死亡,是維持組織機(jī)能和形態(tài)所必須的,包括細(xì)胞主動(dòng)死亡-程序性死亡和細(xì)胞被動(dòng)死亡即細(xì)胞壞死、細(xì)胞凋亡。

細(xì)胞的死亡方式有兩種A被動(dòng)死亡——細(xì)胞壞死,它是指細(xì)胞受到環(huán)境因素的影響,導(dǎo)致細(xì)胞死亡的病理過程。B主動(dòng)死亡(細(xì)胞編程性死亡)——即細(xì)胞凋亡,為了維持機(jī)體內(nèi)環(huán)境的穩(wěn)定,細(xì)胞發(fā)生主動(dòng)的,由基因控制的自我消亡過程,此過程需要消耗能量。

第五篇:分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)總結(jié)

分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)

1.TOMY全自動(dòng)滅菌鍋的使用

(1)檢查排放蒸汽的水壺,腔體內(nèi)的水位與托板齊平。(2)SET鍵設(shè)置溫度和時(shí)間(121℃,20min)(3)關(guān)閉排氣閥,Start機(jī)器開始運(yùn)行,Check Heat檢查設(shè)置的溫度,Stop鍵終止機(jī)器運(yùn)行。(4)程序運(yùn)行結(jié)束,旋開排氣閥或機(jī)器自行排氣至壓力為0。溫度降至80℃以下壓力為0時(shí)方可開蓋。運(yùn)行過程中勿接觸蓋子。(5)腔體內(nèi)經(jīng)常清潔。2.LB液體培養(yǎng)基(1000mL)

將胰蛋白胨10g,酵母提取物5g,氯化鈉10g完全溶解在950mL去離子水中,用NaOH調(diào)節(jié)pH至7.0,加入去離子水至總體積為1000mL,121℃濕熱滅菌20min。冷卻后4℃保存?zhèn)溆谩9腆w還要再加瓊脂。3.堿裂解法

堿裂解法提取質(zhì)粒是根據(jù)共價(jià)閉合環(huán)狀質(zhì)粒DNA與線性染色體DNA在拓?fù)鋵W(xué)上的差異來分離它們的。在pH值介于12.0~12.5這個(gè)狹窄的范圍內(nèi),線性的DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)解開而被變性,盡管在這樣的條件下,共價(jià)閉合環(huán)狀質(zhì)粒DNA的氫鍵會(huì)斷裂,但兩條互補(bǔ)鏈彼此纏繞,仍會(huì)緊密的結(jié)合在一起。當(dāng)加入 pH4.8的乙酸鉀高鹽緩沖液,恢復(fù)pH至中性時(shí),共價(jià)閉合環(huán)狀質(zhì)粒DNA的兩條互補(bǔ)鏈仍保持在一起,因此復(fù)性迅速而準(zhǔn)確,而線性的染色體DNA的兩條互補(bǔ)鏈彼此完全分開,復(fù)性就不會(huì)那么迅速而準(zhǔn)確,它們纏繞形成網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)。通過離心,染色體DNA與不穩(wěn)定的大分子RNA,蛋白質(zhì)-SDS復(fù)合物等一起沉淀下來而被除去。

溶液Ⅰ:葡萄糖,Tris-HCl,EDTA 葡萄糖能增加溶液的黏度,防止DNA受機(jī)械作用而降解。EDTA可螯合Mg2+、Ca2+等金屬離子,抑制DNase對(duì)DNA的降解作用。溶液Ⅱ:氫氧化鈉,SDS 氫氧化鈉加入后堿性環(huán)境12-12.5促使染色體DNA與質(zhì)粒的變性解離成單鏈。SDS是一種陰離子去垢劑,它的主要作用有:①溶解細(xì)胞膜上的脂肪與蛋白,因而溶解膜蛋白而破壞細(xì)胞膜;②解聚細(xì)胞中的核蛋白,使蛋白質(zhì)與DNA分開;③SDS能與蛋白質(zhì)結(jié)合成為SDS-蛋白質(zhì)復(fù)合物,使蛋白質(zhì)變性而沉淀;④SDS能抑制核酸酶的作用,防止對(duì)DNA的降解。

溶液Ⅲ:乙酸鉀。用pH4.2的KAc溶液是為了調(diào)整溶液pH至中性,使變性的質(zhì)粒DNA能夠復(fù)性,并能穩(wěn)定存在。而高鹽的3mol/L醋酸鉀(KAc)有利于變性的大分子染色體DNA、RNA以及SDS-蛋白質(zhì)復(fù)合物凝聚而沉淀。4.loading buffer 電泳指示劑溴酚蘭在堿性液體中呈紫蘭色,一般與蔗糖、甘油組成上樣緩沖液。作用:①增加樣品比重,以確保DNA均勻沉入加樣孔內(nèi)。②形成肉眼可見的指示帶,預(yù)測(cè)核酸電泳的速度和位置。③使樣品呈色,使加樣操作更方便。5.限制性內(nèi)切酶(I型)限制性內(nèi)切酶:能識(shí)別專一的核苷酸順序,并在識(shí)別點(diǎn)附近的一些核苷酸上切割DNA分子中的雙鏈,但是切割的核苷酸順序沒有專一性,是隨機(jī)的。

(II型)限制性內(nèi)切酶:能識(shí)別專一的核苷酸順序,并在該順序內(nèi)的固定位置上切割雙鏈。這類限制性內(nèi)切酶的識(shí)別和切割的核苷酸都是專一的,因此,這種限制性內(nèi)切酶是DNA重組技術(shù)中最常用的工具酶之一。

(III型)限制性內(nèi)切酶:也有專一的識(shí)別順序,但不是對(duì)稱的回文順序,在識(shí)別順序旁邊幾個(gè)核苷酸對(duì)的固定位置上切割雙鏈。但這幾個(gè)核苷酸對(duì)不是特異性的。因此,這種限制性內(nèi)切酶切割后產(chǎn)生的一定長度DNA片段,具有各種單鏈末端。因此不能應(yīng)用于基因克隆。6.引物設(shè)計(jì)和選擇目的DNA序列區(qū)域時(shí)遵循下列原則: 引物長度約為16~30bp;引物中G+C含量通常為40%~60%,可按Tm=4(G+C)+2(A+T)粗略估計(jì)引物的解鏈溫度;四種堿基應(yīng)隨機(jī)分布,在3’端不存在連續(xù)3個(gè)G或C,因這樣易導(dǎo)致錯(cuò)誤;引物3’端最好與目的序列閱讀框架中密碼子第一或第二位核苷酸對(duì)應(yīng),以減少由于密碼子擺動(dòng)產(chǎn)生的不配對(duì);在引物內(nèi),尤其在3’端應(yīng)不存在二級(jí)結(jié)構(gòu);兩引物之間尤其在3’端不能互補(bǔ),以防出現(xiàn)引物二聚體,減少產(chǎn)量;引物5’端對(duì)擴(kuò)增特異性影響不大,可引入酶切位點(diǎn)或突變位點(diǎn);引物不與模板結(jié)合位點(diǎn)以外的序列互補(bǔ);簡并引物應(yīng)選用簡并程度低的密碼子;引物的濃度一般為0.1~0.5μmol/L,引物濃度偏高會(huì)引起錯(cuò)配和非特異性產(chǎn)物擴(kuò)增,引物濃度偏低則降低產(chǎn)量。7.dNTP 常用的濃度為20~200μmol/L,而且4種dNTP的終濃度相等,以減少合成中由于某種dNTP的不足而出現(xiàn)的錯(cuò)誤摻入;dNTP濃度過高雖可加快反應(yīng)速度,但會(huì)增加堿基的錯(cuò)誤摻入率,同時(shí)會(huì)抑制Taq DNA聚合酶的反應(yīng)活性;適當(dāng)?shù)牡蜐舛葧?huì)提高反應(yīng)的精確度;注意協(xié)調(diào)Mg2+濃度和dNTP濃度之間的關(guān)系。8.感受態(tài)

處于對(duì)數(shù)生長期的細(xì)菌經(jīng)低溫CaCl2處理后接受外源DNA的能力顯著增加。細(xì)菌處于容易吸收外源 DNA的狀態(tài)叫感受態(tài)。在自然條件下,很多質(zhì)粒都可通過細(xì)菌接合作用轉(zhuǎn)移到新的宿主內(nèi),但在人工構(gòu)建的質(zhì)粒載體中,一般缺乏此種轉(zhuǎn)移所必需的mob 基因,因此不能自行完成從一個(gè)細(xì)胞到另一個(gè)細(xì)胞的接合轉(zhuǎn)移。如需將質(zhì)粒載體轉(zhuǎn)移進(jìn)受體細(xì)菌,需誘導(dǎo)受體細(xì)菌產(chǎn)生一種短暫的感受態(tài),以攝取外源DNA。9.轉(zhuǎn)化

轉(zhuǎn)化是將外源DNA 分子引入受體細(xì)胞,使之獲得新的遺傳性狀的一種手段。轉(zhuǎn)化過程所用的受體細(xì)胞一般是限制修飾系統(tǒng)缺陷的變異株,即不含限制性內(nèi)切酶和甲基化酶的突變體(R-,M-),它可以容忍外源DNA 分子進(jìn)入體內(nèi)并穩(wěn)定地遺傳給后代。它是微生物遺傳、分子遺傳、基因工程等研究領(lǐng)域的基本實(shí)驗(yàn)技術(shù)。10.DNA連接酶

有兩種:T4噬菌體DNA連接酶和大腸桿菌DNA連接酶;DNA重組的方法主要有粘端連接法和平端連接法,為了防止載體本身的自連,可以通過牛小腸堿性磷酸酶CIP處理克服; 連接反應(yīng)的溫度在37℃時(shí)有利于連接酶的活性。但是在這個(gè)溫度下,粘性末端的氫鍵結(jié)合是不穩(wěn)定的。因此人們找到了一個(gè)折中的溫度,即12~16℃,連接12~16h(過夜),這樣既可最大限度地發(fā)揮連接酶的活性,又兼顧到短暫配對(duì)結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定;

pMD18-T Vector 是一種高效克隆PCR 產(chǎn)物(TA Cloning)的專用載體,該載體由pUC18 載體改建并在其3’端添加“T”而成

大部分耐熱性DNA聚合酶進(jìn)行PCR反應(yīng)時(shí)都有在PCR產(chǎn)物的3’末端添加一個(gè)“A”的特性,所以使用本制品可以大大提高PCR產(chǎn)物的連接、克隆效率;

轉(zhuǎn)化是指質(zhì)粒DNA或以它為載體構(gòu)建的重組子導(dǎo)入細(xì)菌的過程 11.α互補(bǔ)

重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化宿主細(xì)胞后,還需對(duì)轉(zhuǎn)化菌落進(jìn)行篩選鑒定。利用α互補(bǔ)現(xiàn)象進(jìn)行篩選是最常用的一種鑒定方法; α互補(bǔ):質(zhì)粒載體上lacZ’基因編碼的α肽段與失去了正常氨基端的β-半乳糖苷酶突變受體菌之間實(shí)現(xiàn)互補(bǔ)的現(xiàn)象,由α互補(bǔ)而形成的有功能活性的β半乳糖苷酶,可以用Xgal顯色測(cè)定出來;任何攜帶著lacZ’基因的質(zhì)粒載體在轉(zhuǎn)化β半乳糖苷酶突變的大腸桿菌細(xì)胞后,在含有Xgal的培養(yǎng)基平板上形成藍(lán)色菌落,而含有重組質(zhì)粒載體的克隆往往是白色菌落。

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