第一篇：八種海洋經濟動物腸道細菌群落的種群分子多樣性分析

八種海洋經濟動物腸道細菌群落的種群分子多樣性分析----------中科院海洋學院

本文以甲殼綱的中國明對蝦(Fenneropenaeus chinensis)、凡納濱對蝦(Litopenaeus vannamei)、鷹爪蝦(Trachypenaeus curvirostris)、口蝦蛄(Oratosquilla oratoria)和輻鰭魚綱的美國紅魚(Sciaenops ocellatus)、大瀧六線魚(Hexagrammos otakii)、鱸魚(Lateolabrax japonicus)、石鰈(Kareius bicoloratus)、大菱鲆(Scophthatmus maximus)為研究對象,運用分子生物學方法對以上物種腸道細菌群落多樣性進行了研究,并用細菌16S rDNA基因序列構建了分子系統發生樹。本研究旨在利用細菌16S rDNA基因分析以上海洋生物腸道細菌群落種群多樣性,為了解海洋生物腸道細菌構成做鋪墊。主要內容分為以下三個部分:1.直接提取中國明對蝦、凡納濱對蝦、鷹爪蝦、口蝦蛄腸道微生物總DNA,并以其為模板擴增細菌16S rDNA,與T載體連接后建庫。用限制性內切酶BsuRⅠ和Hin6Ⅰ對陽性克隆的PCR產物進行酶切分析,選取有代表性的克隆進行序列測定。序列及BLAST結果顯示,中國明對蝦、凡納濱對蝦、鷹爪蝦腸道細菌70%以上屬于γ-變形桿菌,其中以弧菌屬占最大比重;口蝦蛄腸道細菌種類比較少,且多為未培養的細菌。凡納濱對蝦腸道細菌種類最多,有弧菌屬、氣單胞菌屬、發光桿菌屬、假交替單胞菌屬等。2.通過分子生物學方法(RFLP)分析美國紅魚、鱸魚、大瀧六線魚和石鰈腸道細菌多樣性。測序結果顯示四種魚腸道細菌70%以上屬于γ-變形桿菌,多樣性指數分析結果表明鱸魚腸道細菌多樣性最為豐富。美國紅魚腸道細菌主要為弧菌屬、發光桿菌屬和螺原體屬;鱸魚腸道細菌主要為弧菌屬和發光桿菌屬;大瀧六線魚腸道細菌主要為弧菌屬和Aliivibrio;石鰈腸道細菌主要為氣單胞菌屬和支原體屬。3.通過分子生物學方法分析大菱鲆腸道細菌多樣性,從構建的16S rDNA文庫中隨機選取136個陽性克隆進行酶切(BsuRⅠ、Hin6Ⅰ和RsaⅠ)分析,一共得到46種酶切類型,其中僅有一個克隆的酶切類型有36種,表明大菱鲆腸道細菌多樣性比較豐富。運用原位裂解法提取獲得高質量的大菱鲆腸道微生物基因組DNA,用于宏基因組序列測。