第一篇:TRIpure Reagent總RNA抽提試劑操作方法及步驟說明書
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TRIpure Reagent
TRIpure Reagent總RNA提取試劑
目錄號:RN01 ? 試劑盒組成、儲存、穩(wěn)定性: 試劑盒組成
TRIpure(4℃避光)
(RN0101)50 ml
(RN0102)
ml ? 儲存事項(xiàng):
TRIpure 在室溫下能穩(wěn)定保存12個(gè)月。盡管如此,為達(dá)到最佳效果,我們建議保存在2~8°C的環(huán)境下。
? 重要提示:
本品中含有苯酚,具有毒性和腐蝕性。如果吸入體內(nèi)、接觸皮膚、吞食等會導(dǎo)致中毒、灼傷以及其他身體傷害。使用本制品時(shí)應(yīng)穿戴防護(hù)物品,如防護(hù)服裝、手套、眼罩、面罩等。如果不小心接觸,應(yīng)立即用大量的水沖洗并前往醫(yī)院治療。
? 1.注意事項(xiàng):
樣品用TRIpure勻漿后,如果不即刻加入氯仿之前,置于-70°C下可放置一個(gè)月以上。保存在75%乙醇中的RNA沉淀,2-8°C可以保存一周,-20°C條件下可以保存1年。RNA半衰期比較短,容易降解,建議提取后盡快進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn),如反轉(zhuǎn)錄成cDNA,Northern Blot等。
2.若下游實(shí)驗(yàn)對DNA非常敏感,建議用 RNase free DNase I(貨號:RN45)對RNA進(jìn)行處理。
3.自備試劑:氯仿、異丙醇(新開封或提取RNA專用)、75%乙醇(用DEPC處理過的水配制)、RNase free water或者DEPC處理過的水。
4.本公司生產(chǎn)TRIpure Reagent質(zhì)量優(yōu)異,可以完美替代Invitrogen的Trizol Reagent。提取質(zhì)量和下游實(shí)驗(yàn)完全一樣。已經(jīng)銷售8年數(shù)萬瓶。從無質(zhì)量問題。客戶如果購買本公司TRIpure Reagent證明不能替換Invitrogen的Trizol,無條件退貨,并3倍銷售價(jià)格賠償。
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? RNA抽提操作步驟:(實(shí)驗(yàn)前請先閱讀注意事項(xiàng))
提示:用TRIpure 抽提RNA時(shí)要戴手套和護(hù)眼罩。避免接觸皮膚和衣服。在化學(xué)通風(fēng)櫥完成操作。避免呼吸道吸入。如無特殊說明,所有的操作應(yīng)該在在15~30°C的室溫條件下。1.勻漿
a.植物組織:取新鮮植物組織在液氮中充分研磨或?qū)⒅参锝M織剪碎后直接在TRIpure中迅速研磨,每50-100mg組織加入1ml TRIpure,混勻。注意:樣品體積一般不要超過TRIpure體積的10%。
b.動(dòng)物組織:取新鮮或-70℃凍存動(dòng)物組織盡量剪碎,每30-100mg組織加入1ml TRIpure,勻漿儀進(jìn)行勻漿處理。或在液氮中研磨后加入TRIpure 1ml混勻。注意:樣品體積一般不要超過TRIpure體積的10%。
c.單層培養(yǎng)細(xì)胞:盡量去除干凈殘留培養(yǎng)液后直接往直徑3.5 cm的培養(yǎng)板中加入1ml 的TRIpure覆蓋并反復(fù)吹打裂解細(xì)胞。依據(jù)培養(yǎng)板的面積而不是依據(jù)細(xì)胞的數(shù)量來決定所需的TRIpure 量(每10cm2加1ml)。當(dāng)TRIpure 量不足時(shí)可導(dǎo)致抽提的RNA中污染有DNA。
注意:貼壁培養(yǎng)細(xì)胞往往不能完全從培養(yǎng)瓶(皿)脫落,這并不意味著裂解不完全,此時(shí)細(xì)胞膜實(shí)際已經(jīng)完全破裂開,并已釋放出全部RNA,繼續(xù)做即可。d.細(xì)胞懸液: 離心收集細(xì)胞。在TRIpure 試劑中用移液管反復(fù)吹打來裂解細(xì)胞。每5~10×106的動(dòng)物細(xì)胞,植物或酵母菌細(xì)胞或每1×107細(xì)菌加1ml的TRIpure。在加入TRIpure 前應(yīng)避免洗滌細(xì)胞,因?yàn)槟菢訒黾觤RNA降解的可能性。破裂某些酵母菌和細(xì)菌可能需要使用勻漿器。
e.血液:推薦使用本公司的TRIpure Reagent LS(貨號:RN02),這是全血或者液體樣品專用的TRIpure Reagent,LS就是Liquid Sample 液體樣品的首字母簡寫。相當(dāng)于Invitrogen公司的 TRIzol LS。
2.3.將勻漿樣品劇烈震蕩后在室溫條件下放置5分鐘以使核蛋白體完全解離。可選步驟: 在4°C的條件下以12,000 rpm的離心力離心10分鐘,取上清。如樣品中含有較多蛋白質(zhì),脂肪,多糖或肌肉,植物的塊莖結(jié)節(jié)等可離心去除。杭州昊鑫生物科技股份有限公司
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離心后的沉淀中包含有細(xì)胞外膜,多糖,以及高分子量DNA,上清中含有RNA。處理脂肪組織的樣品時(shí),上層是大量油脂應(yīng)除去。取澄清的勻漿液進(jìn)行下一步。4.每1ml TRIpure加0.2ml氯仿。蓋緊管蓋,劇烈震蕩15秒并將其在室溫下放置2~3分鐘。5.在4°C 12,000 rpm的離心力高速冷凍離心10-15分鐘。離心后混合物分成三層:下層紅色有機(jī)苯酚氯仿層,中間層,上層無色的水樣層。RNA無一例外地存在于水樣層當(dāng)中。水樣層的容量大約為所加TRIpure 容量的50-60%。(有機(jī)層和中間層是蛋白和DNA,如果需要提取,請聯(lián)系我們索取提取方法)。6.將水樣層轉(zhuǎn)移到一干凈的離心管中,加入等體積異丙醇。顛倒混勻后室溫放置10分鐘。
RNA沉淀在離心前通常不可見,離心后在管側(cè)和管底形成膠狀沉淀。
7.8.9.在室溫或者4°C 12,000 rpm 離心10分鐘,棄上清。
加入75%乙醇洗滌沉淀。每使用1?ml?TRIpure用1?ml?75%乙醇對沉淀進(jìn)行洗滌。在室溫或者4°C 12,000 rpm離心3分鐘,棄上清,注意不要丟失RNA沉淀。注意:剩余的少量液體可短暫離心,然后用槍頭吸出,注意不要吸棄沉淀。? 10.室溫放置2-3分鐘,晾干。加入30-100μl RNase free water,充分溶解RNA,得到的RNA保存在-70℃,防止降解。
注意:沉淀不要過分干燥,以免難于溶解。
第二篇:TRIpure LS 總RNA抽提試劑操作方法及步驟說明書
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TRIpure Reagent LS 液體樣本總RNA提取試劑
目錄號:RN02 ? 試劑盒組成、儲存、穩(wěn)定性: 試劑盒組成
TRIpure LS(4℃避光)(RN0201)50 ml
(RN0202)
ml
? 儲存事項(xiàng):
TRIpure LS在室溫下能穩(wěn)定保存12個(gè)月。盡管如此,為達(dá)到最佳效果,我們建議保存在2~8°C的環(huán)境下。
? 重要提示:
本品中含有苯酚,具有毒性和腐蝕性。如果吸入體內(nèi)、接觸皮膚、吞食等會導(dǎo)致中毒、灼傷以及其他身體傷害。使用本制品時(shí)應(yīng)穿戴防護(hù)物品,如防護(hù)服裝、手套、眼罩、面罩等。如果不小心接觸,應(yīng)立即用大量的水沖洗并前往醫(yī)院治療。
? 1.注意事項(xiàng):
樣品用TRIpure LS勻漿后,如果不即刻加入氯仿之前,置于-70°C下可放置一個(gè)月以上。保存在75%乙醇中的RNA沉淀,2-8°C可以保存一周,-20°C條件下可以保存1年。RNA半衰期比較短,容易降解,建議提取后盡快進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn),如反轉(zhuǎn)錄成cDNA,Northern Blot等。
2.若下游實(shí)驗(yàn)對DNA非常敏感,建議用 RNase free DNase I(貨號:RN45)對RNA進(jìn)行處理。
3.自備試劑:氯仿、異丙醇(新開封或提取RNA專用)、75%乙醇(用DEPC處理過的水配制)、RNase free water或者DEPC處理過的水。
4.本公司生產(chǎn)TRIpure Reagent LS質(zhì)量優(yōu)異,可以完美替代Invitrogen的Trizol Reagent LS。提取質(zhì)量和下游實(shí)驗(yàn)完全一樣。
? RNA抽提操作步驟:(實(shí)驗(yàn)前請先閱讀注意事項(xiàng))杭州昊鑫生物科技股份有限公司
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提示:用TRIpure LS抽提RNA時(shí)要戴手套和護(hù)眼罩。避免接觸皮膚和衣服。在化學(xué)通風(fēng)櫥完成操作。避免呼吸道吸入。如無特殊說明,所有的操作應(yīng)該在15~30°C的室溫條件下。1.勻漿
a.生物液體:每0.25ml液體樣品(血清,血漿,腦脊液等等)加入0.75ml TRIpure LS,用加樣槍吹打液體樣品幾次以幫助裂解樣品中細(xì)胞。每5~10×106個(gè)細(xì)胞至少加入0.75ml TRIpure LS。TRIpure LS 和液體樣品的終體積比總是3:1。b.動(dòng)物組織:用glass或強(qiáng)力勻漿器攪勻組織樣品,每50~100mg組織或者0.25ml組織懸液加0.75ml的TRIpure LS。一般50~100mg組織體積都要小于0.25ml,如果組織樣品的體積小于0.25ml,加入滅菌水將組織樣品體積調(diào)整到0.25ml以保證體積比例是3:1。
c.單層生長細(xì)胞:直接往直徑3.5 cm的培養(yǎng)板中加入0.3ml-0.4ml的TRIpure LS裂解細(xì)胞,用加樣槍吹打幫助充分裂解細(xì)胞。依據(jù)培養(yǎng)板的面積而不是依據(jù)細(xì)胞的數(shù)量來決定所需的TRIpure LS量(每10cm2加0.3-0.4ml)。不需要往裂解物里面加水,因?yàn)榕囵B(yǎng)板中附著殘留的培養(yǎng)液已經(jīng)充分稀釋了TRIpure LS。注意:貼壁培養(yǎng)細(xì)胞往往不能完全從培養(yǎng)瓶(皿)脫落,這并不意味著裂解不完全,此時(shí)細(xì)胞膜實(shí)際已經(jīng)完全破裂開,并已釋放出RNA,繼續(xù)做即可。d.細(xì)胞懸液:通過離心來沉淀細(xì)胞。在TRIpure LS試劑中用移液管反復(fù)吹打來裂解細(xì)胞。每5~10×106的動(dòng)物細(xì)胞,植物或酵母菌細(xì)胞或每1×107細(xì)菌加0.75ml的TRIpure LS。和步驟b一樣用滅菌水調(diào)節(jié)樣品體積到0.25毫升。在加入TRIpure LS前應(yīng)避免洗滌細(xì)胞,因?yàn)槟菢訒黾觤RNA降解的可能性。破裂某些酵母菌和細(xì)菌可能需要使用勻漿器。
e.植物組織:取新鮮植物組織在液氮中充分研磨或?qū)⒅参锝M織剪碎后直接在TRIpure LS中迅速研磨,每50-100mg組織加入0.75ml TRIpure LS,和步驟b一樣用滅菌水調(diào)節(jié)樣品體積到0.25毫升,混勻。
2.3.將勻漿樣品劇烈震蕩后在室溫條件下放置5分鐘以使核蛋白體完全解離。可選步驟: 在4°C的條件下以12,000 rpm的離心力離心10分鐘,取上清。杭州昊鑫生物科技股份有限公司
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如樣品中含有較多蛋白質(zhì),脂肪,多糖或肌肉,植物的塊莖結(jié)節(jié)等可離心去除。離心后的沉淀中包含有細(xì)胞外膜,多糖,以及高分子量DNA,上清中含有RNA。處理脂肪組織的樣品時(shí),上層是大量油脂應(yīng)除去。取澄清的勻漿液進(jìn)行下一步。4.每0.75ml TRIpure LS加0.2ml氯仿。蓋緊管蓋,劇烈震蕩15秒并將其在室溫下放置2~3分鐘。5.在4°C 12,000 rpm的離心力高速冷凍離心10-15分鐘。離心后混合物分成三層:下層有機(jī)苯酚氯仿層,中間層,上層無色的水樣層。RNA無一例外地存在于水樣層當(dāng)中。水樣層的容量大約為所加TRIpure LS容量的70%。(有機(jī)層和中間層是蛋白和DNA,如果需要提取,請聯(lián)系我們索取提取方法)。6.將水樣層轉(zhuǎn)移到一干凈的離心管中,加入等體積異丙醇。顛倒混勻后室溫放置10分鐘。
RNA沉淀在離心前通常不可見,離心后在管側(cè)和管底形成膠狀沉淀。
7.8.在室溫或者4°C 12,000 rpm 離心10分鐘,棄上清。
加入75%乙醇洗滌沉淀。每使用0.75ml TRIpure LS用1ml 75%乙醇對沉淀進(jìn)行洗滌。9.在室溫或者4°C 12,000 rpm離心3分鐘,棄上清,注意不要丟失RNA沉淀。注意:剩余的少量液體可短暫離心,然后用槍頭吸出,注意不要吸棄沉淀。? 10.室溫放置2-3分鐘,晾干。加入30-100μl RNase free水,充分溶解RNA,得到的RNA保存在-70℃,防止降解。
注意:沉淀不要過分干燥,以免難于溶解。
第三篇:血液總RNA抽提
血液總RNA抽提
1.取250ul血清加入750ul Trizol LS(用于液體中RNA的抽提)中,劇烈震蕩,靜置。2.加入200ul 三氯甲烷,劇烈震蕩,靜置10min。3.4度,12000g 離心15min。4.吸上清至新的EP管,加入500ul(與所吸出的上清比列為1:1)異丙醇,并加入1ul的糖原,輕輕上下顛倒混勻,-20度冰箱沉淀過夜。5.4度,12000g 離心15min。留沉淀(RNA),將上清倒掉,加入1ml 75%的乙醇(DEPC水配),上下顛倒,洗滌RNA沉淀。6.4度7500g離心10min。去上清,將沉淀晾干(不能太干)加入10ul左右的Rnase free 的水溶解即可。
第四篇:invitrogen trizol rna抽提說明書
RNA抽提全過程(TRIZOL)
一,準(zhǔn)備工作 1,實(shí)驗(yàn)器具與材料:
(1)移液槍:1ml、200ul、10ul(2)吸頭:1ml、200ul、20ul
(3)吸頭臺:放置1ml吸頭的一個(gè),放置200ul和20ul的吸頭一個(gè)(4)EP管1.5ml、100ul(5)玻璃研磨器(6)容量瓶:1000ml(7)鹽水瓶:100ml
(8)15ml塑料管一個(gè)(配75%乙醇用)
2,實(shí)驗(yàn)器具的處理與準(zhǔn)備
(1)塑料制品:(包括吸頭、EP管等)
將塑料制品逐個(gè)浸泡于1‰DEPC水中(必要時(shí)小槍頭需要用吸管打入DEPC水)37℃過夜,然后送至高壓3次,后在80℃烘烤箱中烘干(或置于37℃中8小時(shí)左右烘干),試驗(yàn)前將槍頭放入吸頭臺。或直接購買經(jīng)DEPC處理的槍頭和EP管,每盒大約30元,基本上試劑公司都可以購買。
(2)玻璃制品:(主要是玻璃研磨器)
先泡酸過夜,沖洗干凈后,在1‰DEPC水中泡8小時(shí)左右,37℃烘干,用蒙錫紙包裹送至干烤3次(或180度干烤)。(3)金屬制品:(鑷子等)
先洗干凈,再送干烤3次。(不需要泡DEPC水)3,試劑配制和準(zhǔn)備:
(1)DEPC水:泡實(shí)驗(yàn)器具的DEPC水的配制:1000ml雙蒸水中加1mlDEPC,放在1000ml容量瓶中靜置4小時(shí)后備用。配75%乙醇的DEPC水的配制:100ml鹽水瓶內(nèi)裝40ml雙蒸水,加40ulDEPC,37℃過夜,送至高壓。
(2)75%乙醇(要在抽提時(shí)現(xiàn)配):用無水乙醇和DEPC水配制(DEPC水:無水乙醇=1:3),然后放于-20℃?zhèn)溆谩#?)異丙醇:放入棕色瓶(4)氯仿:放入棕色瓶
(5)Trizol:100ml/瓶 存放于4℃
二,抽提時(shí)注意事項(xiàng):
全程佩戴一次性手套和口罩,手套要勤換,避免戴上的一次性的手套接觸可疑污染物。
三,抽提步驟 1. 勻漿化作用
取約100mg鼠腦組織放于玻璃研磨器內(nèi),先加0.2ml的Trizol溶液,研磨組織后,倒入1.5mlEP管中,再在研磨器內(nèi)加入0.8ml的Trizol溶液洗,后全部再倒入EP管中。顛倒混勻10下,室溫靜置5分鐘。2. 分離階段
每1mlTrizol中加0.2ml氯仿。蓋緊樣品管蓋,用手用力搖晃試管15秒,使其充分混勻,室溫靜置5分鐘。后12000rmp離心15分鐘。3. RNA的沉淀
將上層水相轉(zhuǎn)入新的1.5mlEP管中(約400-500ul),加入0.5ml異丙醇,混勻后放于-20℃中1小時(shí),后12000rmp離心10分鐘。4. RNA的洗脫 小心倒掉上清,留取沉淀。加1ml現(xiàn)配的75%的乙醇(預(yù)冷)振蕩洗滌RNA沉淀一次,后7500rmp離心5分鐘。5. RNA的再溶解
小心倒掉上清,取沉淀置超凈工作臺開風(fēng)機(jī)吹干(約30分鐘,此時(shí)RNA沉淀變透明)。注意不能讓RNA沉淀完全干燥(會極大地降低它地可溶性)。再在管中加20ul的DEPC水溶解,在55-60℃下孵育10分鐘助溶。6,RNA的保存
提取的RNA保存于-70℃超低溫冰箱中,或立即用于逆轉(zhuǎn)錄。
TRIzol法抽提總RNA
組織100mg ↓
加1mlTRIzol ↓
研磨,勻漿(研磨時(shí)倒入液氮,研磨完后從研缽轉(zhuǎn)入EP管中,)(組織勻漿量>100mg時(shí)分裝1ml/每EP管)↓
顛倒混勻10下,室溫5分鐘 ↓
加氯仿1/5體積(0.2ml)(必須按總體積的1/5)↓
顛倒混勻15S,室溫5分鐘 ↓
4℃,離心12000rmp,15分鐘 ↓
轉(zhuǎn)上層水相(約400-500μl)于另一新1.5mlEP管中(注意勿吸入中間那層)↓
加等體積異丙醇(約400-500μl)↓
4℃,離心12000rmp,10分鐘 ↓
棄上清 ↓
加冰預(yù)冷的75%乙醇(用高壓后的DEPC水配)1ml ↓
4℃離心7500rmp,5分鐘 ↓
棄上清,超凈工作臺開風(fēng)機(jī)干燥約30分鐘(不能完全干燥)↓
溶于DEPC水中至50μl(此處可按照實(shí)際情況修改,有人用50,也有人用100)(可在55-60℃水中,<10分鐘助溶)↓
立即保存于-70℃超低溫冰箱中,或立即用于逆轉(zhuǎn)錄
RNA純度檢測及定量
從36μl中取6μl,用無RNA酶的水稀釋100倍至600μl,用DU70型分光光度儀分別測定樣品在260nm、280nm波長的光密度值,計(jì)算出RNA的濃度(μg/ml)。
純RNA樣品的A260/A280比值為1.7-2.1,若低于此值,表明存在蛋白質(zhì)污染,需重新用酚/氯仿抽提。RNA樣品的A260/A230比值應(yīng)大于2.0,若低于該標(biāo)準(zhǔn),提示有變性緩沖液殘留需重新用乙醇沉淀RNA,然后用750ml/L的乙醇洗滌,以除去殘留的變性緩沖液。
RNA電泳
用無Rnase水配TAE電泳液,稱1.0g新開封的瓊脂糖,加TAE電泳液至100ml,煮沸,加溴乙錠20μl,降至室溫后灌膠置DEPC水處理過的電泳槽中,凝固20min,加TAE 緩沖液浸沒膠塊。取15μl RNA加6×RNA專用上樣緩沖液3μl,混勻,用移液槍將樣品加入上樣孔內(nèi),待溴酚藍(lán)遷移至理想位置后,終止電泳,紫外燈下觀察、拍照。
上傳RNA電泳條帶如下
最下面條帶代表5s 色淺代表RNA基本無降解
如出現(xiàn)拖把狀條帶 則為降解較嚴(yán)重情況
但有時(shí)這種情況也可以照樣RT-PCR
我們同學(xué)就有在低溫冰箱放了幾個(gè)月的組織照樣可以出結(jié)果的
第五篇:RNA抽提知識
RNA抽提
1:RNA抽提原理
簡單地講,RNA抽提包含樣品的裂解和純化兩大步驟。裂解是使樣品中的RNA游離在裂解體系中的過程,純化則是使RNA與裂解體系中的其它成分,如DNA、蛋白質(zhì)、鹽及其它雜質(zhì)徹底分離的過程。Trizol試劑的出現(xiàn)基本能解決絕大部分樣品RNA抽提,該方法已經(jīng)成為了 RNA 抽提的主流。
2:了解你的實(shí)驗(yàn)樣品
如果你研究某個(gè)實(shí)驗(yàn)樣品,并且要抽提它的RNA,以下的信息一定要先行收集:該樣品的RNA含量、酶含量、特殊雜質(zhì)含量。如果你對樣品的特點(diǎn)一無所知,當(dāng)樣品稍微有一點(diǎn)復(fù)雜時(shí),抽提RNA的實(shí)驗(yàn)就會碰到許多問題。以血液為例,如果你不知道鳥的血液中有核細(xì)胞的含量是人血的千倍左右,而使用人血一樣的起始量去抽提鳥血的基因組 DNA,怎么可能成功?失敗了又怎么知道原因所在?同時(shí),只有對實(shí)驗(yàn)樣品有所了解,才能正確選擇抽提方法。但同時(shí)提醒的是:沒有信息是可怕的,更可怕的是將錯(cuò)誤的信息當(dāng)真的了。
3:實(shí)驗(yàn)樣品量的取用
樣品與Trizol的比例。這個(gè)問題非常重要,應(yīng)該獲得足夠的重視。Trizol的Protocol,提供了一個(gè)簡單的比例,1ml 裂解液可以用于 50-100mg 組織或5-10X106個(gè)細(xì)胞;我的建議是,樣品量絕對要小于資料所提供的。起始樣品用多大,并沒有具體的說法。如果不是樣品量有限,則以能抽提出滿足數(shù)次成功實(shí)驗(yàn)所需的RNA,作為決定樣品起始量的基礎(chǔ),會比較合理的。不要因?yàn)?1ml 裂解液可以抽提 100mg 樣品,就一定使用 100mg 樣品。裂解液的用量,表面上與抽提的結(jié)果(純度及得率)沒有關(guān)系,然而,在實(shí)際操作中,對結(jié)果是有比較大的影響的。裂解液的用量原則是:確保能徹底裂解樣品,同時(shí)使裂解體系中核酸的濃度適中。濃度過低,將導(dǎo)致沉淀效率低,影響得率;濃度過高,去除雜質(zhì)的過程復(fù)雜且不徹底,導(dǎo)致純度下降。不同得樣品其RNA含量差別很大。高豐度(2-4ug/mg)的如肝臟,胰腺,心臟,中豐度(0.05-2ug/mg)的如腦,胚胎,腎臟,肺,胸腺,卵巢,低豐度(<0.05ug/mg)的如膀胱,骨,脂肪。考慮后續(xù)實(shí)驗(yàn),一般情況下,高豐度的樣品取用量大概是10-20mg/ml Trizol,中豐度樣品50mg/ml Trizol,低豐度樣品我們可以根據(jù)客戶提供的實(shí)驗(yàn)樣品量酌情取用。重申一下,不是越多越好,在考慮樣品在1ml Trizol里能充分裂解的同時(shí),還得考慮大量的樣品可能也會帶來大量的雜質(zhì)!利用Trizol試劑抽提血清樣品時(shí),Trizol /血清比值不要小于7/3。石蠟樣品由于RNA降解嚴(yán)重,含量大打折扣,所以取樣時(shí)應(yīng)該按低豐度樣品原則取用。
3:裂解方法
裂解的目的就是破壞細(xì)胞的結(jié)構(gòu),釋放出里面的RNA,使其溶解于裂解液中。絕大部分樣品的裂解,比如凍存的細(xì)胞,心、肝、脾、肺、腎等,利用Trizol試劑,普通的勻漿方法就可以達(dá)到滿意的效果!但是如果碰到比較特殊的樣品,我們可能要附加一些其他的輔助手段。1)骨骼。骨骼組織質(zhì)地堅(jiān)硬,普通的勻漿器根本無法使其破碎,以致RNA不能完全釋放溶解在TRIZOL試劑中,碰到這種類型的樣品,我們必須先利用液氮把樣品破碎成粉末狀,Trizol懸浮混勻再利用Minibeadbeater勻漿5分鐘。取上清, 2000g 4℃離心5min再取上清 去沉淀。2)細(xì)菌 Trizol雖然對細(xì)胞的裂解效果出眾,但是對細(xì)菌堅(jiān)韌的細(xì)胞壁還是無可奈何,這時(shí)我們可以利用超聲來輔助破壁。將細(xì)菌重懸于300ul的Trizol中,置于Bioruptor冰水浴中,M 檔 30s “on”、30“off”超聲處理1—2 min.取出用Trizol將體積補(bǔ)至1ml。3)酵母 酵母細(xì)胞跟細(xì)菌一樣,還是因?yàn)榧?xì)胞壁的原因,不能充分裂解。Zymolyase在37℃ 40分鐘可以很好的消化掉酵母細(xì)胞壁,這里需要提醒的是消化緩沖液不能有外源性RNA酶污染,最好附加使用RNA酶抑制劑,做好了這點(diǎn)就不用擔(dān)心這步有RNA降解的問題。4)石蠟包埋樣品 石蠟包埋的組織樣品在加Trizol裂解前必須先脫蠟,脫蠟的效果直接影響后續(xù)實(shí)驗(yàn),所以我們?yōu)槭姑撓灣浞郑x用高溫脫蠟與二甲苯脫蠟相結(jié)合的兩步脫蠟法。脫蠟后加入Trizol勻漿。5)脂肪 脂肪組織可以直接用Trizol 勻漿,這里需要提醒的是脂肪組織勻漿后,需室溫靜置5min,再室溫7500g 離心5分鐘,去除上面的脂肪層再繼續(xù)后續(xù)實(shí)驗(yàn)!
4:分相
Trizol里含有的物質(zhì)之一“酚”去除蛋白質(zhì)是有一定的飽和度的。超過了該飽和度,裂解體系中的蛋白質(zhì)不會被一次去除,裂解勻漿后的樣品,按1ml Trizol 加200ul 的氯仿,震蕩離心,絕大部分樣品在這一步是不需要用特殊方法對待的,但對于蛋白含量比較高的組織樣品必須要二次抽提,甚至多次抽提方可徹底去除。這里要著重提到的是血清樣品!離心分相后,取上清這一步是分相實(shí)驗(yàn)的操作難點(diǎn),一定要謹(jǐn)慎,萬不可混入有機(jī)相污染,原則是寧缺勿濫!
5:異丙醇的沉淀
異丙醇的沉淀,目的是使RNA從裂解體系中沉淀下來,從而實(shí)現(xiàn)RNA與其它雜質(zhì) – 主要是鹽 – 的分離。實(shí)際操作中,有的雜質(zhì)也會與RNA一起被醇沉淀下來,尤其是當(dāng)其它雜質(zhì)的濃度也比較高的時(shí)候。異丙醇的沉淀并不是非常特異性的,有機(jī)大分子及一些鹽,當(dāng)濃度達(dá)到一定水平后,都可能同步被沉淀下來。在不影響后續(xù)實(shí)驗(yàn)的情況下,我們是可以忽略這些鹽污染。有些實(shí)驗(yàn)樣品,由于前期用藥物或某種方法處理過,導(dǎo)致會殘留有一些特殊的雜質(zhì),之所以殘留,往往是因?yàn)檫@些雜質(zhì)與RNA有一些相似性:你沉淀我沉淀,你吸附我吸附。這些特點(diǎn)決定了它們往往是非常強(qiáng)的酶抑制劑,對后續(xù)實(shí)驗(yàn)影響非常大。這里介紹有幾種方法除去這些雜質(zhì):1)TRIzol 提供的一個(gè)沉淀方案:一半異丙醇加一半高鹽溶液替代純粹的異丙醇,可以大大降低多糖殘留。2)介質(zhì)純化:遇到一些與RNA共同沉淀下來且影響后續(xù)實(shí)驗(yàn)的一些雜質(zhì),可以利用BioMag公司提供的連有 Oligo dT的磁珠純化出總RNA中的mRNA,這個(gè)方法優(yōu)點(diǎn)是基本能解決絕大多數(shù)有雜質(zhì)污染的總RNA(目前沒有遇到這種方法處理不了的),缺點(diǎn)是成本比較高。對與RNA含量少的樣品,直接異丙醇沉淀得率會很低,而且基本看不見沉淀物,這也會給后續(xù)的操作帶來很大的麻煩,進(jìn)一步損失RNA。遇到這種情況我們可以使用一種媒介(Golycogen)跟RNA共同沉淀下來,這種媒介物質(zhì)既能很好的跟RNA共同沉淀下來,又不會影響后續(xù)實(shí)驗(yàn)。不要迷信試劑說明書里的標(biāo)準(zhǔn)方法;有時(shí),使用標(biāo)準(zhǔn)方法碰到問題在標(biāo)準(zhǔn)方法中是找不到答案的,要具體問題具體分析。
6:洗滌
洗滌注意四點(diǎn):首先一定要將沉淀懸浮起來;第二就是要有一定的時(shí)間,尤其是當(dāng)RNA沉淀比較大時(shí) ;第三是少量多次;第四則是去上清要徹底。在異丙醇沉淀后,絕大多數(shù)時(shí)是能看見管底的白色沉淀,但還是有時(shí)候是看不見的,即使是加過Golycogen的。遇到這種情況不要慌,沒看見不等于沒有,遇到這種情況可以先用移液器小心的吸去上清,注意槍頭不要碰到管壁。加入75%乙醇,上下顛倒幾次,短暫離心后用移液器吸去上清,同時(shí)仔細(xì)觀察管壁是否有掛液。如果有,那沒問題,可以確定沉淀都附在管壁上了。
7:RNA的溶解和保存
純化后的RNA溶解以水為主,用無Rnase酶的水溶解的RNA基本上還算穩(wěn)定,其穩(wěn)定與溫度成反比,與濃度成正比。所以抽提好的RNA應(yīng)盡快保存在-70℃,避免反復(fù)凍融,同時(shí)注意不要把濃度稀釋的太低,大概保持在1000ng/ul。如果溫度合適,保存中RNA發(fā)生降解或者消失,其原因應(yīng)該是酶殘留導(dǎo)致的酶解。
8:RNA質(zhì)量的檢測問題
將抽提好的RNA直接用于后續(xù)的實(shí)驗(yàn),是唯一可靠的檢測方法;除此之外的檢測方法,都是相對的,不可全信。目前實(shí)驗(yàn)室用于正式實(shí)驗(yàn)前檢測RNA質(zhì)量的方法,一是電泳,二是NANO-Drop。電泳檢測的主要是RNA的完整性和大小,該方法還是比較可信的;同時(shí)電泳還可以用于估計(jì)核酸的濃度,其準(zhǔn)確度與經(jīng)驗(yàn)有關(guān);另外,電泳也可能提供某些雜質(zhì)污染的信息,但是同樣與經(jīng)驗(yàn)有關(guān)。NANO-Drop檢測的是純度和核酸含量。然而,由于NANO-Drop不能確保非常準(zhǔn)確,所以,提供的結(jié)果并不十分可信。一般講,同時(shí)進(jìn)行NANO-Drop檢測和電泳檢測,綜合二者的結(jié)果,可以做出一個(gè)更合理的判斷。但由于這兩個(gè)方法都有缺陷,所以,即使出現(xiàn)壞的結(jié)果能用于后續(xù)實(shí)驗(yàn)而好的結(jié)果卻不能用于后續(xù)實(shí)驗(yàn),也不用大驚小怪。(A260/A280 比值低 – 蛋白質(zhì)殘留但更可能是苯酚殘留。A260 值提示的含量與電泳檢測時(shí)提示的含量有可見的誤差可初步判斷是苯酚殘留。)