第一篇：轉錄組相關的自然科學基金申請書摘要

“寒淫”輕重強度致病及轉歸的轉錄組與代謝組整合研究

白斑病毒感染凡納濱對蝦的高通量轉錄組測序及分析

珍稀瀕危藥用植物臺灣金線蓮菌根差異表達的轉錄組研究

白樺雄花早期發育轉錄組分析及重要基因功能鑒定

柑橘不同抗性品種被黃龍病菌侵染后體內轉錄組變化的比較分析

雞生長軸全轉錄組SNP關聯分析及調控生長的作用機制研究

基于轉錄組測序篩選馬鈴薯塊莖休眠與發芽相關基因及功能鑒定

基于轉錄組數據的芒屬植物分子標記挖掘及分子圖譜構建

基于轉錄組學的茶樹冷馴化誘導抗寒性的分子機制研究

利用轉錄組測序挖掘甘藍菌核病抗病相關基因

苜蓿共生結瘤體系響應重金屬銅脅迫的轉錄組研究

壇紫菜應答高溫脅迫分子機制的轉錄組學分析及相關候選基因克隆

摘要的編號: 30873212 項目名稱: “寒淫”輕重強度致病及轉歸的轉錄組與代謝組整合研究 項目類型: 面上項目

在前期轉錄組研究搭建的技術平臺上，寒證-基因組研究結果發現三羧酸循環（TCA Cycle）通路及相關基因顯著表達，這與本課題合作單位之一（上海交大）得到的冷應激的代謝譜特征（TCA Circle通路異常）一致。提示若兩個“組學”整合，可優勢互補，在寒邪的研究上出現新突破。本計劃設計冷暴露模擬“寒淫”強度，將大鼠分為6組，其中4個冷凍組分別置于2℃、-10℃、-20℃、-25℃冷庫中，每天6-8小時；中藥組-25℃冷庫加每日麻黃附子細辛湯灌胃，各組均連續4-6周。研究從宏觀至微觀分三個層次：①行為、耳絡、舌象等寒熱綱領性量表評價；②寒淫作用隨時間、強度動態的轉錄譜及代謝譜的信息特征；③溫熱藥的轉錄譜、代謝譜網絡修復作用。本研究以基因芯片和代謝組學互補技術，整合二者信息，重點定位于TCA代謝通路和與之相匹配基因(SDHC、DLD、IDH3B等)為組學交叉點，深化寒淫致病病因病機的科學內涵。白斑病毒感染凡納濱對蝦的高通量轉錄組測序及分析

轉錄組即特定組織或細胞在某一功能狀態下轉錄出來的所有RNA的總和，Roche 454高通量測序技術一次運行可以獲得上百萬個讀長片段，平均讀長400bp以上，為轉錄組的測定與定量提供了快速簡便的新方法。抗病毒研究的策略之一是抑制宿主細胞中與病毒入侵或復制密切相關的蛋白功能，或者提高宿主細胞中抗病毒相關的免疫蛋白申請的表達。本項目擬利用Roche 454高通量測序技術，對白斑病毒感染及對照的凡納濱書摘對蝦樣品進行轉錄組測序，研究病毒感染及對照的凡納濱對蝦的mRNA表達譜差異，要

尋找病毒感染對蝦差異表達基因，為篩選對蝦抗病毒藥物的分子靶標或研制對蝦免疫增強藥物提供依據，并可望發現一批凡納濱對蝦新基因，這對于我國積極參與國際上對蝦基因知識產權的爭奪有積極作用，轉錄組測序數據可供國內相關單位共享，對于加快我國的凡納濱對蝦病害防治和分子遺傳育種研究進展有重要意義。申請書主凡納濱對蝦；轉錄組；高通量測序；白斑病毒 題詞

珍稀瀕危藥用植物臺灣金線蓮菌根差異表達的轉錄組研究

蘭科菌根屬于一種典型的共生體系，對蘭科植物的生長繁育和系統進化是必須的。蘭科菌根共生分子機制目前仍不清楚，制約了蘭科植物資源的合理開發、利用與保護。課題組前期圍繞珍稀瀕危蘭科藥用植物臺灣金線蓮申（Anoectochilus formosanus）與瘤菌根菌屬真菌AR-18形成的菌根共生體，請從細胞學、組織學、生長代謝及生理生化等方面開展了大量研究工作。在此書基礎上，本項目擬以該菌根共生體為材料，通過數字表達譜分析，以454 GS 摘FLX測序獲得的未接種根全轉錄組數據為參比，明確菌根共生差異基因表達要

特征和網絡；采用定量PCR和RNA原位雜交分析目標基因在菌根形成過程中的時空表達特征和作用位點，為揭示蘭科菌根共生分子機制奠定基礎，進而為蘭科藥用植物資源可持續發展提供理論指導。

白樺雄花早期發育轉錄組分析及重要基因功能鑒定

負責人：劉雪梅 參與人：劉雪梅, 宋福南, 戴超, 邢磊, 劉瀛, 張妍, 孫豐賓, 官民曉

金額：23萬 申請時間：2011 學科代碼：樹木生長發育(C160501)項目批準號：31100449

申請單位：東北林業大學 研究類型：基礎研究 摘要

白樺（Betula platyphylla Suk.）與模式樹種楊樹（雌雄異株）不同，為雌雄同株，是研究單性花發育機制的理想材料。其雌雄花特異著生于枝條的不同部位，雌雄花均為輪次不全的不完全花，同年生的雌雄花存在嚴重的花期不遇現象，且雄花發育中途暫停，進行越冬休眠。

本項目以白樺早期發育階段的正常雄花和雄花突變體為試材，利用RNA sequencing技術分析白樺雄花早期發育的轉錄組及差異表達基因，并通過擬南芥突變體和轉基因擬南芥方法對重要的基因進行功能分析。本項目將初步闡明白樺雄花早期發育中的基因調控網絡及代謝途徑，這將從分子水平上了解白樺雄花早期發育機制，對植物單性雄花發育的分子機理和生物化學研究有著非常重要的科學意義。

柑橘不同抗性品種被黃龍病菌侵染后體內轉錄組變化的比較分析

負責人：蔣軍喜 參與人：蔣軍喜, 劉冰, 謝科峰, 劉喬麗, 周澤科, 龍瓏

金額：56萬 申請時間：2011 學科代碼：植物細菌病害(C140103)項目批準號：31160358

申請單位：江西農業大學 研究類型：基礎研究

關鍵詞：柑橘黃龍病；亞洲韌皮部桿菌；基因芯片；轉錄組；抗病性差異 柑橘黃龍病是世界柑橘生產上最具毀滅性的病害，也是我國包括江西柑橘產區在內的最重要的病害之一。近年來,國內外對柑橘黃龍病進行了大量的病原檢測鑒定和遺傳變異性研究，但涉及黃龍病發生機理的研究很少。在項目前期開展柑橘不同品種田間調查和室內抗性鑒定而獲得高抗、中抗和高感品種的基礎上，本申請擬采用目前基因表達研究中廣泛使用和具有獨特優勢的高通量基因芯片表達技術，開展不同抗性柑橘品種被黃龍病菌侵染后體內轉錄組變化的比較分析，通過比較分析，將發現與特定抗感反應相連的、其轉錄水平發生顯著變化的基因，這些基因將被定義為決定各自抗感表型的抗病或感病基因。本項目的完成將從轉錄水平上為不同抗性柑橘品種對黃龍病的抗性差異提出一個合理的解釋，同時，對闡明柑橘抗黃龍病的分子機制，指導柑橘黃龍病抗性的合理利用和品種抗性的遺傳改良具有重要的理論意義和實踐價值。

雞生長軸全轉錄組SNP關聯分析及調控生長的作用機制研究

負責人：聶慶華 參與人：聶慶華, 張細權, 梁少東, 許繼國, 張成廣, 胡永勝, 張偉, 何小梅

金額：60萬 申請時間：2011 學科代碼：家禽遺傳育種學(C170103)項目批準號：31172200

申請單位：華南農業大學 研究類型：基礎研究

摘要：眾所周知，神經內分泌生長軸在調控家雞生長過程中發揮著重要作用。本項目在前期工作基礎上，對生長軸重要組織開展RNA測序和全轉錄組SNP關聯研究：首先選取生長性能差異明顯的隱性白洛克肉雞和清遠麻雞分別構建兩尾樣本的RNA池，對下丘腦、垂體、肝臟和肌肉等生長軸重要組織開展RNA測序研究（miRNA測序和轉錄組測序），結合RNA測序常規分析重點篩查表達差異的miRNA、基因和轉錄組SNP，并通過定制SNP芯片對具備詳細生長記錄的參考家系群體和商業群體開展全轉錄組SNP關聯研究，最后利用RNAi、熒光報告載體等對以上結果開展功能驗證試驗。本項目旨在鑒定顯著影響家雞生長的miRNA、新基因（轉錄本）及轉錄組SNP，闡明它們之間的互作網絡關系及調控生長的作用機制，以最終揭示家雞生長性狀的遺傳基礎和分子調控作用通路，本項目對家雞生長性能的遺傳改良乃至肉雞產業優質高效可持續發展有積極意義。

基于轉錄組測序篩選馬鈴薯塊莖休眠與發芽相關基因及功能鑒定

負責人：司懷軍 參與人：司懷軍, 張寧, 姜寒玉, 文義凱, 馬驄毓, 尤佳, 劉金芝, 瞿韻

金額：56萬 申請時間：2011 學科代碼：薯類作物種質資源與遺傳育種(C130407)項目批準號：31160298

申請單位：甘肅農業大學 研究類型：應用基礎研究

關鍵詞：馬鈴薯；塊莖；休眠；發芽；轉錄組 馬鈴薯塊莖的休眠和發芽對于馬鈴薯栽培、貯藏保鮮和加工工業等具有十分重要的意義。本研究將以馬鈴薯栽培品種的塊莖為研究對象，采用高通量的轉錄組測序方法（RNA sequencing）進行馬鈴薯塊莖休眠與發芽過程的轉錄組測序和對比分析，建立基因表達的轉錄譜。經生物信息學和GenBank數據庫檢索分析獲得差異片段ESTs可能的基因結構和功能，篩選出塊莖休眠和發芽相關基因。利用DNA末端快速擴增技術（RACE）克隆候選基因的全長cDNA，然后通過基因表達譜分析、轉基因超量表達和抑制表達（RNAi）進行候選基因的功能驗證，最終獲得馬鈴薯塊莖休眠和發芽相關基因，從而明確馬鈴薯塊莖休眠和發芽的分子機理，為馬鈴薯塊莖休眠和發芽的分子調控以及功能基因組學的研究提供理論基礎。

基于轉錄組數據的芒屬植物分子標記挖掘及分子圖譜構建

負責人：刁英 參與人：刁英, 羅濤, 鄭興飛, 趙玲玲, 胡小虎, 胡琿

金額：10萬 申請時間：2011 學科代碼：草種質資源與育種(C170202)項目批準號：31101758

申請單位：武漢大學 研究類型：應用基礎研究

芒屬植物俗稱芒草，為禾本科的C4類多年生高大草本，主要分布東亞、東南亞和太平洋群島等地區。芒屬植物具有生物質產量高、地下根狀莖發達、抗逆性強、適應性廣等特點，可用于造紙、飼料、水土保持和生態修復等。近年來，芒屬植物更作為一種具有重要開發利用前景的能源作物而倍受關注，可用于火力發電或生產燃料乙醇。因此，開展芒草的分子育種工作具有重要的理論和應用意義。在本實驗室的前期研究中，通過高通量的RNA-Seq測序技術已經獲得了芒屬5種植物共計10Gb的轉錄組數據，在此基礎上本項目提出：采用生物信息學方法從這些數據中挖掘批量的SSR和SNP標記，構建我國特有芒屬植物南荻分子圖譜，進而將其與近緣種屬進行比較分析。從而厘清芒屬植物種間及其與禾本科其它植物間的親緣關系，揭示芒屬植物基因組的基本結構和組成規律，為后續的基因定位、基因克隆和分子標記輔助育種奠定基礎。

基于轉錄組學的茶樹冷馴化誘導抗寒性的分子機制研究

負責人：王新超 參與人：王新超, 楊亞軍, 馬春雷, 劉守安, 周天山, 馬建強, 曹紅利

金額：61萬 申請時間：2011 學科代碼：茶學(C161104)項目批準號：31170650

申請單位：中國農業科學院茶葉研究所 研究類型：應用基礎研究

關鍵詞：茶樹；冷馴化；抗寒；轉錄組學；RNA-seq 摘要

低溫是影響茶樹正常生長的重要限制性環境因素之一。在課題組前期研究工作的基礎上，本項目引入轉錄組學的研究策略，從研究不同冷馴化階段茶樹基因表達的差異入手，提取不同馴化階段（未馴化、通過馴化和脫馴化）樣品的總RNA，進行RNA-seq測序和深度的生物信息學分析，系統研究冷馴化不同階段茶樹的轉錄組變化，通過比較不同樣品的轉錄組數據，找出與茶樹冷馴化（抗寒）有關的基因，構建相關基因的調控網絡，分析冷馴化過程中相關基因在茶樹誘導抗寒性形成中的作用，揭示茶樹抗寒的分子機理，將茶樹抗寒性機制的研究深入到分子水平。這不僅有助于揭示茶樹抗寒的最本質機制，豐富茶樹抗寒性理論，為今后研究如何提高茶樹的抗寒性，減輕凍害對茶葉生產的影響和茶樹抗寒育種以及利用基因工程等手段調控茶樹抗寒性提供理論支撐，而且還可以利用本研究的測序結果，開發與抗寒有關的分子標記，為今后利用分子標記進行茶樹育種抗寒性早期鑒定提供研究基礎。

利用轉錄組測序挖掘甘藍菌核病抗病相關基因

負責人：錢偉 參與人：錢偉, 汪承剛, 于景印, 梅家琴, 李勤菲, 錢論文

金額：61萬 申請時間：2011 學科代碼：油菜及其他油料作物種質資源與遺傳育種(C130405)項目批準號：31171585

申請單位：西南大學 研究類型：基礎研究

關鍵詞：甘藍，菌核病，轉錄譜，數量性狀位點

菌核病是危害油菜生產的一種主要病害。然而，自然界中匱乏高抗菌核病油菜資源，致使油菜菌核病的相關研究和抗病育種受到很大局限。我們前期從油菜近緣種中鑒定出了高抗菌核病的野生甘藍，構建了抗、感分離的F2無性系群體，并進行了2年的抗性鑒定，定位了抗性QTL。本研究擬從該群體中，挑選抗、感材料，取接種前、后菌斑周圍組織的RNA進行表達譜測序，尋找感病和抗病材料表達差異的序列，參考已獲得的甘藍基因組序列，克隆抗病相關基因，開發抗病基因的功能標記，并進行QTL精細定位，對落在QTL區域的抗病相關基因進行功能驗證。該研究對于揭示菌核病的抗性機制，以及轉移甘藍抗性基因到甘藍型油菜，開展油菜抗菌核病的分子設計育種具有重要的理論和實踐意義。

苜蓿共生結瘤體系響應重金屬銅脅迫的轉錄組研究

負責人：丑敏霞 參與人：丑敏霞, 李哲斐, 傅晶, 史鵬, 梁建強, 姜小倩, 柳思思

金額：62萬 申請時間：2011 學科代碼：草種質資源與育種(C170202)項目批準號：31172252

申請單位：西北農林科技大學

摘要：以具有西部地域特征的、重金屬抗性的天藍苜蓿（Medicago lupulina L.）―-苜蓿中華根瘤菌（Sinorhizobium meliloti CCNWSX0020）共生固氮體系為模式，應用最新發展起來的RNA-Seq 技術分別對銅離子脅迫和非脅迫條件下接種根瘤菌后天藍苜蓿根組織中的轉錄本測序，通過與苜蓿全基因組的比較，分析天藍苜蓿共生結瘤體系在銅離子脅迫和非脅迫兩種生長條件下相關基因的轉錄表達水平及基因轉錄體的結構，尋找新轉錄本和新外顯子；分析基因轉錄體的可變剪接種類和數量并通過qPCR驗證，推測天藍苜蓿中可變剪接的可能發生機制；分析兩種培養條件下的差異表達基因并進行GO功能富集分析和KEGG代謝途徑分析，從而于轉錄組水平上系統研究銅離子影響天藍苜蓿與根瘤菌共生互作的分子機理，為重金屬脅迫下豆科植物共生互作機制的最終闡明奠定基礎。

壇紫菜應答高溫脅迫分子機制的轉錄組學分析及相關候選基因克隆

負責人：陳昌生 參與人：陳昌生, 謝潮添, 紀德華, 趙玲敏, 徐燕, 張元, 周巍巍, 梅高尚

金額：65萬 申請時間：2011 學科代碼：生物海洋學與海洋生物資源(D0609)項目批準號：41176151

申請單位：集美大學 研究類型：應用基礎研究

關鍵詞：壇紫菜；高溫脅迫；分子機制；轉錄組；基因克隆

壇紫菜應答高溫脅迫分子機制的研究是解決壇紫菜栽培中頻繁發生的“高溫爛菜”問題的基礎。本研究擬以本課題組選育的壇紫菜耐高溫純系為材料，通過轉錄組測序技術從高溫脅迫條件下mRNA和microRNA(miRNA)兩個方面的差異表達著手，構建壇紫菜應答高溫脅迫相關基因和miRNA的數字化差異表達譜，篩選與壇紫菜應答高溫脅迫相關的特異候選基因和miRNA，并進行基因的全長克隆及結構功能解析，miRNA靶基因的預測、驗證和互作分析，以及摸清它們在脅迫不同時間水平下的動態表達規律。以期在全基因組范圍內了解壇紫菜在轉錄和轉錄后水平應答高溫脅迫的分子機制，進而初步揭示其耐高溫機理，獲得一批對壇紫菜耐高溫性狀表達有重要功能或調控作用、并有重要應用前景的新基因和miRNA，為全面認識壇紫菜抗逆性的分子機理奠定基礎，并為今后應用基因工程技術進行海藻抗逆育種提供理論指導和有自主知識產權的重要功能基因和miRNA。

第二篇：國家自然科學基金申請書摘要

國家自然科學基金申請書摘要

273.卵巢癌干細胞特異性分子標志物的篩選及其耐藥性的研究

30772315

申請書摘要卵巢癌是死亡率最高的婦科惡性腫瘤，深入認識其發生、轉移、以及耐藥性產生的根本原因是改善預后的關鍵。現有研究顯示，腫瘤干細胞在疾病的發生、復發、以及轉移中發揮著十分重要的作用，腫瘤的化療失敗可能與腫瘤干細胞的耐藥性密切相關。腫瘤干細胞特異性分子標志物的識別和確定是癌干細胞研究中需要解決的關鍵問題之一。本項目在深入卵巢癌化療耐藥機制研究的基礎上，通過對人卵巢癌細胞系、人卵巢癌組織細胞、或卵巢癌患者腹水細胞的體外分離、鑒定和培養，初步分離出具有干細胞特征的腫瘤細胞。采用腫瘤標志分子的差異表達蛋白質組分析技術，篩選卵巢癌干細胞的特異性分子標志物。在此基礎上，進一步探討卵巢癌干細胞對化療耐藥的問題。

274.調節卵母細胞減數分裂的機制及其對胚胎早期發育的影響

30771552 DOT1

申請書摘要我們的前期研究發現，采用SiRNA干涉GV期卵母細胞DOT1表達，引起卵母細胞成熟率下降和染色體分離異常。本研究在此基礎上通過分析抑制DOT1表達后染色單體

黏連素、動粒蛋白、紡錘體檢驗點蛋白在染色體的存在與分布，探明DOT1影響卵母細胞減

數分裂的機制。同時通過觀察早期胚胎在抑制DOT1表達后進一步的發育能力，研究DOT1對胚胎早期發育可能的影響，并通過檢測卵裂球細胞的整體轉錄水平、染色體數目有無異常等研究DOT1影響胚胎早期發育的機制。

275.卵特異性瓜氨酸蛋白MOP53在小鼠卵及早期胚胎發育中的作用

30770808

申請書摘要卵特異性瓜氨酸蛋白MOP53是申請者近期發現的一種特異性表達于小鼠卵細胞胞膜和胞質的瓜氨酸化蛋白質，具有WD40及F-box結構域，對其功能的研究至今尚無任何

報道。本研究擬對該蛋白進行深入研究：制備特異性熒光素標記抗體，觀察在卵細胞及早期胚胎發育過程中不同時期該蛋白表達及其啟動，遷移，定位等動態特征；通過體外磷酸化和瓜氨酸化檢測其在卵細胞及早期胚胎發育中可能的重要作用；運用siRNA技術研究該基因在卵子發生和早期胚胎發育中的功能，進而闡明MOP53參與卵子成熟和早期胚胎發育過程的分子機制；同時對比MOP53蛋白及其特異性抗體對體外精卵結合和融合過程中的影響。本研究重要意義是發現可能參與卵子發生及早期胚胎發育過程中重要的發育生物學信息，并探討該蛋白開發成為避孕疫苗靶抗原的可能性。

278.膠質瘤干細胞向瘤周腦組織的遷移特性及其治療學意義

項目批準號 30700863學科代碼 C03030307

申請書摘要：惡性膠質瘤呈侵襲性生長方式，手術難以徹底清除侵入周圍腦組織的腫瘤細胞，而這些殘留腫瘤細胞對后續放療、化療等措施的顯著抵抗性，最終導致了腫瘤復發。前期實驗發現，惡性膠質瘤與周圍腦組織交界區有CD133+、nestin+腫瘤細胞存在；膠質瘤干細

胞高表達反映遷移浸潤能力的蛋白；結合近來提出的“遷移的腫瘤干細胞”的概念，我們推 測：

“向瘤周腦組織遷移的膠質瘤干細胞，可能是術后'殘留灶'具有放療、化療抵抗性的重要原 因，是惡性膠質瘤復發的根源”。本研究擬接種轉染熒光蛋白質粒的惡性膠質瘤細胞系于裸鼠腦內成瘤，體內外觀察膠質瘤干細胞的空間分布、遷移、浸潤特性及機制，并探討惡性膠質瘤與腦組織交界區內膠質瘤干細胞對化療、放療等治療方式的敏感性及分子機制，研究結果可望為提高惡性膠質瘤綜合治療的療效，提供新的實驗依據。

500.淀粉樣多肽與神經生長抑制因子、血紅素等的相互作以用以及其神經毒

性的機理研究

項目批準號 20772020學科代碼 B020604

基金摘要：淀粉樣多肽是老年斑的主要組成成分，它在腦中的過量產生、聚集和沉積是阿爾 茨海默病退行性病變的主要原因。除了淀粉樣多肽在腦中的聚集以外，AD的細胞病理學特 征還包括神經生長抑制因子在腦中含量的下調、血紅素代謝紊亂等。雖然科學家們已經意識 到GIF和血紅素能夠有效的抑制淀粉樣多肽的聚集，但是對其機理的解釋目前尚停留在假說 階段，并無實驗數據支持。本研究擬從化學生物學的角度深入地研究GIF、淀粉樣多肽與血 紅素的相互作用，從分子的層面上闡明GIF、血紅素抑制淀粉樣多肽神經毒性的機制，為老 年癡呆癥的治療提供理論依據。本課題除了其本身的學術價值以外，還具有潛在的社會效益。

7.膠質瘤干細胞向瘤周腦組織的遷移特性及其治療學意義

30700863c03030307 余時滄中國人民解放軍第三軍醫大學

惡性膠質瘤呈侵襲性生長方式，手術難以徹底清除侵入周圍腦組織的腫瘤細胞，而這些殘留 腫瘤細胞對后續放療、化療等措施的顯著抵抗性，最終導致了腫瘤復發。前期實驗發現，惡 性膠質瘤與周圍腦組織交界區有CD133+、nestin+腫瘤細胞存在；膠質瘤干細胞高表達反映遷移浸潤能力的蛋白；結合近來提出的“遷移的腫瘤干細胞”的概念，我們推測：“向瘤周腦組 織遷移的膠質瘤干細胞，可能是術后'殘留灶'具有放療、化療抵抗性的重要原因，是惡性膠質瘤復發的根源”。本研究擬接種轉染熒光蛋白質粒的惡性膠質瘤細胞系于裸鼠腦內成瘤，體 內外觀察膠質瘤干細胞的空間分布、遷移、浸潤特性及機制，并探討惡性膠質瘤與腦組織交 界區內膠質瘤干細胞對化療、放療等治療方式的敏感性及分子機制，研究結果可望為提高惡性膠質瘤綜合治療的療效，提供新的實驗依據。

15.受體酪氨酸激酶表達缺陷在帕金森病發病中的作用及機制研究

項目批準號 30670643學科代碼 C010601

申請書摘要帕金森病是臨床上最常見的中樞神經系統退行性疾病之一，目前該病的病因和發病機制不明。以往的研究表明，在環境和遺傳因素的共同作用下，氧化應激、線粒體功能缺陷、蛋白過量表達和聚集、炎癥和免疫異常以及神經營養因子缺乏等在黑質多巴胺能神經元變性死亡中均參與了致病過程。，但究竟這些因素是如何被介導以致引起上述變化并最終影響多巴胺神經元的生存狀態仍不清楚。本研究擬通過敲除小鼠TAM(Tyro3, Axl, me

第三篇：2011自然科學基金摘要定稿

動態全息自適應飛秒激光微納并行加工技術的基礎研究（技術>方法>手段）

飛秒激光微納加工是一項集超快激光、顯微鏡、高精度三維移動和計算機控制技術于一體的新型微細加工方法，具有真三維、高分辨、熱影響小，加工材料廣泛等優點，近年來已成為微機電系統、微電子、微光學等領域的一種重要加工手段。為了提高加工效率，大多采用并行加工方法，目前主要的實現方法是多光束干涉或利用微透鏡陣列、衍射分束器等光學元件對飛秒激光分束聚焦。上述方法能夠用于二維和三維周期性結構的加工，但控制靈活性差，不易滿足任意結構批量制作的要求。為此，本項目設計了一套動態全息自適應飛秒激光微納并行加工系統。

本項目利用空間光調制器顯示計算全息圖對飛秒激光進行分束，采用反饋裝置實時修正計算全息圖，以達到自適應調整各衍射峰能量分布的要求。將空間光調制器集成到飛秒激光微納加工光路中，根據掃描路徑生成方案實時更替加載到空間光調制器上的計算全息圖，實現任意結構的并行加工。本項目將為飛秒激光微納加工技術的產業化作出貢獻。

第四篇：自然科學基金申請書

第1頁

申請書正文:

1．項目名稱

****機理研究

3．本項目研究目標，及其與申請者研究工作長期目標的關系

3.1 總體目標

本項目旨在研究欠固結土中密集群樁的土拱效應及其對群樁負摩擦力的影響，通過解析、數值模擬、模型試驗方法研究欠固結飽和軟土地基中的群樁土拱產生機制，研究土拱的幾何和力學特征，分析土拱對群樁負摩擦力的影響，從而揭示群樁負摩阻力的內在機理，為灘海圍墾軟土地基中群樁的設計與使用提供理論指導。

3.2 具體目標

(1)掌握群樁的土拱產生機制和力學分析方法，為欠固結土中群樁的土拱效應存在及其作用機理提供理論依據。

(2)掌握群樁的土拱效應數值分析方法，實現欠固結軟土地基中群樁土拱效應及其對群樁負摩擦力的影響的數值模擬。

(3)掌握土拱存在的試驗證據及群樁負摩阻力的分布，為欠固結軟土地基中群樁土拱效應分析和負摩阻力計算提供試驗驗證資料。

3.3 與申請者研究工作長期目標的關系

本項目申請人長期從事樁土相互作用的理論與應用研究，研究工作的長期目標是研究和發展適于灘海工程的樁基及相應的計算理論，而本項目的研究重點—群樁土拱效應與負摩阻力機理研究是灘涂圍墾區欠固結地基中樁土相互作用理論中基礎規律研究的重要內容之一，與本項目組長期目標有著密切的聯系。

4．項目研究內容、研究方案和進度安排

4.1 項目研究內容

本項目主要研究欠固結軟土地基中群樁土拱效應機理及其對群樁負摩阻力的影響，研究內容包括欠固結土中群樁的土拱產生機制、群樁的土拱效應數值模擬及其對群樁負摩阻力遮攔效應的影響、欠固結土中群樁土拱效應與負摩阻力模型試驗研究三部分，詳述如下：

(1)欠固結土中群樁的土拱產生機制及其形成條件研究。由于樁土間存在相對位移，當土層沉降大于樁的沉降時，表現出負摩阻力特征，土體調動自身抗剪強度抵抗這一不均

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勻沉降，樁土界面構成摩擦拱腳，形成土拱。通過分析欠固結土中土拱的成拱機制，采用彈性理論結合極限平衡法建立土拱的力學模型，確定土拱的拱腳隨欠固結土固結沉降發展而產生的位置變化關系，進而確定土拱的拱形和拱體參數，并分析群樁的樁間距、樁徑、樁土摩擦角、粘聚力、中性點變化等對于土拱的影響。

(2)群樁的土拱效應數值模擬及其對群樁負摩阻力遮攔效應的影響。采用Abaqus有限元分析軟件建立3×3群樁的三維有限元計算模型，樁為彈性體，土體為飽和多孔介質，上下端面排水，本構關系服從摩爾庫侖準則，考慮樁土的滑移作用，界面采用庫侖摩擦模型，計算群樁的負摩阻力分布、應力場和位移場，分析土拱效應的產生條件及相關參數對土拱效應的影響，并對群樁的負摩擦力遮攔效應進行相關分析，揭示土拱效應對群樁負摩擦力的影響，分析土層固結對負摩擦力的時間效應。

(3)欠固結土中群樁土拱效應與負摩阻力模型試驗研究。欠固結土中群樁模型試驗采用3×3群樁試驗，通過樁身應變、樁頂位移、土層位移、樁端壓力、土層內部壓力和孔壓測試，總結樁側阻力和樁端阻力的荷載傳遞特性，分析不同位置樁（角樁、邊樁和中心樁）的負摩擦力及其時間效應，驗證群樁的土拱效應和遮攔效應。

4.2 研究方案 4.2.1 研究方法

本研究通過解析、數值模擬、物理模型試驗方法開展飽和欠固結地基中群樁的土拱效應和負摩擦力研究。

4.2.2 技術路線

項目研究的基本技術路線如圖1示意，其中包含理論分析、數值計算和模型實驗三部分，具體技術路線詳述如下，其中實驗技術在4.2.3節實驗手段中詳細說明。

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理論分析 模型試驗 數值計算 建立雙樁的二維“土拱”力學模型 建立群樁模型試驗系統 建立群樁土拱效應和負摩擦力三維有限元模型 彈性理論 極限平衡 群樁樁側摩擦力分布、土中應力、位移、孔壓測試 網格劃分 計算參數 土拱的成拱機制分析 群樁中應力場、位移場、樁側摩阻力分布 固結理論 拱腳確定 土拱的拱體構成與幾何參數 群樁土拱效應試驗證據 群樁土拱效應與遮攔效應 否 吻合 是 是 吻合 否 確立欠固結土中群樁土拱效應理論 圖1 項目研究的技術路線示意圖

具體技術路線依次是：首先通過解析方法建立欠固結軟土地基中群樁土拱效應的力學模型，闡明欠固結土中群樁土拱的存在機制，而后通過數值模擬法建立欠固結土中群樁三維有限元模型，計算群樁的應力場、位移場和負摩擦力分布，揭示土拱效應機理及其對負摩擦力的影響，最后通過群樁模型試驗，測試群樁在樁周固結沉降時土中應力、位移、孔壓和樁身負摩阻力的變化規律，并通過與理論分析和數值模擬結果進行對比，驗證群樁土拱效應的存在和負摩阻力分布規律。

4.2.3 實驗手段

本項目模型試驗研究主要測試群樁的土拱效應存在的證據和負摩擦力分布，采用3×3群樁模型。實驗裝置示意圖如圖2所示。

通過自制模型試驗裝置，開展欠固結土中群樁在土層固結條件下的負摩擦力試驗，采用位移計和沉降標尺測試群樁的樁頂沉降、土層沉移，采用應變儀測試樁身應變，并轉換

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樁身軸力和樁側摩阻力，采用薄膜壓力測試系統測試樁端壓力和土層內部土壓力分布，采用微型動態孔壓測試系統測試土中孔壓變化，觀測和分析群樁土拱效應和群樁的負摩阻力的遮攔效應。

圖2 模型實驗研究的試驗系統示意圖（單位：mm）

4.2.4 關鍵技術

(1)欠固結軟土地基中群樁的土拱效應簡化模型的建立是群樁的土拱效應存在的力學機制，是本項目的關鍵技術之一，擬通過彈性理論分析和極限平衡理論解決。

(2)欠固結土中群樁的三維有限元分析中，樁土接觸面模型處理是數值計算的關鍵技術之一，擬通過abaqus軟件中的庫侖摩擦接觸單元進行模擬，施加限定位移保證收斂。

(3)欠固結土中群樁模型試驗的土拱效應的實驗依據是本項目的關鍵技術之一，擬通過樁周土中應力、位移和孔壓測定來間接驗證土拱的存在。

4.3 進度安排

本研究擬用2年時間完成，具體進度安排如下：

2012.01-2012.04 查閱國內外研究資料，完成必要的調研工作，制訂詳細的項目研究實施計劃，完成試驗方案設計。

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2012.05-2012.09 完成欠固結軟土地基中群樁模型試驗，掌握群樁的樁側摩阻力變化規律，掌握群樁的土拱效應及其對樁周摩阻力的影響。

2012.10-2012.12 完成群樁的土拱效應理論分析工作，掌握欠固結土中群樁的土拱力學機制。

2013.01-2013.08 完成群樁的土拱效應和負摩阻力的三維有限元分析工作。2013.09-2013.12 完成群樁理論、數值和模型試驗驗證工作，成果發表，編寫項目總結報告。

5．項目創新之處

與以往的研究成果相比，本項目通過建立欠固結土中群樁的土拱效應機制及負摩阻力機理研究，提出欠固結軟土地基中群樁在土層固結沉降時存在土拱效應，并對土拱效應的產生機制從力學分析、數值模擬和模型試驗三個方面進行驗證，因此欠固結土中群樁土拱效應假說與證明是本項目的特色和創新之處。

6．工作基礎與工作條件

6.1、工作基礎

項目申請人和項目組主要成員長期從事樁土相互作用理論方面的研究，對樁土相互作用理論的發展前沿有著較深的研究和較高的把握度。項目申請人與主要成員主持和參加過多項省部科研項目的研究工作，已在國內外重要刊物上發表相關論文30余篇，其中SCI/EI收錄20余篇，具備良好的前期基礎工作。

項目組主要成員由具有高級職稱、博士、碩士學位的中青年研究人員組成，具有較強的科研進取精神、創新能力和良好的團隊合作意識，在巖土工程技術、樁土相互作用理論、模型試驗方面有著豐富的經驗，為本項目的順利完成提供了重要的基礎和技術保證。

6.2、工作條件 6.2.1 已具備的條件

項目承擔單位在本學科建設上提供了相當的便利條件，擁有土工實驗室、結構實驗室等，其設備及試驗人員的配備能夠滿足本項目研究工作的需要。實驗室擁有先進的靜動態電液伺服加載系統，可以為基樁試驗提供加載反力裝置和控制系統。具備薄膜壓力測試系統、微孔壓測試系統、靜態電阻應變儀等其他各種巖土工程試驗和檢測設備，為本項目的試驗研究提供了便利的硬件條件。若本項目獲得省基金委的資助，項目承擔單位還將為本項目提供配套資金，為項目的開展奠定了良好的資金基礎。

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6.2.2 尚缺少的實驗條件和擬解決的途徑

本項目將建立模型試驗槽，用于模擬群樁模型試驗。本項目擬在得到資助后，自行設計加工一套群樁試驗槽（實驗裝置示意見圖2）。

7．預期研究結果、利用研究結果計劃和今后發展思路

7.1 預期研究成果

項目實施后將揭示欠固結土中群樁的土拱效應及負摩阻力機理研究，研究成果可以為欠固結軟土地基中采用密集群樁施工提供理論指導。項目預期獲得的知識產權成果如下：

(1)學術論文：完成EI檢索論文不少于3篇。暫定名為“欠固結軟土地基中群樁的土拱效應及其機理分析”、“欠固結軟土地基中群樁的土拱效應數值模擬”、“欠固結軟土地基中群樁的土拱效應模型試驗研究”。

(2)專利：申請發明專利1項，暫定名“一種欠固結軟土中群樁負摩擦力的預測方法”。7.2 研究成果利用

本項目的密集群樁對于消除欠固結土中樁側負摩阻力具有明顯的作用，研究成果可以為欠固結軟土地基中采用密集群樁施工提供理論指導，項目研究期間將嘗試與企業單位合作開展現場試驗，積極推動密集群樁技術在灘涂圍墾工程中的應用。

7.3 今后發展思路

本項目若能獲得省自然基金的資助，申請人在保質保量按時完成擬定研究內容的同時，將基于本項目的研究成果，積極爭取國家自然基金項目，繼續開展以下兩方面研究：

(1)欠固結軟土地基中考慮承臺作用的群樁土拱效應與負摩阻力研究。(2)欠固結軟土地基中密集群樁的時效設計理論及其關鍵技術研究。

第五篇：2018年,轉錄組文章怎么寫？

2018年，轉錄組文章怎么寫？

轉錄組文章越來越難發，想必廣大科研工作者都深有體會。時光飛逝，年假已匆匆過去，一年的辛勤勞動又開始了，不知今年轉錄組文章發表樂不樂觀呢？下面小編以一篇2018年1月31日發表在《BMC Genomics》上的轉錄組文章為例來和大家一起探討下這個問題。《BMC Genomics》這個期刊大家應該都比較熟悉，14年以前向該期刊投轉錄組類文章還是比較容易的，后來也就越發困難了，那么這篇文章都寫了些啥內容呢？下面就讓我們一起來看看。材料與方法：該實驗選取了對殼二孢屬菌侵染具有抗性的兵豆材料-ILL7537和易感品種 ILL6002兩種材料，分別設置侵染及注水對照組，測序樣品取材時間點為侵染后2h、6h、24h。每個樣品重復3次，每樣由獨立5株材料混合而成。具體設置如下圖：

數據分析結果：

如下圖，較為細致地介紹了本文的分析內容。

首先是轉錄本組裝及功能注釋分析，該部分內容多數文獻描述均類似，此處不再詳述。各種基因表達差異組合韋恩圖如下：通過對差異基因進行GO、KEGG富集分析發現：在抗性材料中2h取樣樣品中與病原體識別相關功能基因出現明顯富集，6h取樣樣品中與抗菌物質合成、細胞壁構建及相關轉錄組因子出現富集；而24h取樣樣品中出現明顯富集的是與抗菌物質合成、抗逆、光合、相關基因。如下圖：接下來作者分別對2h、6h、24h三個時間點抗、感材料間具體某些基因進行細致分析。例如2h時抗感材料中參與病原菌識別的激酶LRR-RK；鈣調蛋白域蛋白激酶（CDPK）及參與細胞壁延伸及重建的木聚糖水解酶XTH等；6h時參與植物初級防衛反應的相關基因如PMEI、PGIP、ARP、SOD等等；24h與衰老、程序化凋亡相關的基因等。詳見下圖：接下來作者發現了如MYB49等基因表達較為穩定，可以作為他人實驗時的內參基因。

另外作者還挑選了5個和抗性相關的基因進行了QPCR試驗，驗證了RNA-Seq的準確性，如下圖：

最后作者根據差異基因功能及表達模式將以上這些差異基因劃分到六個大的功能群組內詳細討論其在防衛反應中的作用，六大類群組如下：1.參與病原菌識別及早期信號轉導；2.參與結構防衛反應；3.參與生物化學防衛反應；4.參與超敏反應及細胞凋亡；5.參與系統獲得性抗性反應；6.轉錄因子調控。并整合如下圖：縱觀這篇文章，小編覺得有如下幾個亮點： 1.取樣時間點設置科學，有充分試驗、文獻支持，取樣點與植物防衛三級反應對應，使得后續分析論述層次分明。2.內容詳實，細致入微。例如討論部分分析了與處理不甚相關的與光合反應有關基因富集顯著的原因；作者最后將差異基因歸入六大類，每類涉及多個基因，多篇文獻支持，對已有結果進行驗證、拓展和升華。

從這篇文章來看，18年要發《BMC Genomics》這個檔次及以上的轉錄組文章，材料常見不是阻礙，試驗設計簡潔不是硬傷，如何寫作才是問題！套路式的羅列結果已不再適用，旁征博引、深入拓展才能贏得審稿專家的青睞！

以上是小編一些拙見，歡迎大家在留言區發表自己的見解！參考文獻：Khorramdelazad M, Bar I, Whatmore P.Transcriptome profiling of lentil(Lens culinaris)through the first 24 hours of Ascochyta lentis infection reveals key defence response genes.[J].BMC genomics, 2018, 19(1):108.